Как видно, завод не прилагал усилий для скорейшего начала работ, ведь, согласно ст. 3 контракта, машины должны были быть готовы к установке не позже 15 июня, а сроки работ по их установке исчислялись с момента прихода "Петра Великого" в бассейн завода. Прождав еще 12 дней в Гриноке, в следующий прилив корабль, имевший осадку кормой 7,1 м, 30 июня в 10 часов утра с лоцманом на борту на буксире 6 пароходов пошел в Глазго. Мощности этих буксиров явно не хватало и приходилось постоянно работать машинами на малый ход вперед, имея для этого пар в шести носовых котлах. Несмотря на мягкий грунт, подводная обшивка периодически касалась дна, из-за чего приходилось делать остановки и с большими усилиями стаскивать корабль. Не дойдя до завода Эльдера около 5 миль, в час дня при начавшемся уже отливе остановились и легли днищем на грунт. К 10 час. 30 мин. вечера при увеличении уровня воды "Петр Великий" всплыл и пошел к заводу, несколько раз останавливаясь из-за недостаточной глубины, и к бассейну завода подошел только в 1 час 45 мин. ночи. Вновь начавшийся отлив помешал входу в бассейн, вырытый перпендикулярно руслу реки. Поставив корабль бортом вдоль левого берега реки, имеющей в этом месте ширину 95 м, при следующем приливе переменили место стоянки, оттянув нос далее от берега, уже в третий раз оставаясь в малую воду на грунте. При последней стоянке корабль, видимо, сев на твердые породы грунта, повредил себе днище. Непроницаемость обшивки не нарушилась, но оказались вдавлены несколько шпангоутов. Лишь к 3 часам утра 2 июля "Петр Великий" ввели в бассейн завода, где он и остановился у крана. Обследование повреждений дна, произведенное А. Е. Леонтьевым, выявило, что они не представляют никакой опасности и исправление их в доке не будет создавать больших трудностей.
На берегу корабль встречали матросы Н. Новожилов и А. Колюжный, доставившие сюда ящики с торпедными аппаратами из Кронштадта. Аппараты, изготовленные к началу июня 1881 года, а затем разобранные и упакованные в 19 ящиков общим весом 26 т, были доставлены в Кронштадт. Из Кронштадта 20 июня на английском пароходе "Т. Вильсон" их в сопровождении двух вышеназванных матросов отправили в г. Гулль, откуда по железной дороге они и были доставлены на завод.
На следующий день с правлением завода Эльдера начались переговоры по выяснению вопросов чисто организационного характера. Одновременно начались работы по демонтажу надстройки. Спустя три недели 25 июля на корабле, стоявшем под краном со снятыми трубой и мачтой, разобранными надстройками и палубами, начался демонтаж машин. Часть команды к тому времени перевели в заводские казармы, где ранее размещалась команда яхты "Ливадия". В начале августа машины с котлами были полностью вынуты и началась подготовка к постановке "Петра Великого" в док.
При вводе броненосца в док и более детальном осмотре выяснилось, что повреждения серьезнее, чем предполагалось. Оказалось согнутым вправо перо руля, а нижняя его часть с частью медной рамы надломлена. Средний киль и первые к нему боковые кили были стерты почти до наружной деревянной обшивки, а у следующих двух стерты фальшкили. Деревянные наделки под броней в районе клюзов истерты и помяты от лап якорей. Цинковые листы, положенные вокруг корабля для изоляции брони от медной обшивки, почти совсем разложились за время семилетней службы. Наружная обшивка по обе стороны киля при плавании в реке измялась и требовала замены. Для исправления этих повреждений пришлось заключить договор с заводом Эльдера, который оформил представитель Морского министерства в Англии капитан-лейтенант А. М. Линден. Эти работы задерживали сроки готовности к плаванию на две недели. Стало ясно, что даже с учетом десяти льготных дней, обусловленных контрактом, окончательная готовность корабля будет несколько позднее намечавшегося ранее 12 октября.
К моменту постановки в док изготовленные и собранные машины находились на стенде. Были готовы к установке в корабль котлы, дымовые ходы для них, гребные валы и ступицы для винтов. Началась сборка трубы и установка в ступицы лопастей. Готовились к гидравлической пробе паровые трубы. По механической части в доке производились работы по сборке новых фундаментов для машин, заделка отверстий от снятых кингстонов и вырубка новых. Сняли гребные винты, концевые гребные валы, изогнутый руль, медную обшивку, а деревянную наружную частично пришлось заменить. Производилось исправление боковых килей.
Несмотря на летние месяцы, сырой английский климат и бытовая неустроенность экипажа вызвали множество простудных заболеваний, часто переходящих в воспаление легких. 14 августа в береговом госпитале от этого скончался матрос 1 статьи Федор Лихачев. В тяжелом состоянии находились матросы Григорьев, Самсонов и Карпенко. В корабельном лазарете лежали еще 6 человек.