К концу 1896 г. средиземноморский отряд усилили. В него теперь помимо "Александра II" и "На- варина" входили "Николай I" и новейший броненосец "Сисой Великий", а также крейсер 2 ранга "Вестник". В январе 1897 г. к ним присоединились минный крейсер "Посадник" и миноносцы № 119 и № 120, ушедшие из Кронштадта еще с "Александром II". Воссоединение всех кораблей оказалось весьма своевременным. В январе на острове Крит произошли столкновения между греческой и турецкой частью населения. Конфликт возник случайно на одном из многочисленных базаров и, как это всегда бывает в таких случаях, перерос в массовые беспорядки, что повлекло с обеих сторон гибель около 60 человек. Между Грецией и Турцией, никогда до этого не бывшими в хороших отношениях, назревала война. Ее вероятность еще более стала очевидной после того, как в конце месяца греческий крейсер "Miaulis" обстрелял турецкий транспорт "Fuad".
Отдав должное Турции, следует сказать, что ее правительство сохраняло выдержку и прилагало много усилий к урегулированию конфликта. Но несмотря на это, противостояние усилилось. По решению ведущих держав, имевших свои флоты в Средиземном море, их объединенные силы блокировали остров Крит – основной очаг напряженности. Главной задачей блокады явилось недопущение провоза на остров регулярных войск. В блокировании острова приняли участие и российские корабли, дав тем самым знать дружественной Греции, что Россия, придерживаясь строгого нейтралитета, не пойдет на обострение отношений с ведущими державами. В самой Греции участие России в блокаде вызвало бурю негодований у простого населения.
Конфликт тянулся долго, и весь 1897 г. основной задачей отряда оставалась блокада Крита. В это время отряд постигла трагедия. 3 марта во время стрельб в кормовой башне "Сисоя Великого" произошел взрыв, унесший жизни 2 офицеров и 16 матросов. Подобной трагедии еще не знал Российский флот. "Сисой Великий" ушел на ремонт в Тулон, который продлился до конца 1897 г.
Плавание же отряда в "греческих водах" продолжалось до 5 апреля, когда в Суде корабли расстались. "Наварин", стоя в бухте, начал грузиться углем для того, чтобы продолжить блокаду, а "Александр II" ушел в Ретимо для подготовки к докованию в одном из мальтийских доков. 24 мая в 15 часов 45 мин. "Александр II", незадолго до этого вновь прибывший в Суду, снялся с якоря и медленно вышел из бухты. Его курс лежал на Мальту – крупнейшую английскую военно-морскую базу.
По пути на Мальту произвели артиллерийскую стрельбу. Ночью 27-го вахтенным открылись огни входного маяка Ла-Валетта. В 6 часов утра броненосец вошел в порт Ла-Валетта и по указанию лоцмана встал на бочки, ошвартовавшись кормой к берегу. Переход протяженностью 504 мили благополучно завершился.
Взору моряков предстал живописный рейд с застывшими на водной глади английскими броненосцами "Худ" и "Нил" и двумя малыми крейсерами. По "обочинам" гавани теснилось множество миноносцев и вспомогательных судов, a из доков виднелись мачты и трубы новейшего броненосца "Ривендж", знакомого нам по кильским торжествам, и броненосец-таран "Руперт".
Салютовав в 8 часов утра "нации" и старшему на рейде контр-адмиралу, чей флаг виднелся на блокшиве "Хиберия", командир "Александра II" капитан 1 ранга Никонов с российским консулом на Мальте коллежским советником Саксом отправился на блокшив. Согласовав с адмиралом свои действия по вводу корабля в док, командир вернулся назад, и уже после обеда команда начала выгружать боезапас.
Тяжелые 305-, 229- и 152-мм снаряды таскали на носилках и сгружали талями на пришвартованные к бортам баржи. Эта изнурительная работа не обошлась без происшествий. При подъеме 229-мм снарядов из кормового погреба один из них, будучи поднят до высоты жилой палубы, соскочил с совка и, упав, сильно повредил ногу комендору Ивану Малышеву. Комендора отправили в госпиталь, где ногу ампутировали выше колена. Стоянка в красивейшем порту обернулась для команды тяжелой работой и трагедией для одного из матросов.
На подготовку "Александра II" отводилось около двух недель – именно за это время английские власти планировали окончить докование тарана "Руперт".