Далее события развивались так. После наложения эмбарго на торговлю с Кубой, США разорвали с ней дипломатические отношения. Потом два американских бомбардировщика совершили налет на аэропорты Гаваны и Сантьяго, а следом полторы тысячи кубинских оппозиционеров, подготовленных в США, попытались свергнуть режим Кастро, высадившись у городка Плая-Хирон, в бухте Кочинос. Фидель знал, что повстанцам с «Гранмы» удалось выжить лишь чудом — второго чуда на земле Кубы он не допустил. Операция Вашингтона полностью провалилась — десант был разгромлен, 1113 оппозиционеров попали в плен (впоследствии Кастро продал их США за 60 млн. долларов, поступивших на Кубу в виде медикаментов и сельскохозяйственных машин). Чуть раньше по Кубе прошел слух, будто Че Гевара покончил жизнь самоубийством, пустив себе пулю в лоб. В действительности дело обстояло несколько иначе: случайно упавшее на землю оружие самопроизвольно выстрелило, и пуля попала в Че, после чего на лице команданте остался заметный шрам.
Когда Че Гевара приехал посмотреть на пленных наемников, один из gusanos (червей — так называли кубинских контрреволюционеров), узнав его, обмочился от страха, поскольку был уверен, что Че мертв. Другой подобострастно обратился к команданте: "Если нужно, я тоже готов добровольно убирать сахарный тростник". На что Че презрительно ответил: "Нет! Убирать сахарный тростник будут друзья революции, а не ее враги".
Понимая, что десант у Плая-Хирон — не последняя попытка Белого Дома свести счеты со строптивой Кубой, правительство Кастро, не удовлетворившись одной лишь беспрецедентной пропагандистской кампанией в мировой прессе в поддержку "острова свободы", пошло на еще большее сближение с СССР. Результат — разразившийся в октябре 1962 года карибский кризис.
Начавшись именно с Кубы, разрешился кризис безо всякого ее участия. Хрущев и Кеннеди договорились о следующем: СССР демонтирует и вывозит с Кубы свои ракетные установки, а Вашингтон взамен снимает с острова блокаду, отказывается от планов вторжения, а также выводит свои ракеты «Юпитер» из Турции, непосредственно граничащей с СССР. Кубинские лидеры поняли, что оказались пешками в чужой игре. СССР за их спиной пошел на компромисс с врагом. Кастро не скрывал досаду, Че был просто в ярости. Впрочем, Фидель, несмотря на весь свой радикализм, был все же прирожденным политиком и вскоре смирился с наступившими временами "мирного сосуществования", ведущими к бесконечным взаимным уступкам. Че Гевара, напротив, с этих пор начал все больше и больше отдаляться от Москвы: "Русские заставляют платить за помощь слишком дорогую цену". В дальнейшем это не могло не привести и к разладу уже между Фиделем и Че.
В декабре 1964 года Че Гевара, выступая с трибуны ООН, отпустил шпильку в адрес Советского Союза: "Мы хотим строить социализм, но мы входим в группу неприсоединившихся. Мы марксисты, но, как и неприсоединившиеся, мы боремся с империализмом". Фидель не поддержал его выступление против старшего русского брата, поскольку строил отношения с Кремлем, исходя из жизненно важных интересов Кубы.
Через два месяца в Алжире на Второй афро-азиатской экономической конференции Че Гевара сказал в своей речи: "Советский Союз продает свою помощь народным революциям исходя из эгоистической внешней политики, далекой от великих задач международного рабочего класса". В Москве это восприняли как оскорбление. Отношения Фиделя и Че испортились окончательно. Два дня и две ночи барбудос беседовали наедине, пытаясь найти взаимоприемлемый выход из положения. Чтобы избавить Кастро от упреков Кремля, команданте Че отказался от кубинского гражданства, вновь став гражданином мира. Он не мог и не хотел более оставаться на Кубе, он готовился продолжить бой под другими небесами. Что ж, государственного деятеля из него не получилось, зато опыта партизанской войны ему было не занимать… Испытывая тягу к аутентичности, а отчасти и по воле обстоятельств, Че Гевара вновь "оседлал Росинанта".
20 апреля 1965 года на вопрос журналистов о Че Фидель Кастро ответил: "Я могу только сказать, что он находится сейчас там, где он более всего необходим Революции". 3 октября Фидель предал огласке письмо Че: "Я официально отказываюсь от должности в руководстве партии, от поста министра, от звания команданте, от кубинского гражданства. Теперь более ничто не связывает меня с Кубой, если не считать невидимых нитей, которые, в отличие от официальных документов, нельзя разорвать".