Его преемником стал Эрхард Мильх, заместитель Германа Геринга – статс-секретарь Имперского министерства авиации. В Имперском министерстве авиации он сосредоточил в своих руках большую власть – теоретически все ведомства, кроме министерского управления и Генштаба, курировались и подчинялись статс-секретарю. После смерти Эрнеста Удета он аннулировал предыдущие в целом неудачные проекты разработок новых революционных типов самолетов и сделал ставку на старые, но надежные и проверенные Me-110, Ме-109, Ju-88 и Не-111. Он сумел значительно поднять производственные показатели авиационной промышленности, и к 1944 году выпуск одних только одномоторных истребителей в Германии, стремящейся противостоять стратегическим бомбардировкам союзников, достиг невероятной цифры – 23 805 самолетов (в СССР в том же году – 16 703). Во многом благодаря ему люфтваффе оставалось грозным противником в воздухе до самого конца войны. Несмотря на его огромные достижения в развитии люфтваффе, он допустил один глобальный стратегический просчет: вовремя не оценил большие перспективы реактивной авиации. Когда в апреле 1941 года совершил свой первый полет первый в мире реактивный истребитель Messer – schmit Me.262, Э. Удет заявил, что эта машина – революция в авиации и ее немедленно надо запускать в серийное производство. Мильх помнил все прежние «революционные» проекты Э. Удета, закончившиеся полным крахом, и делать машину не спешил. С новым перепроектированным двигателем полет истребителя состоялся только 18 июля 1942 года. По многим характеристикам новая машина превосходила традиционные истребители. Однако Мильх посчитал запуск в серию принципиально нового, еще с «детскими болезнями», самолета делом неоправданным и слишком рискованным. К тому же в то время со своими задачами неплохо справлялись выпускавшиеся огромными сериями истребители «Мессершмитт» Bf. 109 и «Фоке-Вульф» Fw-190. Да и цена Ме.262 была более чем в 5 раз выше, чем Bf. 109. Но, тем не менее, отказываться от нового самолета люфтваффе не собиралось. Летом 1942 года было заказано 15 машин и еще столько же – в декабре. Но так как проект Ме.262 в то время не имел приоритетного статуса, работы по нему шли неспешно.
Ситуация изменилась в 1943 году, когда отставание авиации люфтваффе от самолетов противника становилось все ощутимее. Превосходство в воздухе уже было потеряно, нарастала интенсивность стратегических бомбардировок территории рейха. Вермахт потерпел крупные поражения под Сталинградом и на Курской дуге, в Африке. Ожидалась высадка англо-американских войск во Франции. Высшее командование вновь заинтересовалось Ме.262. Однако теперь Гитлер увидел в этом самолете не истребитель, а скоростной бомбардировщик, способный, несмотря на мощное противодействие истребительной авиации, сорвать предстоящее вторжение в первой, самой слабой фазе. Фюрер обосновывал свой выбор тем, что в условиях господства авиации союзников обычные низкоскоростные бомбардировщики помешать вторжению не смогут. При этом Гитлер не рассматривал новый самолет исключительно в модификации бомбардировщика, он многого от него ожидал и как от истребителя, но бомбардировщик требовался ему в первую очередь. По мнению Мильха и других руководителей люфтваффе, эта идея Гитлера была крайне неудачной. Однако фюрер никакие доводы во внимание не принимал. В этой ситуации решение Гитлера, воспринятое как абсурдное, командованием люфтваффе было проигнорировано. Программа производства и испытаний самолета осталась без изменений. Когда Гитлер случайно узнал об этом за две недели до высадки союзников в Нормандии, разразился крупный скандал. За просчеты в организации производства реактивных бомбардировщиков Мильх по требованию Гитлера 21 июня 1944 года вынужден был подать в отставку [16, 29]. Производство Ме.262 было взято Гитлером под личный контроль. Только через несколько недель, в августе, первые бомбардировщики Ме.262А-2 вылетели на задания.
Неудачей закончилось и производство самолетов-снарядов (крылатых ракет в современной терминологии) Fi-103, более известных как «Фау-1». Из запущенных 11300 ракет большая часть была сбита британской авиацией и не долетела до Лондона, основной цели бомбардировок, а долетевшие не нанесли сколь-нибудь значительного ущерба.
После удаления Мильха с руководящих постов в августе 1944 года в Верховном командовании люфтваффе появилась должность шефа технических вооружений, которому подчинялись: главный отдел, отдел отечественных и зарубежных вооружений, управленческая группа авиационных разработок, управленческая группа разработок зенитного вооружения, испытательное командование ведомства разработок люфтваффе и другие отделы.