Раскол среди демократов практически гарантировал победу республиканцев на Севере, а вместе с ней и достаточное количество голосов выборщиков, чтобы привести Линкольна в Белый дом. Хотя Ли не останавливался на этом вопросе, его взгляды в это время были не очень далеки от взглядов Линкольна. Оба мужчины не одобряли рабство как институт и надеялись, что ему позволят мирно угаснуть. Ни один из них не верил, что негры и белые могут или должны жить вместе на равных. Ли был не более энтузиастом, чем Линкольн, в вопросе распространения рабства на новые территории, хотя они могли бы разойтись во мнениях по поводу возвращения беглых рабов их хозяевам из "свободных" штатов. Ли уже продемонстрировал готовность преследовать "собственность" своих рабов и добиваться ее возвращения - право, подкрепленное решением Дреда Скотта, но против которого, несомненно, выступил бы Линкольн. Поднявшаяся страсть южан к правам штатов была темой, к которой Ли, как и Линкольн, подходил с осторожностью, поскольку, помимо экономических вопросов, единственными правами, которые действительно оспаривались, были возвращение беглых рабов и распространение рабства на новые территории на западе. Практически все остальные претензии южных штатов к федеральному правительству можно было бы согласовать при наличии минимальной доброй воли с обеих сторон, но тема рабства поляризовала страну по обе стороны вопроса до такой степени, что разговоры об отделении быстро стали бы реальностью. Такая перспектива тревожила Ли не меньше, чем Линкольна - оба хотели сохранить Союз, но Ли не допускал никаких угроз силой принудить южные штаты. Это была небольшая трещина в прочности его верности Союзу, но она должна была иметь огромные последствия, как для него, так и для Соединенных Штатов.
Важно понимать, что Ли шел к отделению неохотно, с бесконечными сомнениями и грустью, но с твердой чертой в голове, которую он не хотел или не мог переступить. Он не был солидарен с ликующими толпами, призывавшими к отделению, когда стало ясно, что Линкольн победил на президентских выборах 6 ноября 1860 года; он также не желал отказываться от звания в армии США, которого он так долго добивался. Кроме того, он был виргинцем, родился в поместье, которое часто посещал Джордж Вашингтон; он вырос в городе, где Джордж Вашингтон боготворил и посещал масонскую ложу; его сын владел домом, в котором Джордж Вашингтон ухаживал за своей женой Мартой. Федеральное правительство не было для Ли далекой абстракцией: от его дома до военного министерства было рукой подать. Ли было бы нелегко воспринимать это правительство как врага.
Через четыре дня после избрания Линкольна законодательное собрание штата Южная Каролина "выступило с призывом к съезду, чтобы вывести штат из состава Союза". В Техасе Ли увидел, как флаг Техасской республики "Одинокая звезда" заменил "Звезды и полосы" - флаг Союза. Это было, как он писал Кэстису, "конвульсией", которую он не мог одобрить. Уже было ясно, что Техас отделится, несмотря на противодействие губернатора Сэма Хьюстона, который, будучи изгнанным с поста, сказал разъяренной толпе: "Позвольте мне рассказать вам, что нас ждет. Пожертвовав бесчисленными миллионами сокровищ и сотнями тысяч жизней, вы можете завоевать независимость Юга, если Бог не будет против вас, но я сомневаюсь в этом. . . . Север полон решимости сохранить Союз. Они не такие вспыльчивые и импульсивные люди, как вы, потому что живут в более холодном климате. Но когда они начинают двигаться в заданном направлении, они движутся с неуклонной динамикой и настойчивостью могучей лавины". Хьюстон выразил то, чего уже опасался Ли. Задолго до отстранения Хьюстона от должности Ли писал Кэстису: "Я надеюсь, однако, что мудрость и патриотизм страны придумают какой-нибудь способ спасти его. . . . Три предложения [уходящего] президента Бьюкенена в высшей степени справедливы". Он сомневался, что план Бьюкенена одержит верх, но добавил: "Однако это моя единственная надежда на сохранение Союза, и я буду держаться за нее до последнего. . . . Хотя я хочу делать то, что правильно, я не желаю делать то, что неправильно, ни по указке Юга, ни по указке Севера". Один из их планов, похоже, заключается в возобновлении работорговли. Я против этого по всем пунктам".