И все же вопрос о перевооружении "Петра Великого" являлся второстепенным, отчего составление чертежей и заказ башен постоянно откладывались. Проектирование новых башен, приблизительно одинаковых по размерам со старыми, шло на Обуховском заводе и в сентябре 1900 года приостановилось из-за неоднократной корректировки чертежей и расчета соответствующего усиления корпуса. Дело осложнялось еще тем, что обе башни находились над котлами и машинами, и если в носовой еще и можно было как-то устроить подачу боезапаса прямо из погребов, то к кормовой приходилось его подавать через промежуточные отделения, перемещая по палубе. Главный инспектор кораблестроения Н. Е. Кутейников по этому поводу даже поднял вопрос о снятии кормовой башни, что значительно удешевляло и упрощало работы, хотя такая мера вдвое уменьшала артиллерийскую мощь броненосца.
Пока шли поиски и подсчеты, "Петр Великий" первый год нового XX столетия стоял без орудийных башен, снятых еще в октябре 1898 года, и считался уже второстепенной боевой единицей флота, даже с учетом полной исправности машин, котлов и водоотливной системы, требовавших лишь небольшой переборки после трехлетнего бездействия.
Начало двадцатого века – это период необычайного роста русского флота. Газетные страницы и иллюстрированные журналы того времени пестрели статьями о спусках на воду и вступлении в строй новых боевых кораблей. Росло и число эскадренных броненосцев – основной ударной силы флота, состоящей уже из семи черноморских и девяти балтийских кораблей. Во Франции находился в постройке "Цесаревич", в США – "Ретвизан". В состав тихоокеанской эскадры с Балтийского моря перевели однотипные "Севастополь", "Петропавловск" и "Полтаву". В Петербурге для нужд Дальнего Востока строились еще пять подобных "Цесаревичу" кораблей, а для усиления Черноморского флота в Николаеве полным ходом строился восьмой эскадренный броненосец. Далеко вперед по сравнению с 80-ми годами девятнадцатого века шагнула корабельная артиллерия, а также выделка броневых плит, венцом которой являлось их изготовление по способу, изобретенному инженерами германского "пушечного короля" Круппа.
"Петр Великий" к этому времени как броненосец водоизмещением 10 000 т значительно устарел и утратил свою боевую мощь. Его 456- и 305-мм бортовая железная броня по сопротивляемости снарядам соответствовала 203-мм и 178-мм "круппированной" броне, а палубная настилка толщиной 77,8 мм соответствовала 50,8-мм стальной броне, отчего корабль неоправданно нес на себе свыше 1000 т лишнего веса железной брони. Его старые 305-мм пушки вдвое меньшей длины были в четыре раза менее мощными в развитии дульной энергии, чем соответствующие орудия новых броненосцев. Не удовлетворяла и скорострельность, так как заряжались орудия "Петра Великого" в течение 15 минут вместо 1,5 у новых кораблей.
Возможность коренной перестройки "Петра Великого" в проектах А. Е. Леонтьева исключалась из-за отсутствия в то время в МТК сведений о метацентрической высоте. В Кораблестроительном отделении опасались, что по сравнению с броненосцами того же водоизмещения поздней постройки "Петр Великий", имевший меньшую ширину, после увеличения высоты борта, сооружения еще одной палубы и подъема на нее обеих башен будет недостаточно остойчив. Определение метацентрической высоты в мае 1900 года, доказавшее возможность модернизации, вынудило МТК заняться разработкой новых более совершенных проектов, включавших в себя и замену бронирования. В июне 1901 года по указанию Н. Е. Кутейникова корабельный инженер А. П. Шершов составил еще несколько вариантов модернизации. В этих вариантах замена машин и котлов не планировалась, хотя броненосец при последних испытаниях, проведенных в 1898 году, имел максимальную скорость всего лишь 13,5 узлов. Но все же этот недостаток частично компенсировался бы предстоящим перевооружением.
В первом варианте А. П. Шершов предлагал перестройку "Петра Великого" в высокобортный трехпалубный корабль, что позволяло при этом иметь метацентрическую высоту 1,22 м. Но МТК сразу же отверг этот вариант как наиболее сложный и дорогой. Перед А. П. Шершовым стояла сложная задача разместить на корабле две новые башни под 254-мм или 305-мм орудия, а между ними – артиллерию среднего калибра в бронированном каземате, не увеличивая при этом высоту надводного борта, а лишь заделав кормовой срез, чтобы иметь минимально допустимую метацентрическую высоту, определенную МТК в 1,52 м. Попытка поместить на корабль две башни, аналогичные башням главного калибра броненосцев типа "Бородино", два каземата: верхний с толщиной 102 мм для восьми 152-мм орудий и нижний, защищающий котлы и машины, с 127-мм броней (запас угля 884 т) привела к неудовлетворительным результатам. Метацентрическая высота получилась менее утвержденной МТК, а корабль имел перегрузку около 480 т. Все эти усовершенствования делались за счет снимаемой старой артиллерии и броневого бруствера.