Удар со стороны бандеровцев был нанесен 19 августа 1943 года нападением на штаб УНРА. Бульбе, Митринге и атаману Зубатому-Щербатюку с горсткой бойцов удалось прорваться из окружения. Бандеровцы до смерти запытали супругу атамана Ганну Опочинскую, стараясь выведать у нее места закладки баз с оружием (справедливости ради следует отметить, что по другой информации жена атамана в конце войны якобы проживала в Чехословакии). Над Бульбой был организован заочный суд, на заседании которого бандеровцы постановили пригласить атамана с полной гарантией безопасности, но Бульба на эту удочку не клюнул.
Осенью 1943 года Полесье превратилось в «котловину смерти» — тысячные толпы беженцев, бежавших от продвигающихся на Запад советских войск, активизация партизан всех мастей усугубили кровавый хаос, сдобренный еще и действиями оуновских карателей из лебедевской Службы безпеки.
В это время Бульба-Боровец принял решение о возобновлении переговоров с немцами. Основными требованиями Бульбы были освобождение из концлагеря С. Бандеры (с надеждой, что Бандера остановит своего распоясавшегося заместителя, главу Службы безпеки Николая Лебедя) и признание независимости Украины. Вооруженные силы Бульбы-Боровца, подчиненные ОУН (Б), прекратили существование. Осенью 1943 года такая же участь ждала и мельниковские отряды. Часть из них влилась в ряды бандеровцев, часть подразделений образовала Волынский легион самообороны, позднее переформированный немцами в 31-й украинский батальон СД.
1 декабря 1943 года атаман был арестован и помещен в концлагерь Заксенхаузен, в один блок со своим политическим оппонентом С. Бандерой.
Перед арестом Бульбу укрывал у себя в ставке руководитель контрразведывательного органа «Зондерштаб Россия» Б. А. Хольмстон-Смысловский (фон Регенау). Из-за этого впоследствии он был репрессирован, но находившаяся в его распоряжении агентурная сеть, в услугах которой остро нуждалось немецкое командование, позволила быстро обрести свободу и укрепить свое положение. Агентурная сеть Смысловского также распространялась и на воинство Бульбы-Боровца и отряды мельниковцев. В местечке Обераммергау
(Бавария) в подчинении Смысловского функционировала специальная школа по подготовке радистов для отрядов УПА под общим руководством полковника Петро Дьяченко, одновременно являвшегося руководителем резидентской области «Зондерштаба-Р». По неподтвержденной информации, в 1944 году в школе скрывался руководитель Варшавского восстания генерал Бур-Коморовский.
В 1944 году немцы поместили в Заксенхаузен полковника Мельника. Пребывание украинских лидеров под арестом продолжалось вплоть до октября 1944 года, когда немцам стало понятно, что войну они уже проиграли.
После освобождения Т. Боровцу было предложено вступить в контакт со штабом генерала Власова, на что атаман дал резкий и отрицательный ответ. Власов для украинских лидеров являлся жупелом российской имперско-колониальной политики.
По поручению Украинского национального комитета (УНК) атаман занимался формированием парашютной бригады особого назначения. Это спецподразделение (напоминающее белорусский Дальвицкий батальон) предназначалось для ведения диверсионно-разведывательных действий в тылах Красной армии. Номинально парашютисты Бульбы входили в группу «Б» (войска спецназначения) Украинской народной армии генерала Шандрука, главным руководителем украинского формирования был штурмбаннфюрер Хайнце Эберхардт, возглавлявший общерусскую группу «Ваффен СС» «Ягдвербанд-Ост». Численность парашютистов предполагалось довести до 5 тысяч человек, но успели сформировать лишь два батальона общей численностью 400 человек. Первый батальон парашютистов был полностью подготовлен к отправке в советский тыл, но окончание войны и отсутствие сил у люфтваффе не позволили реализовать этот план. Штаб украинского формирования размещался в 1945 году в городе Альтбургунде. По свидетельству ряда белорусских коллаборационистов, на последнем этапе своего существования украинский и белорусский парашютно-десантные батальоны были объединены. Те же источники утверждают, что украинские парашютисты были прекрасно вооружены и снабжены всем необходимым.
После окончания войны атаман влачил нищенское существование в лагерях для перемещенных лиц. В эмиграции Боровец объединил в Украинской национальной гвардии ряд своих бывших соратников и участвовал в разработке (совместно с белорусами) проектов по заброске десантных групп на территорию УССР. Кроме диверсионной деятельности, бывший атаман редактировал журнал «Меч и Воля».
ВОЙНА НА КАВКАЗЕ