Предложения В. Путина о реформе Совета Федерации вызвали хотя и скрытое, но резкое неприятие со стороны губернаторов. Наиболее откровенно выразил свой протест Ю. Лужков, который в момент обнародования проектов, находился с визитом в Израиле. Остальные же его коллеги, не обладавшие таким весом, как московский мэр, ворчали и интриговали втихую. Несколько депутатов Государственной думы признавались журналистам, что на них оказывалось давление с целью заставить голосовать против президентских инициатив. Критики было много со всех сторон, но «сенаторы» так и не решились вступить в открытый конфликт с президентом. Они не поставили вопрос об отзыве всего пакета законодательных инициатив, а пошли по пути формулирования поправок, что само по себе означало победу главы государства.
За права губернаторов вступился тогда влиятельный Борис Абрамович Березовский, который обратился с открытым письмом к В. Путину, назвав его предложения не демократическими, неадекватными поставленным задачам, вносящими "неразрешимые противоречия и хаос в юридические основы конституционного правопорядка". «Крестный отец русской мафии», как называли Березовского в США, вдруг выступил в защиту демократии! Действия Березовского были понятны: многие губернаторы были его креатурами, он формировал движение «Единство» (нынешняя «Единая Россия») по заказу Кремля... И теперь все рушилось!
Для того, чтобы окончательно сломить сопротивление губернаторов, администрация президента организовала утечку в прессу информации о том, что, дескать, готовится законопроект о лишении губернаторов права неприкосновенности. Тогдашний представитель президента в Государственной думе Александр Котенков открыто угрожал им, что если они будут лишены неприкосновенности, то 16 человек из них завтра же предстанут перед судом. Никто не знал, на кого уже накоплены компрометирующие материалы для передачи в суды, но каждый чувствовал себя в душе виновным.
В ходе затяжных закулисных переговоров между Кремлем и губернаторами В. Путин пошел на ряд уступок. Он согласился, чтобы новых «сенаторов» (по два от каждого субъекта федерации) не выбирало население, а назначали — одного сам лично губернатор, а второго региональное законодательное собрание. Они же получали право отзывать своих «сенаторов», если те не справлялись с решением порученных им задач.
Чтобы окончательно успокоить губернаторов, В. Путин подписал в августе 2000 года Указ о создании Государственного совета Российской Федерации - нового, не предусмотренного Конституцией совещательного органа, в состав которого входили губернаторы и высшие чины исполнительной власти. Хотя Госсовет рекламировался как «центр политической жизни» или как «политический орган стратегического назначения», на самом деле он не вышел из рамок некоего форума, на котором президент мог бы услышать голос из глубинной России, а не только постоянных кабинетных докладчиков.
Так с тех пор и сформировался в России самый нелепый «сенат» в истории мирового парламентаризма, состоящий из назначенцев, многие из которых просто покупали свои места в Совете Федерации, другие получали их в виде поощрения за ранее оказанные президенту услуги. Таким образом, например, «сенатором» от Чувашии стал Б. Слуцкер (один из крупнейших финансистов страны, бывший руководитель Российского еврейского конгресса), от Республики Тувы в Сенат попали сразу два экстравагантных представителя, одним из которых оказалась вдова покойного экс-мэра Санкт-Петербурга А.Собчака мадам Л. Нарусова, а вторым московский банкир С. Пугачев. Орловский губернатор Егор Строев (в прошлом член Политбюро ЦК КПСС, а в демократическое время председатель Совета Федерации) побил все рекорды, направив в «Сенат» в качестве представителя исполнительной власти Орловской области свою собственную дочь, пользующуюся к тому же дурной репутацией в области. По такому же принципу набирались впредь и остальные сенаторы. Ни о каком профессионализме их говорить не приходится. Показателен хотя бы такой штрих: «сенатор» от Татарстана Рафгат Алтынбаев, назначенный на этот пост президентом республики М.Шаймиевым, вследствие какого-то конфликта был отозван им с формулировкой «из-за профнепригодности», но через некоторое время тот же Алтынбаев был вновь назначен «сенатором», только на этот раз от Рязанской области — тамошним губернатором генералом Г. Шпаком.