В процессе этой борьбы, длившейся много лет, молодой царевич то вступал в союз с мангытскими мурзами, то обращался за помощью к правителям моголов. Однако ему так и не удалось одолеть владетелей Казахского ханства и восстановить в Восточном Дешт-и Кипчаке власть дома Абу-л-Хайра: слишком сильны были казахские владетели (они водили 30–70-тысячное войско), а около Мухаммада Шейбани была лишь небольшая группа людей (от нескольких десятков до 300–400 человек). Тогда Шейбани и efo ближайшее окружение, получив поддержку у могольского хана Махмуда, направили свои усилия на овладение территорией, принадлежащей Тимуридам. Предприятие это в силу объективных причин — раздробленности государства Тимуридов и ослабления его политической и военной мощи — оказалось удачным, и Шейбани с поддерживавшей его частью кочевых узбеков Восточного Дешт-и Кипчака завоевал сначала центральный Мавераннахр, а позже и другие части государства Тимуридов (до сих пор лучшей работой, посвященной истории завоевания государства Тимуридов кочевыми узбеками Дешт-и Кипчака, остается публикация проф. А. А. Семенова 1954 г.).
Вот краткая хронология военно-политических событий тех лет.
1500 г. — Шейбани при поддержке могольского хана Махмуда во главе небольшого отряда захватил Бухару и передал ее в удел своему младшему брату Махмуд-султану, а знать Самарканда без боя сдала ему город, но вскоре Шейбани был вынужден покинуть город.
1501 г. — Шейбани отвоевал у Тимурида Бабура Самарканд и сделал его столицей государства Шибанидов в Мавераннахре, а заодно захватил еще ряд городов и крепостей междуречья Амударьи и Сырдарьи.
1503 г., конец весны — Шейбани нанес поражение объединенным силам моголов и их союзников во главе с Махмуд-ханом, его братом Ахмад-султаном и Бабуром, разбив их на голову в бою под Ахси, у г. Архиан, захватил Ташкент, Сайрам, Шахрухийе, Ура-Тепе, Дизак и другие города и крепости Туркестана.
1504 г., весна — кочевые узбеки Восточного Дешт-и Кипчака во главе с Шибанидами завоевали Фергану, совершили поход на Хорезм.
1505 г., август — после десятимесячной осады был взят Ургенч, который защищал Чин Суфи, в качестве наместника Тимурида Султана Хусайна; особенно выдающееся участие в десятимесячной обороне города принимало туркменское племя адак. Самое подробное описание завоевания Шейбани-ханом Хорезма принадлежит перу Мухаммада Салиха, участника похода, хорезмийца по происхождению (
1506 г., 4 мая — скончался Султан Хусайн, номинальный глава Тимуридов, его сын и преемник Бади аз-Заман не сумел организовать отпор Шибанидам, и осенью того же года Балх сдался Шейбани-хану.
1507 г., май — гератское войско было разбито, и, согласно современнику тех событий Хондамиру, утром в пятницу 23 мая Шейбани вошел в Герат — другую столицу Тимуридов и потребовал от простых жителей города уплаты контрибуции в 100 тыс. и отдельно от знати — 35 тыс. тенгече (сумма огромная в то время). Город подвергся двухдневному грабежу. Кочевые узбеки во главе с Шибанидами захватили еще несколько городов Хорасана. Шейбани-хан все лето провел в Герате и лишь осенью 1507 г. направился оттуда на зимовку в Мавераннахр.
1508 г., весна — новый поход Шибанидов на Хорасан. Последний тимуридский правитель Средней Азии Бади аз-Заман бежал на запад, в Азербайджан, и после долгих лет скитаний на чужбине, наконец, скончался в Стамбуле в 1517 г.
Так Шейбани-хан стал владетелем обширного государства, простиравшегося от Сырдарьи и низовьев Амударьи до Центрального Афганистана.
Завоевание государства Тимуридов Шейбани-ханом привело к окончательному уходу потомков Абу-л-Хайр-хана с частью племен и родов Узбекского улуса с территории Восточного Дешт-и Кипчака и к перенесению термина
В истории крушения политической власти потомков эмира Тимура немаловажную роль сыграла и личность самого Шейбани-хана.
Завоеватель государства Тимуридов был внуком Абу-л-Хайр-хана и старшим сыном Шах-Будаг-султана. Он родился в 1451 г. По сведениям Бинаи и Хондамира, родительницу его звали Аккозы-бегим, она была «из рода Алтан-хана». Собственное имя Шейбани — Мухаммад. Но, как известно, знатное происхождение создавало на мусульманском Востоке сложную систему имен, и полное имя взрослого знатного человека может включать от трех до пяти и более компонентов. По Бинаи, Хафиз-и Танышу и Юсуфу Мунши, еще при рождении Мухаммада, его дед Абу-л-Хайр дал ему почетное прозвание (