Архитектоника «Мастера и Маргариты», в частности, три основных мира романа: древний ершалаимский, вечный потусторонний и современный московский, можно поставить в контекст учения Ф. о троичности как первооснове бытия, развиваемого в «Столпе и утверждении Истины». Философ говорил «о числе «три», как имманентном Истине, как внутренне неотделимом от нее. Не может быть меньше трех, ибо только три ипостаси извечно делают друг друга тем, что они извечно же суть. Только в единстве Трех каждая ипостась получает абсолютное утверждение, устанавливающее ее, как таковую». По мнению Ф., «всякая четвертая ипостась вносит в отношение к себе первых трех тот или иной порядок и, значит, собою ставит ипостаси в неодинаковую деятельность в отношении к себе, как ипостаси четвертой. Отсюда видно, что с четвертой ипостаси начинается сущность совершенно новая, тогда, как первые три были одного существа. Другими словами, Троица может быть без четвертой ипостаси, тогда как четвертая — самостоятельности не может иметь. Таков общий смысл троичного числа». Ф. связывал троичность с Божественной Троицей и указывал, что ее невозможно вывести «логически, ибо Бог — выше логики. Надо твердо помнить, что число «три» есть не следствие нашего понятия о Божестве, выводимое оттуда приемами умозаключения, а содержание самого переживания Божества, в Его превыше-ра-зумной действительности. Из понятия о Божестве нельзя вывести числа «три»; в переживании же сердцем нашим Божества это число просто дается как момент, как сторона бесконечного факта. Но, т. к. этот факт — не просто факт, то и данность его — не просто данность, а данность с бесконечно-углубленною разумностью, данность беспредельной умной дали… Числа вообще оказываются невыводимыми ни из чего другого, и все попытки на такую дедукцию терпят решительное крушение». По мнению Ф., «число три, в нашем разуме характеризующее безусловность Божества, свойственно всему тому, что обладает относительной самозаключенностью, — присуще заключенным в себе видам бытия. Положительно, число три являет себя всюду, как какая-то основная категория жизни и мышления». В качестве примеров Ф. приводил трехмерность пространства, трехмерность времени: прошлое, настоящее и будущее, наличие трех грамматических лиц практически во всех существующих языках, минимальный размер полной семьи в три человека: отец, мать, ребенок (точнее, воспринимаемой полной человеческим мышлением), философский закон трех моментов диалектического развития: тезис, антитезис и синтез, а также наличие трех координат человеческой психики, выражающихся в каждой личности: разума, воли и чувства. Добавим сюда и известный закон лингвистики: во всех языках мира первые три числительных — один, два, три относятся к древнейшему лексическому пласту и никогда не заимствуются.
Необходимо подчеркнуть, что доказанная Ф. троичность человеческого мышления напрямую связана с христианской Божественной Троицей (подобные троичные структуры присутствуют почти во всех известных религиях). В зависимости от того, верит наблюдатель в Бога или нет, троичность мышления может быть сочтена Божественным Вдохновением, или, наоборот, Божественная Троица может считаться производной от мыслительной структуры. С точки зрения науки троичность человеческого мышления можно связать с экспериментально выявленной асимметрией функций двух полушарий мозга, ибо число «три» является простейшим (наименьшим) выражением асимметрии в целых числах по формуле 3=2+1, в отличие от простейшей формулы симметрии 2=1+1. Действительно, трудно представить себе, чтобы мышление человека было симметричным. В этом случае люди, вероятно, с одной стороны, испытывали бы постоянно состояние раздвоенности, не могли бы принимать решений, а с другой — вечно находились бы в положении «Буриданова осла», находящегося на равном расстоянии от двух стогов сена (или вязанок хвороста) и обреченного погибнуть от голода, поскольку абсолютная свобода воли не позволяет ему предпочесть какой-нибудь из них (этот парадокс приписывают французскому схоласту XIV в. Жану Буридану). Ф. троичной асимметрии мышления человека противопоставлял симметрию человеческого тела, указывая также на гомотипию — подобие не только правой и левой, но и верхней и нижней его частей, также считая эту симметрию заданной Богом: «То, что обычно называется телом, — не более как онтологическая поверхность; а за нею, по ту сторону этой оболочки лежит мистическая глубина нашего существа». Булгаков, не будучи мистиком и православным, вряд ли напрямую придавал троичности «Мастера и Маргариты» какую-либо религиозную символику. Вместе с тем, в отличие от большинства основных функционально подобных персонажей трех миров, формирующих триады, два таких важных героя, как Мастер и Иешуа Га-Ноцри формируют только пару, а не триаду. Другую пару Мастер образует со своей возлюбленной, Маргаритой.