Видное место в философии Д. Кантемира занимают вопросы онтологии, которые он рассматривает главным образом в своих ранних работах— «Хвала Ван Гельмонту» и «Метафизика». Вторая, главная в этом отношении работа характеризуется самим автором как «теолого-физика», т. е. натурфилософия (см. 11, 15; 24). Перенесение рассмотрения онтологических вопросов из метафизики («Диван…») в натурфилософию свидетельствует о попытке мыслителя (как и многих его современников) найти разгадку сущности бытия не в сфере сверхъестественного, а на пути изучения природы. Решение Кантемиром онтологических вопросов тесно связано с его пониманием античной философии, средневекового аристотелизма, а также некоторых натурфилософских учений Нового времени.
В «Метафизике» с позиции непримиримого теологизма Кантемир отвергает всю античную культуру, в том числе философию, которая представляется ему порождением «чувственной науки», «язычества», творением развращенного, отдалившегося от бога человека. Предметом резкого осуждения с его стороны становится философия Аристотеля, которого он называет «отцом языческой темноты» (11, 177). С точки зрения Стагирита, как известно, в основе образования материальных вещей лежат два принципа: бескачественная и пассивная материя и активная форма, существующая до возникновения какой бы то ни было вещи. Именно благодаря форме материя, представляющая собой возможность, становится вещью, действительностью. Материя, точнее, первоматерия наделена двумя парами противоположных, взаимоисключающих свойств, «первичных качеств» — теплого и холодного, сухого и влажного, комбинация которых дает четыре основные стихии, или элемента: огонь, воздух, воду и Землю. Каждое сложное тело образовано из этих четырех стихий, взятых в различных пропорциях; небесные тела состоят из эфира.
Возражая Аристотелю, Кантемир заявляет, что затратил много трудов в поисках Аристотелевых принципов естественных вещей, но не смог найти их, как не смог найти «ни формы, ни способности изменять субъекты» (11, 88–89).
Резкой критике подвергает Кантемир и античных «физиков», отрицавших идею сотворения мира, полагавших, «что форма едина и единственна», что она субстанциальна и, «проистекая изнутри материи… является сочетанием не элементов, а качеств ее» (11, 267). В действительности, полагает Кантемир, «нет… материи, производящей формы изнутри, где ничего заранее не было приготовлено… Если бы дело обстояло иначе, то принцип формы обязательно существовал бы прежде в материи, а принцип материи — в форме, что значит предполагать один и тот же принцип; следовательно, имеющееся на этот счет мнение отпадает» (11, 89).
Приведенные высказывания Д. Кантемира направлены прежде всего как против материалистической стороны философии Стагирита, так и против томистской теологизации философии Аристотеля (согласно которой необходимым бытием обладает только форма), а также против онтологии Платона (согласно которой, по интерпретации Кантемира, бог не создал мир из ничего, а лишь наделил вечную материю формой). «Я брал в руки темный холст Платона и писал на нем темными красками Аристотеля (11, 31), — заявляет Д. Кантемир и продолжает: — Согласно доктрине истины, один — автор форм, один — творец бытия вещи и один — отец света и жизнетворец» (11, 87). При этом «формы и бытие сотворенных вещей были созданы из ничего… сверхъестественным образом, ибо естественным образом из ничего ничто не может получиться…» (11, 89). Столь категоричные заявления молдавского мыслителя, добавим, сочетались с осуждением схоластов (см. 11, 148; 235) и атеистов (см. 11, 169; 177), с неоднократным противопоставлением их доводам «нерушимых» библейских истин. Философское credo Кантемира по данному вопросу может быть выражено так: бог — творец мира, он его бесконечное и вечное начало, излучающее великолепие; созданный мир единственный и единый, он объемлет всю вселенную, все роды, виды и особенности творений, как небесных, так и земных, видимых и невидимых. При этом все вещи и существа «освещены собственным светом» и качественно определены в различных проявлениях (см. 11, 298–299). Здесь обнаруживается явное отступление Кантемира от ортодоксального христианства, согласно которому видимый, временный и преходящий, мир коренным образом отличается от мира невидимого, вечного.
Будучи убежден в том, что сотворение мира может быть познано лишь через откровение, ученый в то же время считает, что совершающееся вокруг нас подчиняется точным законам и доступно человеческому разумению. Д. Кантемир стремится объяснить мир, в том числе материю, с позиций естествознания, натурфилософии. При этом он не задавался целью отбросить теологию, а, наоборот, стремился поставить науку рядом с ней. Вот почему в поисках удобной натурфилософской концепции Кантемир обратился к сочинениям Ван Гельмонта, с которыми основательно ознакомился в стенах Константинопольской академии.