Земляные тюрьмы в Корожной башне представляли собой глубокие ямы, обложенные изнутри и по дну кирпичом. Сверху клали засыпанные землей доски. Через небольшое отверстие, которое закрывали железной дверью с замком, вниз подавали скудную еду и воду, вытаскивали нечистоты, а иногда и поднимали самого узника, который жил в яме на гнилой соломе в полной темноте, одолеваемый полчищами паразитов и крыс. Обычно сюда сажали упорствующих раскольников. Хотя земляные тюрьмы были уничтожены по указу Синода в 1742 году, в 1768 году в подобную же «подземельную тюрьму» при Московском Ивановском девичьем монастыре посадили Салтычиху. Если вши, крысы, холод и сырость больше всего досаждали узникам земляных тюрем, то сидевшие в «уединенной тюрьме» – каменных «чуланах» вдоль внутренних стен Корожной башни – страдали от неудобства и тесноты: ни встать, ни лечь, ни вытянуть ноги в этих камерах они не могли. По замерам А. П. Иванова, в среднем величина каменного мешка – 2,15 на 2,2 м. Окна камер были очень узки и почти не пропускали света и воздуха, для которого над дверью делали отдушину. В таком каменном мешке 16 лет просидел последний кошевой Запорожской Сечи П. И. Калнишевский, присланный в 87-летнем возрасте «на вечное содержание под строжайший присмотр». Впрочем, Калнишевский в 1801 году вышел на свободу в возрасте 110 лет «без повреждения нравственных сил» и прожил в монастыре, уже по доброй воле, до своей смерти еще два года. Конечно, это случай исключительный – большинству сидение в каменных «чуланах» жизнь не удлиняло. Особенно было тяжело зимой, и, как жаловался А. Д. Меншикову в 1726 году узник монастыря Варлаам Овсянников, «оную тюрьму во всю зиму не топили и от превеликой под здешним градусом стужи многократно был при смерти». Просторнее были камеры в Головленковой башне (6,5 на 2,2 м). В 1718 году в монастырском дворе построили тюремное здание с камерами на двух этажах.
Условия содержания на Соловках да и в других монастырях-тюрьмах определяли следующие обстоятельства: предписания сопроводительного указа, поведение заключенного и, наконец, воля архимандрита. От последнего зависело ослабление или усиление многих режимных строгостей. Некоторых заключенных сажали на цепь, годами держали в ямах и каменных мешках, сковывали ручными и ножными железами, били кнутом, плетьми, шелепами. Им давали только хлеб и воду, заставляли работать на цепи в кухне по 18 часов в сутки: просеивать муку, месить тесто, печь хлеба, выносить нечистоты, стирать белье. Черные работы в монастыре были вообще разнообразны и тяжелы.
Другие заключенные, по мнению монастырского начальства, были достойны более комфортабельной жизни. Их могли расковать и, при желании узника, постричь в монахи. Это означало, что человек расставался со всякими надеждами вернуться на материк, но зато он уже не считался колодником. Особенно охотно такую льготу предоставляли раскаявшимся раскольникам, которых годами увещевали отказаться от двоеперстия и других своих «заблуждений». Они давали нередко фиктивное согласие постричься, чтобы избежать земляной тюрьмы или каменного мешка. В целом жизнь в монастыре отличалась такой суровостью, что иным каторга на материке казалась раем. В своей челобитной 1743 года бывший секретарь Михаил Пархомов просил, чтобы «вместо сей ссылки в каторжную работу меня отдали, с радостию моей души готов на каторгу, нежели в сем крайсветном, заморском, темном и студеном, прегорьком и прескорбном месте быти».
Бежать из монастыря было нелегко – за колодниками тщательно следили, их «чуланы» и вещи регулярно обыскивали. Нарушителей же режима ждало наказание – «смирение»: хлеб да вода, порка плетьми, содержание в цепях, дополнительные кандалы и т. д. В истории Соловков немало побегов, но, по-видимому, среди них почти нет удачных – если арестанта не находили, то это не означало, что он сумел добраться до материка, куда ходил только «извозный карбас». Скорее всего, такой беглец тонул в Белом море.
Но и всевластный на островах архимандрит или игумен не всегда мог облегчить колодникам жизнь. С одной стороны, он, как и все российские подданные, боялся доносов со стороны монахов и извета колодника. С другой стороны, содержание особо опасных преступников регламентировали специальные указы. Так, в указе 1701 года о содержании Игнатия (Ивана Шангина) говорилось: «Послать в Соловецкий монастырь, в Головленкову тюрьму, быть ему в той тюрьме за крепким караулом по его смерть неисходно, а пищу ему давать против таких же ссыльных».