В 1987 году Трофимофф вышел в отставку в звании полковника и продолжил работать в Центре дознаний уже как гражданский специалист. А в декабре 1994 года он и Ириней были арестованы немецкой контрразведкой по обвинению в шпионаже. Причина провала Трофимофф до конца неизвестна. В принципе его могли выдать сотрудники ПГУ КГБ, работавшие в Германии и ставшие предателями. Это Геннадий Варенник, завербованный ЦРУ в Бонне марте 1987 года, и Владимир Фоменко, работавший в Мюнхене под прикрытием должности вице-консула и попросивший в октябре 1991 года политического убежища у германских властей. Но, скорее всего, о работе Трофимофф на советскую разведку в ФРГ узнали из мемуаров Калугина, вышедших на Западе в 1994 году, где на странице 198 он пишет о неком настоятеле прихода из Мюнхена и его друге из американской военной разведки, являвшихся агентами КГБ.
Впрочем, дело о шпионаже Трофимофф и Иренея очень скоро развалилось, поскольку в ФРГ для таких преступлений действует пятилетний срок давности, а никаких доказательств, что арестованные занимались шпионской деятельностью последние пяти лет у следствия не было. Что же касается денег, которые Ириней якобы передал Трофимофф, то оба заявили, что это частный долг. В результате арестованных освободили ввиду отсутствия каких-либо улик.
Оказавшись на свободе, Трофимофф немедленно уволился со службы и вернулся в США. Вместе с женой Ютой он поселился в городе Мельбурне во Флориде и зажил там обычной жизнью пенсионера. Позднее соседи отзывались о нем как об очаровательном человеке, азартном теннисисте и страстном садоводе. Получая обычную военную пенсию (5300 долларов в месяц), Трофимофф часть дня работал либо в парикмахерской, либо упаковщком в местном супермаркете, где коллеги дали ему прозвище «Джордж-немец». Впрочем, работал он не из-за мелкой корысти, а для того, чтобы не сидеть без дела.
Однако в ФБР не забыли о процессе 1994 года, поскольку в США, как уже говорилось, нет срока давности по делам о шпионаже. Но так как отец Ириней в 1999 году умер в Мюнхене, агенты Бюро стали разрабатывать одного Трофимофф. В июне 2000 года агент ФБР посетил Трофимофф и, представившись связным российской разведки, предложил продолжить сотрудничество и сообщить о тех секретах, которые отставной полковник мог еще помнить. По непонятным причинам Трофимофф согласился. Объяснить это довольно трудно, поскольку вряд ли он не мог не знать о судьбе бывшего сотрудника АНБ Роберта Липки, который в 1996 году был арестован в результате такой же провокации со стороны ФБР. Очередная встреча Трофимофф с «русским разведчиком» состоялась 14 июня в городе Тампа в одном из номеров отеля «Хилтон». Их разговор записали на пленку, после чего Трофимофф был арестован и доставлен в федеральный суд, где ему предъявили обвинение в шпионаже. И поскольку судья отказал ему в освобождении под залог, он был препровожден в тюремную камеру.
Судебный процесс над Трофимофф начался 20 июня 2000 года. В 13- страничном обвинительном заключении говорилось, что он в 1969 году был завербован Иринеем для работы на КГБ. Встречаясь с сотрудниками КГБ, обвиняемый передавал им секретную информацию, за что получил в общей сложности около 250 тысяч долларов. Заместитель федерального прокурора США Лора Ингерсолл, представлявшая на процессе обвинение, охарактеризовала деятельность Трофимофф как нанесшую огромной ущерб национальной безопасности Соединенных Штатов и потребовала для него пожизненного заключения. При этом она заявила: «Он не какой-то случайный шпион, он — совершенный, идеальный агент, каких еще не было».
Сам же Трофимофф в ответ на предъявленные обвинения заявил, что историю о своей шпионской деятельности, которая была записана на пленку агентами ФБР, он выдумал. При этом он особо подчеркнул, что он рассказывал о якобы переданных им секретных документах, встречах с советскими разведчиками, награждении орденом Красного Знамени только для того, чтобы произвести соответствующее впечатление. «Вся эта история была основана на нужде в деньгах, — сказал он судье. — Я стыжусь ее».
После того как Трофимофф отказался признать себя виновным, процесс над ним принял затяжной характер. Все это время в Москве опасались проживающего в США Калугина, и, как оказалось, не напрасно. Как уже было сказано, после ареста Ханссена администрация Буша-младшего решила использовать дело Трофимофф в своих целях. В результате 5 июня 2001 года судебный процесс над Трофимофф возобновился, а через несколько дней в зале суда появился главный свидетель обвинения — Калугин. Поклявшись говорить исключительно правду, он заявил, что, будучи начальником управления «К» ПГУ, в 70-х годах проводил многочасовые беседы с Трофимофф в Вене и передал ему 90 тысяч долларов. При этом Калугин утверждал, что Лубянка «считала этого американца ценным агентом и получала от него важную информацию».