Смена рулевого в закавказской республике произошла в середине июля 1969 года: от власти был отстранен Вели Ахундов, который пришел к руководству Азербайджаном в один год с Рашидовым (правда, на несколько месяцев позже — летом 1959 года). Ахундов принадлежал к одному из самых влиятельных азербайджанских кланов — шушинскому (вторым по степени влияния был гянджинский клан), хотя и не был его уроженцем (он родился в Кубинском районе, что возле Баку), однако был женат на представительнице шушинского клана.
Вообще политику в Азербайджане, помимо шушинского и гянджинского, делали следующие кланы: нахичеванский (Начихеванская АССР), агдамский, шекинский, апшеронский, ленкоранский, геокчайский, агдашский, шемахинский и ряд других. У каждого из этих кланов была своя область приложения сил: так, гянджинский специализировался на виноделии и правоохранительной системе; нахичеванский — на торговле цветами; агдамский — на виноградарстве и виноделии, на общественном питании и торговле; ленкоранский — на овощеводстве и рыбном промысле; шекинский — на искусстве, образовании и науке; апшеронский — на рыболовстве и городском хозяйстве в Баку и т. д.
Отметим, что только один клан — шушинский — не замыкался на одной определенной сфере деятельности и претендовал на управление всем Азербайджаном. Именно представители этого клана долгое время были партийными руководителями республики и практически все обитали в Баку, правда не прерывая связь с родными краями: в Шуше у них сохранялись их родовые дома. В Москве прекрасно знали, что этот клан был одним из самых националистических и протурецких, однако доверяли ему власть в республике, сдерживая и контролируя его действия не только из Центра, но и с помощью других азербайджанских кланов.
Власть Ахундова длилась ровно десять лет, пока в повестку дня Москвы с особой остротой не встали нефтяной и хлопковый вопросы. Дело в том, что Азербайджан считался одной из главных нефтяных кладовых СССР, после Сибири: северо-западная часть последней в конце 60-х выдавала «на-гора» 31 миллион тонн нефти, Азербайджан — 21 миллион. В 1967 году, после того как нефть окончательно обогнала уголь и стала первым источником энергии во всем мире, политический вес закавказской «нефтекладовой» в глазах Центра неимоверно вырос. Однако одновременно с этим упало и доверие Центра к прежнему руководству: в Москве посчитали, что шушинцы не смогут обеспечить справедливое распределение финансовых средств от нефтяных поступлений и вряд ли смогут удержать республику от нового витка коррупции.
Что касается хлопковой проблемы, то здесь ситуация была похожей. В конце 60-х Москва задумала расширить производство «белого золота» в стране и заставила все хлопкосеющие республики напрячь все свои силы с целью решения этой задачи. Однако Ахундов стал противиться этому, опасаясь разрушения традиционного уклада села и роста безработицы (при нем в Азербайджане в год собирали около 300 тысяч тонн хлопка — четвертое место в СССР после Узбекистана, Туркмении и Таджикистана).
Вот почему врача по образованию Ахундова было решено заменить силовиком— кадровым чекистом с 25-летним опытом работы в КГБ 46-летним Гейдаром Алиевым (пришел в систему госбезопасности в самом начале войны и в 1967 году дослужился до должности председателя КГБ Азербайджана). Отметим, что Алиев был представителем нахичеванского клана, который до этого никогда еще не поднимался до высот высшего руководства. По словам самого Алиева, он этого назначения не хотел и даже пытался сказать об этом Брежневу.
Приведение к власти в республике кадрового чекиста было беспрецедентным явлением для всего СССР — до этого ничего подобного еще не происходило. Судя по всему, свою роль здесь сыграли не только причины экономического характера, но и политического: после подавления «бархатной революции» в ЧССР, советское руководство указывало своим доморощенным либералам их место: дескать, не зарывайтесь.
Как уже говорилось, в своих взаимоотношениях с республиканскими элитами Москва всегда учитывала особенности их клановых систем. Она весьма эффективно поднимала на властный верх одни кланы, а другие держала на втором плане, заставляя усмирять свои аппетиты ради общего дела. Одним из важных рычагов в этой политике была, как ни странно, коррупция. Центральная власть очень часто поощряла ее, намеренно развращая республиканские элиты, чтобы потом, что называется, «посадить на крючок». Ведь, имея компромат на любого из коррупционеров, можно было легко им манипулировать. Это была типичная схема подкупа и вербовки, которую всегда использовали (и используют до сих пор) спецслужбы всего мира. При Хрущеве, который попытался резко ограничить компетенцию спецслужб, этот важнейший рычаг практически не использовался, однако при Брежневе он заработал с новой силой, для чего на Лубянку и был прислан триумвират в лице Андропова — Цвигуна — Цинева.