По злой иронии судьбы самого Говарда в том же году также выдали ФБР, и сделал это сотрудник советской внешней разведки. Эта история началась 1 августа 1985 года в Италии, когда во время командировки в Рим исчез заместитель начальника 1-го (американского) отдела ПГУ КГБ полковник Виталий Сергеевич Юрченко. Позднее он утверждал, что его похитили на территории Ватиканского музея сотрудники ЦРУ. В свою очередь американцы настаивали на том, что он сам пришел в посольство США в Риме и попросил политического убежища. Так или иначе, но Юрченко доставили в США, где он рассказал все, что ему было известно о работе КГБ против американцев. Так, с его помощью был раскрыт Рональд Пелтон, бывший работник АНБ США, который сам предложил свои услуги советской разведке. Другим советским агентом, разоблаченным с помощью Юрченко, стал Говард. В ходе допросов Юрченко рассказал о бывшем сотруднике ЦРУ, проходившем в ПГУ под псевдонимом «Роберт», и сообщил о нем два важных факта. Во-первых, о встрече «Роберта» с представителями КГБ в Австрии, во-вторых, что «Роберт» проходил подготовку для работы в московской резидентуре ЦРУ, но еще до начала командировки был уволен из разведки.
Дело о советском «кроте» было передано в ФБР, сотрудники которого быстро установили, что «Робертом» мог быть только Говард. За ним было установлено скрытое наблюдение, его телефон был поставлен на прослушивание, а 19 сентября 1985 года Джерри Браун из контрразведывательного отдела ФБР и бывший начальник Говарда в ЦРУ Томас Милз допросили его в Санта-Фе. В ходе допроса Говарду было предъявлено обвинение в контактах с КГБ, о которых, дескать, ЦРУ и ФБР стало известно от сбежавшего в Лондон в июле 1985 года бывшего исполняющего обязанности резидента КГБ в Англии Олега Гордиевского. Говард полностью отверг предъявленные ему обвинения. И поскольку прямых доказательств его вины у ФБР не было, то он был оставлен на свободе.
Почувствовав, что кольцо вокруг него сжимается, Говард принял решение бежать в СССР. 21 сентября 1985 года он с женой выехал на прогулку. Машину вела Мери, а Говард сел на заднее сидение. Рядом с собой он положил манекен в бейсбольной кепке, точно такой же, какая была и на нем самом. На одном из поворотов он посадил манекен вместо себя, а сам выпрыгнул из машины в кусты. Следующие за машиной агенты ФБР не заметили подмены и вечером доложили начальству, что Говард с женой возвратились в дом. После этого они продолжили наблюдение. Сам же Говард в это время вылетел в Хельсинки, откуда был переправлен в Москву. В Москве Говарда поселили на конспиративной квартире, после чего приступили к опросу, который проводили начальник ПГУ КГБ Владимир Крючков и опытный разведчик, в 1978–1982 годах бывший резидентом в Канаде, Владимир Иванович Мечулаев.
Бегство Говарда вызвало в ФБР и ЦРУ состояние шока. Его жена Мери немедленно была подвергнута интенсивным допросам, в ходе которых сообщила следователям номер счета в швейцарском банке, на котором лежало 150 тысяч долларов, и рассказала о тайнике в пустыне штата Нью-Мексико, в котором было обнаружено еще 10 тысяч долларов. Специальный комитет по разведке палаты представителей конгресса США в уже упомянутом выше докладе обрушил шквал критики на действия ЦРУ в деле Говарда, назвав происшедшее «одной из наиболее серьезных потерь в истории разведки США». В докладе приводились слова начальника контрразведывательного отдела ЦРУ Гарднера Хатауэя, который признал: «то, что сделал Говард, имело для нас разрушительные последствия», а также отметил, что Говард раскрыл КГБ «некоторые из наиболее важных операций, которые мы когда- либо проводили в Советском Союзе».
Тем временем находящийся в СССР Говард был окружен заботой и вниманием. Его поселили в закрытом поселке Жуковка в 40 километрах под Москвой, где в его распоряжении был дом из пяти комнат, повар, горничная и круглосуточная охрана. А 7 августа 1986 года в «Известиях» было опубликовано следующее сообщение:
«В Президиум Верховного Совета СССР обратился гражданин США бывший сотрудник ЦРУ Говард Эдвард Ли с просьбой о предоставлении ему политического убежища в СССР. Свою просьбу он мотивировал тем, что вынужден скрываться от спецслужб США, которые необоснованно его преследуют. Руководствуясь гуманными соображениями, Президиум Верховного Совета СССР удовлетворил просьбу Говарда Эдварда Ли, и ему предоставлено право проживания в СССР по политическим мотивам».
Интересные замечания о личности Говарда оставил в своей книге хорошо знавший его Крючков. В частности, он пишет:
«Говард обладал широкой эрудицией, неплохо разбирался в экономике, финансовых проблемах, а бизнесмен он, как говорится, вообще от Бога. Имея денежные сбережения на счетах западных банков, Говард активно играл на разнице курсов валют и почти никогда не оставался в проигрыше.