Десятилетнего Уильяма решились отдать в школу, но не на пансион: с 28 января он стал трижды в неделю посещать уроки преподобного Уортона в Митчеме, пригороде Лондона, отвозил его кучер, в классе было шесть мальчишек, учили латынь, математику, но в основном, судя по его воспоминаниям, ловили жуков. Отец его весь остаток зимы и весну готовил книгу об усоногих. В мае в лондонском зоопарке появился новый жилец, Обаша, первый бегемот, привезенный в Англию; Томас Маколей назвал его «отвратительнейшим Божьим творением», но королева сказала, что его глаза «чрезвычайно умны». Мисс Торли с девочками ездили его смотреть, все в восторге. В начале лета в Даун-хауз съехалась толпа племянников, хозяин 11 июня отправился на неделю в Малверн, а по возвращении обнаружил, что Энни плохо: отказывалась играть, жаловалась на усталость, плакала. Приписали недомогание жаре, но отец подозревал, что это его ужасная болезнь проявилась у дочери. Галли предложил привезти ее в Малверн, родители отказались: к тому времени отец уже перестал верить в гомеопатию, мать боялась холодных обливаний. Жара спала, Энни поправилась, в августе мать повезла ее на экскурсию в Ноул, олений парк в графстве Кент, потом вся семья, включая пятимесячного Леонарда, отправилась в поместье Лит-Хилл в Суррее, где жили отошедший от фарфоровых дел (их принял Фрэнк Веджвуд) Джосайя III с Каролиной. Когда вернулись, Эмма вновь носила ребенка.
Купили кенара, учили петь, Дарвин размышлял: для чего птицы поют? (Считалось — чтобы славить Господа.) Уильям увлекся жуками, отец решил, что это наследственное, обрадовался, накупил ему сачков. В школу пора ездить самому, купили пони, учили езде без стремян (нельзя пони делать больно), Уильям дважды расшибся, но выучился. И надо было что-то решать с его образованием. Он был сообразителен, но, кроме ловли жуков, рвения не проявлял ни к чему. Была в Лондоне прогрессивная школа Брюс-Кастл: педагоги вместо зубрежки прививали любознательность, в программе — естественные науки, техника. Дорого, 80 фунтов за семестр. Дарвин советовался с Фоксом: «Мы сейчас только и думаем что о школе, мне ненавистна мысль, что мальчики 7 или 8 лет убьют на зубрежку латыни…» Но решиться на Брюс-Кастл он был не готов: «Очень рискованно так отклониться от обычного курса, как бы плох тот ни был». Съездили с Уильямом посмотреть школу, понравилась, но отец продолжал колебаться, родственники советовали престижную классическую школу Регби, а сын пока продолжал ездить в Митчем. Но тут стало не до него: Энни опять расхворалась, диагноз никто не мог поставить. В начале октября мисс Торли повезла ее и Генриетту на морской курорт Рамсгейт. Через неделю прибыли и родители. Но Энни стало хуже.
Мать забрала ее в Лондон, показать Холланду. Тот произнес общие слова о «нервном утомлении», на которое списывали все недиагностируемые хвори, особенно у женщин и девочек. Ни диагноза, ни внятных симптомов, все как у отца. В отчаянии он писал Фоксу, что, может, лучше было не заводить семью. В декабре Энни кашляла, мать опять повезла ее к Холланду, он прописал полоскания, не помогло. Решились на водолечение, написали Галли, что приедут весной, дома начали обливания и обертывания, девочка простудилась еще сильнее, в марте вся семья свалилась с гриппом, обливания прекратили. 24 марта 1851 года Дарвин отвез Энни, Генриетту, мисс Торли и мисс Броди в Малверн, снял дом. Через несколько дней Энни перестала кашлять, окрепла. Он воспрял духом, помчался в Лондон, обегал знакомых. Ожидалось грандиозное событие — первая Всемирная выставка, для которой построили Хрустальный дворец, гигантское здание из стекла и металла. Лайель был членом выставочного комитета, рассказывал о диковинах: прибор, предсказывающий бури, машина, передающая на расстояние печатные тексты. Дарвин помчался домой — собирать семейство для поездки на выставку. А 15 апреля Торли телеграфировала, что Энни хуже.
На другой день он был в Малверне. Состояние больной продолжало ухудшаться: высокая температура, рвота. Диагностировали «желудочную лихорадку», лечили вином и камфарой. Эмма собиралась рожать, едва ходила, прислала на помощь мужу невестку, Фанни Веджвуд; за ней самой ухаживала сестра Элизабет. Дарвин слал жене отчеты: «Нынче у нее жар… но доктор полагает, она поправляется… ухудшения нет; только что она поела каши и сказала, что больше не хочет…» Он вроде бы и хотел не волновать жену, но привык ей жаловаться и сдержаться не мог: «Ты не узнала бы нашу прежнюю Энни в этих обострившихся, страдальческих чертах… Она только что сказала "папа"… Я тогда осмелился надеяться, что увижу мою прежнюю дорогую Энни с ее живым круглым личиком… Мне легче, когда я пишу тебе, потому что, пока пишу, я могу плакать…» 22 апреля Энни стало лучше, он сообщил, что она выздоравливает. 23-го она потеряла сознание и через несколько часов умерла.