Вызывающее поведение Дионисия на соборе во многом было связано еще с одной церковно-политической проблемой, контуры которой едва угадываются в сумерках источников. Постоянным яблоком раздора между Москвой и Суздалем был «епархиальный» вопрос. С переносом во Владимир-на-Клязьме кафедры митрополита Киевского и всея Руси (1299 год) Владимирская епархия стала излишней и как бы растворилась в составе собственно митрополичьей епархии. Такая же судьба могла ожидать и отпочковавшуюся от Владимирской Суздальскую епархию, в состав которой, кроме самого Суздаля, входили Нижний Новгород и Городец. Поначалу церковно-административные границы в целом соответствовали границам княжества. (Принцип соответствия границ светских и церковных областей издавна был принят в Византии.) Однако митрополит Алексей, широко пользуясь своим положением главы Русской церкви, решил сократить размеры этой епархии. Поводом послужила вспыхнувшая тогда в княжестве династическая усобица, в ходе которой местный владыка действовал не так, как желательно было Москве. В 1365 году святитель отобрал у суздальского владыки Алексея Нижний Новгород и Городец с уездами и включил их в состав своей митрополичьей епархии. Такой передел сильно встревожил весь клан суздальско-нижегородских князей. Теперь сам митрополит Алексей становился их епархиальным архиереем. Тем самым Москва получала мощное средство политического давления на местных князей. В устах митрополита Алексея угроза отлучения от церкви не была пустыми словами. В том же 1365 году он наложил интердикт на Нижний Новгород и — подтвердив угрозу военным давлением — заставил местного князя Бориса Константиновича пойти на уступки Москве.
По настоятельным требованиям местных князей Нижний Новгород и Городец были вскоре возвращены в состав Суздальской епархии. Однако какие-то неурегулированные вопросы церковно-административного характера остались.
Некоторые исследователи считают, что Митяй еще в качестве митрополичьего наместника во Владимире имел конфликт с суздальским владыкой Дионисием. Этот последний жаловался на него в патриархию. «Уже патриарху Макарию, занимавшему патриарший престол между 1376 и 1379 гг., следовательно, как раз около 1377 г., Дионисий, как можно думать, жаловался на притеснения своей епископии со стороны митрополичьего наместника Митяя и получил приглашение явиться в Константинополь; таким образом, еще до собора, окончательно поссорившего двух соперников, их взаимные претензии были и сформированы, и как-то подкреплены» (184, 52).
Московские летописи, прошедшие через канцелярию митрополита Киприана, крайне сбивчиво и тенденциозно рассказывают о «смуте на митрополии». Плачевное состояние источников заставляет тщательно рассматривать разного рода косвенные данные. Для реконструкции событий 1378–1379 годов уместно вспомнить и о таком важном факторе, как традиция. В ту эпоху каждый шел по жизни, постоянно оглядываясь назад и советуясь с опытом отцов. Желая передать свою власть и свой сан тому, кто призван был стать продолжателем его дела, митрополит Алексей обращался к собственному опыту, к тому образу действий, который позволил ему обойти все препятствия и стать митрополитом Киевским и всея Руси. В этом сценарии имелся один важный эпизод, достойный внимания историка.
«Прежде чем возвратилось посольство из Константинополя, в начале декабря 1352 года, за три месяца до своей смерти, Феогност поставил Алексия в епископы владимирские, то есть в свои митрополичьи викарии, — писал Е. Е. Голубинский. — Не совсем ясно, зачем он сделал это и притом странным образом дал ему титул владимирского, тогда как владимирским был он сам. Можно до некоторой степени подозревать, что — на случай неуспеха своей просьбы в Константинополе, то есть что если бы в Константинополе не захотели согласиться на поставление Алексия в митрополиты и поставили митрополита из греков, то этот, пришед в Россию и нашед кафедру владимирскую занятою, поневоле должен был бы согласиться жить в Москве и стать вместо киево-владимирского киево-московским» (124, 176).
По тем же соображениям Алексей мог бы незадолго до кончины поставить Митяя в епископы Владимирские. Это была своего рода «страховка» и на тот случай, если князю Дмитрию всё же придется признать Киприана «киево-московским» митрополитом, и на тот случай, если Киприан в обход Москвы захочет воздвигнуть свою каноническую митрополичью кафедру во Владимире. Если Алексей действительно совершил этот вполне естественный «шахматный» ход, то между новым владимирским владыкой Митяем и Дионисием Суздальским неизбежно должны были вспыхнуть споры о статусе и границах новой епархии. Вариантом этого «сценария» могло быть избрание Митяя владимирским епископом на первом (июнь 1378) или втором (весна 1379) московском соборе. Именно «епархиальный» вопрос, переход части его владений под власть новоявленного владимирского епископа и был действительной причиной прямого столкновения Дионисия с Митяем. За спиной Дионисия стояли местные князья, пристально следившие за ходом церковных споров.