В 1934 г. Б. женился в третий раз на Анне Михайловне Лариной, дочери старого большевика М. З. Ларина (Лурье) (1882–1932), девушке необыкновенной красоты. В 1936 г. у них родился сын Юрий. После ареста Б. три его жены и двое детей были репрессированы.
Булгаков в романе «Мастер и Маргарита» довольно зло пародирует Б. в образе «нижнего жильца» Николая Ивановича, превратившегося в борова «средство доставки» служанки Маргариты Наташи на Великий бал у сатаны. Поводом для пародии могла послужить последовательно атеистическая позиция Б., доходившая порой до анекдотических признаний. Так, в автобиографии, помещенной в Энциклопедическом словаре «Гранат», Б. спокойно сообщал: «Примерно около этого времени (в 9-летнем возрасте или несколько позднее) я пережил первый т. н. «душевный кризис» и окончательно разделался с религией. Внешне это, между прочим, выразилось в довольно озорной форме: я поспорил с мальчишками, у которых оставалось почтение к святыням, и принес за языком из церкви «тело христово», победоносно выложив оное на стол. Не обошлось и здесь без курьезов. Случайно мне в это время подвернулась знаменитая «лекция об Антихристе» Владимира Соловьева (в данном случае речь идет о вставной повести об Антихристе в «Трех разговорах» (1900) В. С. Соловьева (1853–1900). — Б. С.), и одно время я колебался, не антихрист ли я. Так как я из Апокалипсиса знал (за чтение Апокалипсиса мне был, между прочим, сделан строгий выговор школьным священником), что мать антихриста должна была быть блудницей, то я допрашивал свою мать — женщину очень не глупую, на редкость честную и трудолюбивую, не чаявшую в детях души и в высшей степени добродетельную, — не блудница ли она, что, конечно, повергло ее в величайшее смущение, так как она никак не могла понять, откуда у меня могли быть такие вопросы». Булгаков превратил своего «нижнего жильца» Николая Ивановича в беса, сделав боровом. Здесь отразился рассказ Евангелия от Луки (VIII 26–39) о бесах, вышедших из человека и вошедших в стадо свиней. Автор «Мастера и Маргариты» знал, что Б. был казнен по сфальсифицированному приговору, и заставил восходящего к нему персонажа прибыть на Великий бал у сатаны, где оказываются и двое других подсудимых процесса «право-троцкистского блока». «Нижний жилец» имеет общее с Б. имя и отчество и портретно схож с ним, в частности, обладает «чуть-чуть поросячьими чертами лица», носит светлую бородку клинышком и одет в старомодную серую жилетку. Б., как отметила 23 апреля 1935 г. в своем дневнике третья жена писателя Е. С. Булгакова, на приеме в американском посольстве был в старомодном сюртуке, старомодно была одета и его супруга А.М. Ларина. В эпилоге Булгаков подчеркивает, что Николай Иванович превратился в «пожилого и солидного человека с бородкой, в пенсне». Воланд пародирует мотив казни Б., когда приказывает отправить «нижнего жильца», выступающего в обличье борова, на кухню к поварам, но затем успокаивает Маргариту, что его там не зарежут, и Николай Иванович просто побудет на кухне до окончания Великого бала у сатаны. Вероятно, создатель «Мастера и Маргариты» не считал Б. ни подлинным злодеем, ни по-настоящему творчески одаренным человеком, поэтому эрудированному иллюстратору марксистских схем, (вернее, восходящему к нему герою) на балу места не находится. Отметим, что Николай Иванович у Булгакова — не простой чиновник, а именно высокопоставленный ответственный работник, которого домой в особняк Маргариты доставляет персональная машина. Попытки же «нижнего жильца» соблазнить Наташу (в наказание за это его и превращают в борова) пародирует широко известное пристрастие Б. к прекрасному полу. Как раз в 1929 г., когда происходит действие «Мастера и Маргариты», Б. разошелся со своей второй супругой Э. И. Гурвич.
Интересно, что любимым героем Б. был Фауст, а творчеству Иоганна Вольфганга Гёте (1749–1832) он в 1932 г. посвятил специальный доклад, где доказывал, что «конец «Фауста» — уже смутное предчувствие, пророческая греза о социализме». В этой связи финал «Мастера и Маргариты» можно прочесть и как полемику с этим утверждением Б., поскольку Мастер, чьим прототипом послужил Фауст, и его вечная спутница обретают последний приют, где автор романа о Понтии Пилате вновь получает возможность творить, зато оказывается отгорожен от социализма, сломавшего его жизнь.