Окончив кампанию, "Александр II" стал к стенке Пароходного завода, где в ноябре начали ремонт барбетной установки. Ее подняли домкратами и заменили часть катков. Затем отремонтировали гидравлику. Спустя месяц, в конце 1903 г. на разоруженный корабль пришло известие, которого ждали вот уже два года, "управляющий Морским министерством приказал немедленно приступить к перемене котлов", – говорилось командиру корабля капитану 1 ранга M. А. Броницкому в присланной резолюции МТК.
Броненосец, ставший к тому времени почти "бессильным", предстояло перевооружить, обновить и превратить в более мощную единицу флота. Два других корабля, прежних "времен" царствования императора Александра III, "Николай I" и "Наварин" по решению МТК также должны будут последовать его "примеру".
В течение первого месяца с броненосца сняли артиллерию, отправив ее на арсеналы Обуховского завода, и часть вспомогательных механизмов. За- тем демонтировали трубы и начали разбирать котлы.
Но потом на полуразобранном корабле работы прекратили. В конце января ужасные вести из далекого Порт-Артура всколыхнули всю Россию. И чем больше и больше известий приходило о войне с Японией, тем яснее становилось то, что Российская империя в новых условиях развитого капитализма успешно вести войну не сможет. Властная верхушка, затаившись, взирала из Санкт-Петербурга на действия своих дальневосточных ставленников, на- деясь получить от них хотя бы какие-то обнадеживающие известия. Но их не было. Так продолжалось до апреля 1904 г., когда для спасения одной эскадры решили послать другую. Командовать этой эскадрой – "спасательницей" Николай II поручил "отличившемуся" на стрельбах в 1902 г. начальнику Главного морского штаба контр-адмиралу 3. П. Рожественскому.
Санкт-Петербургский и Кронштадтский порты и вся судостроительная промышленность России судорожно начали готовить к походу печально известную нам Вторую тихоокеанскую эскадру. В начале октября, когда эскадра ушла на Тихий океан, y Кронштадтского порта наконец- то вновь появилась возможность перевооружить оставшиеся "Николай I" и уже частично разобранный "Александр II". Приступить к перевооружению "Николая I" опять не успели. В по- мощь к эскадре 3. П. Рожественского, огибавшей Африку, царское правительство послало новую – уже Третью тихоокеанскую эскадру под командованием контр-адмирала Н. И. Небогатова. Ее флагманом назначался последний из оставшихся на Балтике боеспособных броненосцев. Им оказался "Николай I". В начале февраля 1905 г. ушла и эта эскадра.
Но, что кажется сейчас невероятным, в своей судорожной деятельности Главный морской штаб решил послать на Тихий океан в составе 4-го отряда двух ровесников "Александра II" и "Память Азова" Однако в начале июня абсурдность этого решения стала всем очевидна, и оба полуразобранных корабля оставили в покое. Их командирам поступили донесения, "что все вопросы, возбужденные в МТК для подготовки к плаванию, теряют всякую спешность". При этом сообщалось, что "эти суда следует готовить для внутреннего плавания".
Теперь Кронштадтский порт мог наконец-то начать их ремонт и перевооружение. Состав артиллерии определили еще в декабре 1904 г. на одном из заседаний МТК, прошедшем под председательством Главного инспектора морской артиллерии генерал-лейтенанта A. С. Кроткова.
Замену вооружения провели в соответствии с требованиями, предъявляемыми к учебно-артиллерийским кораблям. За исключением двух 305-мм орудий установили новую артиллерию – пять 203-мм орудий (четыре из которых находились на местах старых 229-мм и одно – в корме), восемь 152- и четыре 47-мм на батарейной и четыре 120-мм на верхней палубе. Прежние мачты, стеньги и реи сняли и заменили облегченными, уменьшенного размера. Для обеспечения ночных стрельб на каждой мачте и над радиорубкой y второй дымовой трубы установили на специальном мостике по два прожектора системы Манжена. Учитывая печальный опыт русско- японской войны, все бортовые минные (торпедные) аппараты сняли. Старые динамо-машины заменили новыми фирмы "Сименс и Гальске". Ходовые испытания, проходившие в июне 1905 г., показали удовлетворительную работу главных машин и в то же время многочисленные дефекты котлов, в которых сразу же обнаружилась течь. Чеканки котельных швов хватило только на кампанию 1905 г., основательно же котлы отремонтировали лишь к весне 1911 г., после чего скорость "Александра II" составляла 12,7 узла.