И тут Петр Яковлевич и его друзья встревожились не на шутку. «Мы здесь очень беспокоимся за Чаадаева, — сообщает Е. А. Свербеева Вяземскому, — что с ним будет». Он срочно забирает у переписчика и знакомой дамы какие-то две свои работы, и уже на следующий день после визита полковников доставляет их по собственной инициативе Брянчанинову. Однако 1 ноября на него обрушивается новое официальное известие. Московский обер-полицмейстер пригласил его к себе и объявил правительственные меры. «Прочтя предписание, — сообщал генерал Перфильев Бенкендорфу о реакции Чаадаева, — он смутился, чрезвычайно побледнел, слезы брызнули из глаз и не мог выговорить слова. Наконец, собравшись с силами, трепещущим голосом сказал: «Справедливо, совершенно справедливо», — объявляя, что действительно в то время, как сочинял сии письма, был болен и тогда образ жизни и мыслей имел противный настоящим, что ныне согласился издать в свет сумасбродные, скверные сии письма (это его собственные слова) по убеждению издателя Надеждина, быв в твердой уверенности, что цензура пропустит оныя; но что крайне был удивлен, когда Надеждин, приехав к нему и потирая руками, объявил, что оне пропущены; и что будто он, Чеодаев, узнав о сем, сам хотел писать на свое сочинение возражение. В противоречие же сему, продолжая разговор, говорил, что философические письма, давно написанные, были читаемы многими здесь и в Петербурге; что сие самое ободряло его и обольщало надеждою, что они будут одобрены, как и прежде, читавшими и что к сему он был увлечен авторским честолюбием. Впрочем, в продолжение разговора Чеодаев несколько раз повторял, с изъявлением удивления, как могла цензура пропустить подобное сочинение… Из отзывов Надеждина и Чеодаева заметно, что они друг друга обвиняют, упрекая в сих неприятных последствиях, которые теперь испытывают, и хотя видно было, что мера, объявленная Чеодаеву, его поразила и оскорбила чрезвычайно: но он принял сие с покорностию, повторяя: «Справедливо, совершенно справедливо». В публике поговаривают, что велено его лечить, но еще без уверенности в справедливости, а потому и общих суждений насчет сего еще не слышно».
Петр Яковлевич, действительно, был чрезвычайно поражен официальным признанием расстройства его ума, которым он так гордился. А. И. Тургенев, регулярно сообщавший Вяземскому в Петербург о развитии «телескопской» истории, пишет 3 ноября: «Сказывают, что Чаадаев сильно потрясен постигшим его наказанием; отпустил лошадей, сидит дома, похудел вдруг страшно и какие-то пятна на лице. Его кузины навещали его и сильно поражены его положением. Доктор приезжает наведываться о его официальной болезни». Через несколько дней в Петербург отправляется новый бюллетень: «Доктор ежедневно навещает Чаадаева. Он никуда из дома не выходит. Боюсь, чтобы он и в самом деле не помешался». 12 ноября Тургенев извещал Вяземского о состоянии Петра Яковлевича: «Я был у него и нашел его более в ажитации, чем прежде. Посещение доктора очень больно ему. Он писал третьего дня к графу Строганову и послал ему книгу Ястребцова…»
Подавленный наказанием, Чаадаев послал попечителю московского учебного округа уже упоминавшуюся книгу «О системе наук, приличных в наше время детям, назначаемым к образованнейшему классу общества», где отметил места о будущности России, которые ее автор писал «под мою диктовку». Отмеченные места, поясняет он в сопроводительном письме, показывают, как менялись абсолютные и слишком резкие мнения, которые он излагал шесть лет назад под воздействием болезненных впечатлений. «Для меня очень важно в интересе моей репутации хорошего гражданина, чтобы знали, что преследуемая статья не заключает в себе моего «profession de foi»[28], а только выражение горького чувства, давно истощенного. Я далек от того, чтобы отрекаться от всех мыслей, изложенных в означенном сочинении; в нем есть такие, которые я готов подписать кровью. Когда я в нем говорил, например, что «народы Запада, отыскивая истину, нашли благополучие и свободу», я только перефразировал изречение Спасителя: «Ищите царствия небесного, и все остальное приложится вам», и вы понимаете, что это не одна из тех мыслей, которые бросаешь сегодня на бумагу, чтобы завтра стереть, но верно также и то, что в нем много таких вещей, которых бы я, конечно, не сказал теперь. Так, например, я дал слишком большую долю католицизму, и думаю ныне, что он не всегда был верен своей миссии; я не довольно оценил стоимость элементов, которых у нас недоставало, и думаю теперь, что они намного содействовали сооружению нового общества; я не говорил о выгодах нашего изолированного положения, на которые я теперь смотрю, как на самую глубокую черту нашей социальной физиономии и как на основание нашего дальнейшего успеха; я не показал, что всеми, сколько есть прекрасных страниц в нашей истории, мы обязаны христианству, — факт, который в настоящее время послужил бы мне к опоре моей системы…».