Беда Мухаммеда заключалась в том, что он был парализован страхом перед возможной, таящейся во всех частях его необъятного государства, изменой, и, справедливости ради, следует сказать, что быстрота, с какой Чингиз-хан взял Бухару, полностью оправдала эти страхи. Если уж Бухара так легко оказалась в руках «разрушителя царств», что было говорить о Самарканде? Возможно ли в подобных обстоятельствах было доверять силе, — а главное верности, — его гарнизона. И хорезм-шах не стал ждать. Вместе с сыновьями он тайно выехал из города и поскакал в Карши, что в оазисе Нахшаб, говоря жителям местностей, через которые проезжал, что отныне они сами должны позаботиться о собственной безопасности, ибо он, правитель, уже не в силах чем-либо им помочь.
Наиболее опытные его военачальники указывали на то, что с падением Бухары Трансоксиану (Мавераннахр) не удержать. И он бежал к Оксу (Аму-Дарье), намереваясь сделать все возможное, чтобы удержать Хорасан и Персию. Его сын Джелаль эд-Дин заклинал его собрать все годные войска и держать линию обороны по Аму-Дарье, но прочие советники умоляли не рисковать и отсидеться в Газни, начав именно там собирать армию среди горцев Афганистана. «Наконец, — заклинал его Джелаль эд-Дин, — давайте же сделаем хоть что-нибудь, ибо, даже если мы будем разбиты, народ не скажет, что, взимая с него тяжкие подати и налоги в дни мира, мы бросили его одного на растерзание врагам в дни войны».
Хорезм-шах, как свойственно всем нерешительным людям, столкнувшись лицом к лицу с отвагой и решимостью молодости, отнесся к настойчивым просьбам принца как к советам неопытного юнца и продолжил бегство. В Балхе, узнав о падении Самарканда, он решил бежать в западную Персию, где мог собрать под свои знамена расквартированные там хорезмийские и персидские войска, а потому под охраной сильного тюркского эскорта направился в Хорасан. Но даже в кругу самых верных ему людей его поджидала измена. До его ушей дошли новые сведения о заговоре, зреющем среди людей его свиты. Хорезм-шах был потрясен известием, что ближайшие сподвижники намерены его убить. Несчастному монарху пришлось каждую ночь менять шатер, а однажды утром один из шатров, в котором, как полагали, он должен был ночевать, был насквозь пробит и засыпан стрелами.
В спешке Мухаммед скакал в Нишапур, прибыл в него 18 апреля, и там начал подготовку к созданию армии, твердо веря в то, что монголы не перейдут Аму-Дарью. Однако скоро пришли вести, что крупные монгольские силы форсировали Аму-Дарью и вступили в Хорасан.
Хорезм-шах не знал, что и думать, а главное, что предпринять в подобных условиях. Монголы шли за ним. Он понимал, что является целью их неотступного преследования, и это лишало его последних сил. Едва превозмогая страх, он объявил о срочном выезде на шахскую охоту и бежал (12 мая) в западную Персию.
Напомним, что Чингиз-хан, едва достигнув Самарканда, получил информацию о бегстве хорезм-шаха. Отдавая себе отчет в том, что противник его не оставит попыток оказать сопротивление и не сойдет с тропы войны, он отрядил 20 000 человек из своей армии (т. е. 2 тумэна) под командованием Джэбэ Нойона и Субудая Багатура, повелев им, не подвергая себя и своих людей ненужному риску, выяснить, где находится хорезм-шах и каковы его планы. В случае, если тот уже стоит во главе большой армии, монгольским военачальникам было строго приказано в бой не вступать, но, продолжая непрестанное, неусыпное наблюдение за врагом, тотчас послать гонцов в ставку Великого хана и ждать подкрепления. Если же Мухаммед пожелает спасти свое бренное существование бегством, Джэбэ и Субудай должны были преследовать его и взять в плен. Началось преследование, по отваге и военному мастерству сравнимое с лучшими военными деяниями прошлого. Джэбэ и Субудай сразу за Самаркандом напали на след скрывающегося от монголов правителя. Продолжая путь, они перешли Аму-Дарью у города Келиф. Существует несколько рассказов о том, каким образом монголы осуществили эту переправу. Они помогут понять, как ими форсировались все крупные реки. Один из способов описан у историка Ибн аль-Асира: «Они смастерили из дерева нечто вроде больших водопойных корыт, обтянули их бычьими шкурами, чтобы в них не проникала вода, положили в них свое оружие и свой скарб, пустили лошадей в воду, уцепившись за хвосты их, прикрепив к себе эти деревянные корыта, так что лошадь тащила за собой человека, а человек тащил корыто, и так переправились все за один раз». Вероятно, что Ибн аль-Асир не вполне правильно понял рассказ своего источника. Столь же странно звучит и другой рассказ. В соответствии с ним, монголы набили сухими ветвями кожаные бурдюки, которые всегда возили привязанными к седлу, и сделали из них нечто похожее на плоты, положили на них оружие и, держась одной рукой за плот, а другой за гриву своего коня, переплыли реку все сразу за один день.