Уральцы ответили телеграммой, в которой назвали случившееся недоразумением и сообщили об отправке делегаций для переговоров в Оренбург и Москву. Однако Цвиллинг не хотел ждать. 10 марта 1918 года во время переговоров по прямому проводу с делегатами Войскового съезда он заявил, что срок ультиматума вышел и им отправлен в область вооруженный отряд примерно в 200 человек при восьми пулеметах. В тот же день красногвардейский отряд занял Илек, город на севере Уральского войска, третий по численности населения населенный пункт области и важный транспортный узел. Командир отряда Ходаков предъявил местным жителям требование о признании советской власти, сдаче двух миллионов пудов хлеба по «твердым» ценам и имевшегося в городе оружия. Жители города заявили, что у них нет столько хлеба. В ответ Ходаков угрожал конфискацией зерна и репрессиями.
Илекчане начали готовиться к сопротивлению, отправили делегатов в соседние станицы и Уральск. У них было достаточно холодного оружия, но всего 15 винтовок, явно мало, чтобы противостоять хорошо вооруженному красногвардейскому отряду, который поддержала часть населения. Занятие города сопровождалось грабежом и массовыми арестами. На следующий день делегация жителей Илека потребовала освободить арестованных и покинуть пределы Уральской области. Ходаков отказался, но, что любопытно, не арестовал казаков. Утром 13 марта в Илеке вспыхнуло восстание, которое поддержали жители окрестных станиц. Дружины казаков-фронтовиков, несмотря на слабое вооружение, сумели захватить и разгромить опорные пункты красногвардейцев. Пленных красногвардейцев ждала жестокая расправа. Как вспоминал впоследствии казачий офицер Борис Киров, «казаки опускали пленного в прорубь, потом вытаскивали его и опять опускали и повторяли это до тех пор, пока он не превращался в ледяной столб, а потом пускали под лед». Пощадили только врача, фельдшера и сестер милосердия. Следовавшая вслед за отрядом Ходакова вторая группа красногвардейцев, получив сведения о разгроме, не пошла на Илек и вернулась в Оренбург.
С этого момента началась вооруженная борьба уральцев с советской властью. Созданное 29 марта 1918 года Уральское войсковое правительство во главе с меньшевиком Григорием Фомичевым распустило в области советы, от пятидесяти до шестидесяти членов областного совета и многие члены местных советов были арестованы. Избежать ареста удалось лишь восемнадцати советским работникам, которые спешно покинули область и сумели пробраться в Саратов. Одновременно началась мобилизация казаков в возрасте 19–35 лет в Уральскую казачью армию под командованием 37-летнего генерал-майора Михаила Мартынова. Мобилизация позволила сформировать пять дивизий и отдельные части и отряды.
Саратовский совет после подтверждения сведений о свержении советской власти в Уральске потребовал в середине апреля от войскового правительства признать Совнарком верховной властью Российской Советской Федеративной Социалистической Республики; немедленно восстановить разогнанный и частью арестованный Уральский совет; изгнать из Уральской области контрреволюционное офицерство, буржуазию и помещиков, освободить арестованных.
Однако уральское правительство, для которого выполнение ультиматума означало самороспуск, отвергло его. Впрочем, стороны согласились на обмен пленными и заложниками. В ответ Саратовский совет прекратил железнодорожное и телеграфное сообщение с Уральской областью и создал Армию Саратовского совета под командованием Загуменного для ведения военных действий против уральского казачества. Это объединение, как и многие другие подобные формирования, было армией лишь по названию. Громкое наименование, по мысли создателей, должно было устрашить противника и скрывало партизанский характер частей и подразделений, которые стихийно организовывались по приказам местного «правительства», которое считало необходимым иметь в своем распоряжении какую-либо вооруженную силу.
Чапаев вынужден был одновременно заниматься формированием подразделений Красной армии, их обучением и ведением боевых действий. Сплошной линии фронта весной и летом 1918 года на Уральском фронте не было, поэтому война была серией взаимных ударов отдельных отрядов и подразделений, иногда налетов нескольких человек, когда успех боя зависел от уровня боевой подготовки нападавших и оборонявшихся и внезапности удара. После ранений Чапаев не мог ездить верхом, предпочитая передвигаться на мотоцикле или автомобиле. В начале мая Чапаев атаковал казаков, занявших деревню на востоке Николаевского уезда. «Мы втроем — Чепаев, Демидкин и Михайлов — садимся в легковой автомобиль, ставим колеса “максимки”, берем пулеметчика, один около шофера, двое по бокам пулемета, и катим вперед. Цепь осталась позади, обогнали уже разведку и вихрем мчимся к станице. Нас начинают обстреливать из ружей и пулемета. Мы поворачиваем машину, даем задний ход и начинаем обстреливать из пулемета и маузеров станицу. Так с боем заезжаем в село, вытесняя оттуда противника», — вспоминал впоследствии Арсений Михайлов.