Разумеется, такая война не прельщала Скорцени. И в начале 1942 года он под предлогом желудочных колик ложится в госпиталь, а затем отправляется на лечение в Вену. Следующие полгода Скорцени служил в запасном полку СС в Берлине, а затем перевелся в формируемую 3-ю бронетанковую дивизию СС. Но снова оказаться на фронте ему так и не пришлось. Дело в том, что 30 января 1943 года начальником Главного управления имперской безопасности (РСХА) был назначен старый знакомый Скорцени обергруппенфюрер Кальтенбруннер. А в феврале Геббельс провозгласил так называемую «тотальную войну». Вот тогда Кальтенбруннер и вспомнил о Скорцени. Он вызвал его к себе и назначил начальником группы VI Ц VI управления РСХА, на которую возлагались проведения актов диверсий и террора в тылу противника.
Приступив в апреле 1943 года к своим новым обязанностям, гауптштурмфюрер Скорцени прежде всего позаботился о создании спецшколы. Он разместил ее в старом замке Фриденталь под Берлином. Именно там в обстановке строжайшей секретности и готовились на «Специальных курсах особого назначения Ораниенбург» диверсанты Скорцени.
«Курсантам предстояло получить всестороннюю подготовку, — пишет о своей школе Скорцени. — Мы готовили их для выполнения самых сложных заданий в любой точке земного шара… Наряду с индивидуальными занятиями мы запланировали курс лекций по стратегии и тактике ведения боевых операций — от захвата, удержания и выведения из строя промышленных объектов до топографической съемки местности и изучения иностранных языков».
Что же касается конкретных операций, которыми занимались в это время подчиненные Скорцени, то здесь следует отметить заброску боевых групп в Иран с задачей организации там вооруженного восстания местных племен (операция «Француз»), а также активную радиоигру с англичанами, в результате которой практически вся агентура британской разведки в Европе была разгромлена.
Но наиболее известной операцией, проведенной Скорцени, благодаря которой он обратил на себя внимание самого Гитлера, было освобождение итальянского дуче Муссолини. Дело в том, что после высадки в начале июля 1943 года войск союзников на остров Сицилия в фашистском руководстве Италии (т. н. «Большой совет») возникли разногласия относительно дальнейшей политики. В результате значительная часть членов «Большого совета» пришла к убеждению, что оградить Италию от последствий войны может лишь смещение Муссолини с поста премьер-министра.
23 июля 1943 года Муссолини был арестован офицерами королевской гвардии, а назначенный королем новый премьер-министр маршал П. Бадольо призвал итальянцев разоружить фашистов. Самого Муссолини сначала поместили на корвет «Персефоне», затем на Понтийские острова, потом в Ла-Маддалена на Сардинии и, наконец, в туристическую гостиницу «Кампо императоре», расположенную в труднодоступном горном районе Гран-Сассо, куда можно было добраться только на фуникулере.
Узнав об аресте Муссолини, Гитлер вызвал к себе Скорцени и сказал: «У меня есть очень важное задание для вас, гауптштурмфюрер. Муссолини, мой друг и наш верный товарищ по оружию, был предан вчера своим королем и арестован соотечественниками. Я не могу и не оставлю величайшего сына Италии в беде. Он должен быть незамедлительно освобожден, иначе они выдадут его союзникам. Я доверяю вам дело его освобождения».
Получив приказ фюрера, Скорцени незамедлительно принялся за дело. Вскоре с помощью разведки было установлено местонахождение дуче. Затем была разработана операция по его освобождению, получившая название «Айхе» («Дуб»). Согласно плану группа десантников в составе 90 парашютистов и 12 боевиков во главе со Скорцени высаживалась на планерах «DFS 230» прямо возле отеля. С земли их поддерживал спецотряд СС, в задачу которого входил захват станции фуникулера, расположенной у подножия горы. Для того чтобы сбить с толку охрану Муссолини, насчитывающую 250 человек, вместе со Скорцени летел итальянский генерал Солетти, который должен был приказать карабинерам сложить оружие.
12 сентября 1943 года в 13.00 с аэродрома Практика-де-Маре в воздух стали подниматься 12 планеров. Но уже на старте два из них опрокинулись. По пути к цели рухнули на землю еще два планера. Оставшиеся 8 планеров в 14.00 достигли Гран-Сассо и приземлились около гостиницы, причем один из них при посадке разбился. Мгновенно выбравшись из планеров, десантники во главе со Скорцени ворвались в отель и без единого выстрела разоружили охрану (тут весьма помог генерал Солетти). Вот как пишет об этом сам Скорцени: