«К сожалению, — сообщает В. Босс, — переписка Брюса с Флэмстидом не сохранилась, но нетрудно предположить, почему Флэмстиду и «Полковнику», так называли Брюса английские ученые, была выгодна их дружба. В английских кругах были хорошо известны близкие отношения между царем и Брюсом. Кроме того, Флэмстиду было также сообщено, какую сумму денег Петр оставил Брюсу на его обучение и на приобретение научных приборов и книг. А Флэмстид постоянно был без денег и вынужден был подрабатывать занятиями с учениками (в период с 1676 года по 1709 год у него их было около 140)». Формально Брюс не относился к числу учеников Флэмстида, так как у него был официальный учитель математики, который был другом и Флэмстида, и Ньютона, — Джон Колсон.
«Ивану Колсуну было плачено 48 гиней 17 апреля 1698 за «обучение Джекоба Брюса, как было оговорено контрактом, шесть месяцев, включая питание и проживание…». Другая запись гласит: «…денег 50 гиней плачено по повелению Великого Монарха Якову Брюсу, который учился математическому искусству у Ивана Колсуна». Он также получатель 150 гиней за «небольшую яхту… сделанную из кипариса».
Джон Колсон в 1698 году проживал в доме в Гудмэнз-Филдз. В этом же доме жил и Я. В. Брюс. От него, друга и ученика Ньютона, Брюс узнал основы натуральной философии Ньютона.
Валентин Босс считает, что Брюс познакомился с Колсоном после того, как вместе с Петром I побывал у королевского астронома Флэмстида в Гринвичской обсерватории в феврале и в марте. Скорее всего, Флэмстид познакомил Брюса с Колсоном, чем наоборот, хотя это могло произойти самостоятельно в Оксфорде 8 апреля во время пребывания там Петра и Брюса.
Очевидно, Петр, а может быть — Брюс, был высокого мнения о Колсоне, так как контракт, который заключил царь с ним на шесть месяцев по одобрению Брюса, был по ценам того времени необыкновенно щедрым. Колсон получил от него 48 гиней. Если сравнить эту плату с окладом Флэмстида, то они будут равны. Не исключена возможность, что Брюс платил Колсону еще дополнительно из тех 50 гиней, которые царь оставил Брюсу. Правда, у Брюса было много других поручений от царя, для выполнения которых тоже требовались деньги. Так, например, Флэмстид готовил «новые таблицы преломления для Полковника». В какой степени были включены в программу обучения Брюса вопросы натуральной философии и астрономии, можно только догадываться. Что же касается направления его математических занятий, то на этот вопрос дает совершенно четкий ответ каталог библиотеки Брюса. Он также проливает свет и на взаимоотношения Брюса с Джоном Колсоном.
По смерти Ньютона Колсон издал научный трактат на тему «дифференциального исчисления», как назвал свое изобретение сам Ньютон, и его (исчисления) «применения к геометрии кривых линий». Но это было не самой первой работой на английском языке, интерпретирующей открытие Ньютона. Первым был «Трактат по исчислениям» Карла Хэя (1704), который Брюс также, очевидно, приобрел. Но издание Джона Колсона имеет несравненное превосходство тем, что в нем имеется собственный текст Ньютона. Этот труд вышел в свет в 1736 году, а Брюс умер в 1735-м. Неизвестно, кто прислал Брюсу «Методику исчисления», но, очевидно, он же, этот кто-то, посылал ему и другие английские книги, которые значатся в каталоге его библиотеки.
В конце 1698 года Брюс вернулся в Россию первым российским ньютонианцем, первым русским ученым, проводником идей великого ученого. Дальнейшая деятельность Брюса по созданию навигационной школы, астрономической обсерватории, переводы научных трудов, практическая деятельность на посту президента Мануфактур- и Берг-коллеги, денежная реформа, занятия оптикой и математикой показывают, каким образом наука Ньютона впервые проникла и стала известной в России.
15 сентября из Лондона Брюс пишет Петру: «Милостивый государь! Перед отъездом твоим государским был мне твой государский приказ, чтоб мне пробыть в Лондоне только до первых чисел сентября месяца. И я зело желал, чтоб к тому времени докончить свое учение, да воистинно не мог, хотя по всяк день над тем прилежно сидел. И аще Бог изволит, чаю сего месяца сентября в последних числах докончить и ехать отсюда. А инструменты серебряные такожде которые для своего употребления изволил сделать приказывал, привезу с собою».