Именно так уже и происходило с "Императором Александром ИГ, который находился в Кронштадте со времени осенних испытаний 1903 г. Обнаруженная на испытаниях (как это было с "Цесаревичем" во Франции) рыскливость усугублялась чувствительностью корабля к перекладке руля на борт, отчего при 17-уз скорости появился большой крен, и от катастрофы спасла лишь быстрая перекладка руля и уменьшение скорости. Но МТК в силу своей вечной чиновной медлительности по-прежнему был не способен опережать события. Решение о предотвращении подобных явлений посредством срезания части боковых килей, заделки той самой по-французски изысканной прикильной части кормового дейдвуда и окна в нем *состоялось только 30 января 1904 г. К работам в доке смогли приступить в июле.
Состоявшийся с началом навигации перевод в Кронштадт одного за другим броненосцев привел Кронштадтский порт почти в состояние паралича, а работы на кораблях-к их глубокой дезорганизации. Этому способствовала нехватка местных рабочих рук, неустроенность прибывших с кораблями рабочих, потери времени на их ежедневные перевозки из Петербурга в Кронштадт, запутанность отношений портовых структур, строителя и уже назначенного на корабль экипажа. Ощутимо сказались ограниченные производственные мощности порта, и без того обремененного всегда большим объемом ремонтных работ.
Абсурд этой архаичной системы доходил, по свидетельству В. П. Костенко, до того, что постоянно занятый при достройке "Орла", приписанный к нему, петербургский буксир "Охта" периодически совершал рейсы для бункеровки в Петербург, так как в "чужом" Кронштадтском порту получить уголь было нельзя. Этот буксир, в ущерб работам у борта броненосца постоянно ходил в Петербург с деталями для обработки их на станках "своего" завода, так как в Кронштадте многие из этих работ выполнить не могли или не хотели. Как писал В. П. Костенко, броненосцы, переведенные в Кронштадт, оказались "оторваны от своих заводов и брошены на произвол судьбы у пустых стенок Кронштадтского порта".
Для броненосца "Орел" все эти обстоятельства были усугублены еще и огромным объемом работ по устранению последствий нелепой, но по-своему логической, прямо вытекающей из условий работ в Кронштадтском порту аварии. Она произошла первой же ночью после прихода корабля в Кронштадт 3 мая 1904 г. Стоявший у наружной стенки Кронштадтской гавани броненосец неожиданно для всех, оборвав швартовы, повалился на борт и не опрокинулся лишь потому, что до потери остойчивости сел днищем на грунт. Корабль оказался целиком (из-за множества монтажных отверстий в переборках) заполнен водой, вровень с ее горизонтом гавани. К двухнедельным работам по осушению отсеков и подъему корабля добавились расходы на переборку всех оказавшихся в воде электродвигателей и множества других механизмов.
Авария вызвала много толков и подозрений в диверсиях со стороны японских шпионов или рабочих, выбивших будто бы несколько заклепок в днище корабля. Этой сомнительной версии даже в 1917 г. придерживались авторы изданной МГШ официальной истории русско-японской войны. В действительности, как выяснилось сразу после аварии, все было гораздо проще. Из-за достроечной неразберихи и затянувшегося на корабле "двоевластия" должный надзор за состоянием швартовов, уровнем воды в гавани и глубиной под днищем организован пе был. В результате схода воды корабль сел на грунт. Оставленные не заделанными для работ на следующий день, низко расположенные отверстия для крепления снятых при переходе броневых плит начали принимать воду, которая и затопила все отсеки. Достройка и восстановление заняли еще полгода, и корабль сумел присоединиться к эскадре З. П. Рожественского только 22 сентября – за 6 дней до выхода ее из России.