Во время встреч с Мечулаевым и Хренковым Эймс регулярно передавал им всю информацию об операциях и агентах ЦРУ, к которой имел доступ. Но двойная жизнь постепенно стала накладывать на него свой отпечаток. Именно в Риме в его семейной жизни появились серьезные проблемы. «Рик становился все более равнодушным, — вспоминала впоследствии Мария Росарио. — Он проявлял все меньший интерес ко мне и, так сказать, к сексуальной части наших отношений, что было для меня очень болезненно… Я решила, что Олдрич просто стал импотентом». Правда, родившийся вскоре сын отвлек ее от мыслей о проблемах с потенцией мужа.
В 1989 году Эймс возвращается в Вашингтон и вновь занимает пост начальника контрразведывательного отделения отдела СВЕ, получив, как и раньше, доступ практически ко всем секретам ЦРУ. На этой должности он проработал до октября 1990 года. Затем его перевели в контрразведывательный центр ЦРУ, где он стал заниматься аналитической работой, связанной с проникновением в КГБ. В августе 1991 года Эймс временно возвращается в отдел СВЕ начальником так называемой «рабочей группы по КГБ». Задачей данной группы было «окончательное» разрушение КГБ СССР. В ЦРУ считали, что после известных событий августа 1991 года КГБ стал очень уязвим в политическом и финансовом отношениях. Поэтому перед оперативными работниками была поставлена цель добиться того, чтобы российский парламент сократил на 90 процентов бюджет ПГУ КГБ, которое занималось внешней разведкой. Но эта затея не увенчалась успехом, после чего рабочая группа по КГБ в конце сентября 1991 года была ликвидирована, а Эймс получил назначение в Центр по борьбе с наркотиками ЦРУ.
В Центре по борьбе с наркотиками Эймс начал работать с декабря 1991 года. Он отвечал за причерноморские страны и Балканский полуостров. В его задачу входила координация действий всех спецслужб США и сотрудничавших с ними зарубежных спецслужб, а также организация обмена информацией между ними. В этот период Эймс также продолжал сотрудничество с КГБ и передал своему новому оператору Юрию Кареткину секретные материалы из локальной компьютерной сети ЦРУ, к которой имел доступ. Разумеется, эти встречи всегда проходили за пределами территории США. Так продолжалось до его ареста 21 февраля 1994 года.
Как утверждают сотрудники ФБР и ЦРУ, аресту Эймса предшествовала кропотливая работа по выявлению предателя. Начало ей положили многочисленные провалы агентуры ЦРУ в СССР в 1985–1987 годах. Сначала в ЦРУ полагали, что провалы связаны с предательством Говарда, сбежавшего в СССР в сентябре 1985 года. Но вскоре стало ясно, что не все провалы можно отнести на его счет.
Первое время охота на «крота» носила спорадический характер. В декабре 1985 года директор ЦРУ Уильям Кейси отдал приказ принять все возможные меры по выяснению причин провалов. Для исполнения этого приказа в ЦРУ была создана специальная группа из четырех человек, которая занялась анализом всех имеющихся по этому вопросу материалов. Но в 1988 году работы по поиску «крота» были заморожены, так как в это время начал создаваться контрразведывательный центр и усилия контрразведки ЦРУ были сосредоточены на решении других вопросов, имевших, как тогда казалось, более важное значение. ФБР также занималось поиском «крота», но первое время сконцентрировало внимание на последствиях предательства Говарда.
Но в 1991 году, после того как провалились несколько важных операций американской разведки, поиски «крота» возобновились с удвоенной энергией. Была создана совместная группа из сотрудников ЦРУ и ФБР, которая вновь проанализировала все произошедшие с 1985 года провалы. При этом в группе из-за извечной конкуренции между ФБР и ЦРУ начались трения. Они закончились скандалом, который устроил начальник вашингтонского бюро ФБР Роберт Брайант. Он обвинил сотрудников ЦРУ в сокрытии информации и пригрозил подать на ЦРУ в суд за «создание помех правосудию». На некоторое время поиск «крота» был приостановлен, пока «миротворцы» с обеих сторон не урегулировали конфликт.
К марту 1992 года круг подозреваемых сузился, и основное внимание было переключено на Эймса. Выяснилось, что он еще в 1986 году был под подозрением, но тогда агент КГБ в Восточном Берлине передал ЦРУ информацию о том, что советские спецслужбы нашли доступ к центральному узлу коммуникаций, расположенному около Лэнгли, на военной базе в городке Варрентон. Поэтому расследование о причастности Эймса к провалам прекратилось, так и не начавшись. Кроме того, было установлено, что в 1986 и 1990 годах Эймс успешно прошел проверку на детекторе лжи. Но поскольку специалистам полиграфа не сообщили о подозрениях в отношении Эймса, тогда была проведена лишь «стандартная проверка», показавшая его благонадежность.