В октябре 1708 года Я. В. Брюс был послан по распоряжению Петра I в Глухов, откуда отправил царю донесение о состоянии дел в городе: «Доношу Вашему Величеству всеунижено, что прибрел я вчерашняго числа пополудни в Глухов и не обрел я при оном такова места, где б армея прибыточно могла боронится, для того, что около онаго великие и равные поля, також безлесное место, отчего великое оскудение здесь в городе дровами. И мню я, что из тех лесков, которые тут да инде около города, нашему войску дров тех на двое сутки не будет. Вся наша пехота в сдешном посаде и городе уберется квартерами. Крепость здешная вся из земли зделана не по правилу фортификации, и та везде обвалилась, однакож во иных местах с очищением и возможно во оной пяти полкам свободно боронится.
Пушек в оной железных и медных 21, которые еще всех не видел, понеже всего оных 5 на городе стоит. Сего числа осмотрю остальные пушки, також и иныя припасы артилериские и возврачюсь паки к армии.
Как гварнизон наш сюды вступил, то вся чернь зело обрадовалась. Токмо не гораздо приятен их приход был старшине здешной, а наипаче всех сдешному сотнику, которой поехал к господину фелтмаршалу Шереметеву купно с Четвертинским князем. И сказывают многие сдешныя жители, что он везьма мазепиной партии, которой у него всегда детей крещевал, и про Четвертинскаго сказывают, что тех же людей».
Следует отметить еще одну важную деталь в военной деятельности Я. В. Брюса. С 1708 года явно повышается его статус как опытного военачальника. В течение года он принимает участие в нескольких военных советах («военных думах», «военных консилиях»). В советах с января по май 1708 года Брюс участия принимать не мог, так как тяжело болел подагрой, а затем горячкой. В конце мая состоялась «генеральная консилия» в Чашниках, где кроме самого Я. В. Брюса присутствовали Б. П. Шереметев, А. Д. Меншиков, Н. И. Репнин и Л. Н. Алларт. 22–23 июня Яков Вилимович присутствовал на совете в Могилеве, а 30 июня — в Шклове. 26 сентября в присутствии царя состоялся военный совет близ Горбовичей. 23 ноября Брюс был на совете в Марковке. На совете в Лебедине 2 декабря 1708 года в присутствии Брюса решался вопрос о боевых действиях в районе Лебедин — Ромны — Гадяч. Участие в «консилиях» свидетельствует о растущей роли Я. В. Брюса и подведомственной ему артиллерии в планах русского командования.
Победа у Лесной оказала большое влияние на ход войны. Она подготовила условия для новой, еще более величественной победы под Полтавой. Петр так охарактеризовал эту победу: «…сия у нас победа может первая назваться, понеже над регулярным войском никогда такой не бывало, к тому же еще гораздо меньшим числом будучи пред неприятелем, и поистине оная виною всех благополучных последований России, понеже тут первая проба солдатская была и мать Полтавской баталии как ободрением людей, так и временем, ибо по девятимесячном времени оное младенца щастие произнесла…»
После Лесной Брюс следует за Петром в Смоленск, где узнает о победе адмирала Апраксина над шведским генералом Любекером в Ингерманландии и, увидев в присланной Апраксиным росписи пленных шведов имя Андрея Брюса, 12 октября пишет в Петербург к брату Роману: «И вы б о нем (Андрее Брюсе) пожалуйте уведомитес: швецкой ли он земли или ис шкоцкой (шотландской) земли выехал служить? И ежели ис шкоцкой земли он, то не худо бы вы ево к себе взяли и осведомились поподлиннее: чьего он дому? И о том, пожалуйте, ко мне отпиши».
Письмо это не только говорит об интересе Якова Вилимовича к своему однофамильцу, а возможно, и родственнику, здесь — очевидность доверительных отношений между братьями.
28 ноября он пишет дьякам Козлову и Павлову по поводу разработанных им зарядных ящиков: «Послал я к вам при сем писме чертеж, по которому прикажите писать на скорострелных 50 ящиках, которые делаете вы по посланному образцовому ящику из Горок, на крышках по полотну, а имянно: по земле красной пушки — желтою, орлы — черною, а ящики — красною ж краской. И как оные совсем будут сделаны, то присылайте их в походную полевую артилерию».
После славной победы при Лесной Петр устроил пышное торжество на празднование нового, 1709 года. Царь приехал в Сумы, где был и Брюс, и 1 января царское величество «новым годом и благополучным царствованием был поздравляем, причем была из пушек и от гвардии из ружья пальба, генералитет и штаб офицеры обедали в доме царскаго величества, веселились до полуночи» и любовались блистательным фейерверком.
Полтавская битва