Одновременно с камуфляжем изменились и опознавательные знаки — прежние оказались недостаточно заметными. Это делалось по приказу «об улучшении видимости опознавательных знаков на самолетах ВВС КА» от 3 сентября 1943 г. Теперь они получили две окантовки: белую шириной 5 см и красную — 1 см. Хотя и раньше вокруг звезд иногда наносили белый кант. Но для Ер-2 этого оказалось недостаточно. Его силуэт оставался малознакомым бойцам советской ПВО. Чтобы избежать обстрела своими же истребителями и зенитчиками, красные звезды на «ерах» рисовали максимально больших размеров. На вертикальном оперении они занимали всю площадь шайб.
В 1945 г. на Ер-2 появляется необычный камуфляж. Границы цветовых полей представляли собой ломаные прямые. Такой стиль окраски и время его появления позволяют предположить, что цветами были серо-голубой (А-33м) и темно-серый (А-32м). Подобную расцветку предполагалось ввести на всех самолетах советских ВВС с ноября 1944 г.
В отличие от большинства советских самолетов периода ВОВ, фотографии Ер-2 с нарисованными на бортах личными эмблемами, дарственными надписями или обозначениями побед неизвестны.
Три Ер-2 выпуска завода № 18 в 1943 и 1944 гг. получили гражданские опознавательные знаки. Это были: № 1851106 (СССР-И541), № 1850405 (СССР-И586) и № 1850604 (СССР-И638), принадлежавшие соответственно моторостроительным заводам № 45, № 26 и № 16.
УЗЛЫ И АГРЕГАТЫ ДАЛЬНЕГО БОМБАРДИРОВЩИКА ЕР-2 С МОТОРАМИ М-105Р