Среди всех поручений, исполняемых Брюсом, особое место занимает его деятельность на посту президента учрежденной 15 декабря 1717 года Берг- и Мануфактур-коллегии. Выбор, сделанный Петром при назначении Брюса на эту должность, был неслучайным. Будучи губернатором Новгорода в 1701–1704 годы, Яков Брюс активно занимался развитием мануфактур, делал перепись всех находившихся в городе и его окрестностях мельниц, работавших в качестве источника двигательной силы на предприятиях. Интересы промышленности, особенно металлоплавильной, кожевенной, пороховой, текстильной, были близки генерал-фельдцейхмейстеру Брюсу, заботившемуся не только об артиллерийских и пушкарских школах, но и об организации мощной артиллерии как самостоятельного рода войск, хорошо одетого, обутого, накормленного и достойно вооруженного.
Кроме того, Я. В. Брюс живо интересовался разработками полезных ископаемых, в частности серы и селитры для составления рецепта пороха. Интересовался он и состоянием мануфактур в России.
Замкнутость, натуральный характер самого хозяйства России не способствовали частному предпринимательству и формированию промышленности. Поэтому только государство могло выступать инициатором создания промышленности. Катализатором этого процесса стала Северная война, стремление Петра добиться выхода в Балтийское море, «прорубив окно в Европу».
Первые мануфактуры в России появились еще в XVII веке. Одним из известнейших создателей первых металлоплавильных заводов был А. Виниус — голландец, построивший железоделательный завод близ Тулы в 1632 году. Виниус поставлял оружие и пушки в действующую армию. Тогда же стали возникать заводы на Волге, в Костроме, Смоленске, Владимире. Правительства Михаила Федоровича, а затем Алексея Михайловича старались поощрять отечественную промышленность государственными заказами, создавать льготные условия для предпринимателей России в торговле. Скажем, Новоторговый устав 1667 года, появившийся после неоднократных жалоб в русское правительство купцов, запрещал иностранным купцам на территории страны торговлю в розницу. Так, постепенно складывалась политика «меркантелизма» — поддержки отечественного производителя, которая фактически была приведена в систему, упорядочилась и наиболее ярко себя проявила в период деятельности петровских коллегий.
Сама идея формирования коллегиальной системы управления государством была подсказана Петру в период его пребывания за границей, и он, где только возможно, искал подтверждения и обоснования своим мыслям о перестройке работы приказов, а возможно, и их ликвидации. Я. В. Брюс в этом вопросе становится для Петра первым помощником. Как отмечает С. Князьков, предварительно по указанию Петра были собраны максимально полные сведения о работе органов управления в европейских странах и «весь этот материал поступил сначала к Брюсу». Прекрасно зная интересы России, Брюс переводит на русский язык регламенты центральных учреждений Дании, Швеции и других государств, знакомит Петра с учеными, занимавшимися теоретической основой системы государственного управления. Одним из таких ученых был Готвальд Лейбниц, который состоял в переписке со многими монархами Европы. Брюс, познакомившийся с Лейбницем в 1711 году, становится посредником между русским царем и великим ученым. Так возникает переписка не только Лейбница с Брюсом, но и Лейбница с Петром.
В одном из своих писем Петру Алексеевичу Лейбниц писал:
«Опыт достаточно показал, что государство можно привести в цветущее состояние только посредством учреждения хороших коллегий, ибо как в часах одно колесо приводится в движение другим, так и в великой государственной машине одна коллегия должна приводить в движение другую, и если все устроено с точной соразмерностью и гармонией, то стрелка жизни непременно будет показывать стране счастливые часы».
Петр знал, что ради «счастливых часов» стоило потрудиться, не жалея сил, и, уверовав в эту идею, убеждал всех, что коллегии вводятся «ради порядочного управления» государственными делами, «поправления полезной юстиции и полиции», содержания «в добром состоянии» сухопутных и военно-морских сил, умножения и приращения коммерции, рудокопных заводов и мануфактур. Царские указы разъясняли преимущества, которыми обладали коллегии по сравнению с приказами. Во-первых, у президента коллегии было меньше условий и возможностей для произвола, чем у руководителя приказа. В коллегиях «президент не может без соизволения товарищев своих ничего учинить», в то время «как старые судьи делали, что хотели».
Во-вторых, «истину легче установить при обсуждении какого-либо вопроса многими лицами». В этом случае «что один не постигнет, то постигнет другой». Коллегиально принятые решения, кроме того, будут иметь больший авторитет, чем решения единоличные.
В-третьих, преимущество коллегиальной системы управления состояло в том, что «единоличный правитель гнева сильных боится», в то время как при коллегиальном решении подобные опасения исчезают.