И второе. Такой неудачный поход, по мнению самого Голицына и правительницы Софьи, оказался весьма успешным, поскольку главными его задачами были — выполнение союзнических обязательств и оттягиванию на себя сил турецкого султана. При этом Петр Алексеевич, как об этом сообщает тот же Лефорт, не захотел даже встретить вернувшееся войско, считая поход крупной неудачей. К тому времени противостояние Петра с Софьей было достаточно серьезным.
От армии Голицына совсем не требовалось взятия Перекопа, крепости на самом деле неприступной даже для армий XX века. Задача, стоявшая перед русским правительством в 1687-м и позже в 1689 году, состояла в участии в войне против Турции с целью оттягивания на себя войск Порты, что было предусмотрено союзническим договором России со Священной Австрийской империей. Эта задача армией Голицына была успешно выполнена.
«Сей поход принес большую пользу Австрии, ибо разрушил союз, заключенный в Адрианополе между крымским ханом, французским послом и славным трансильванским принцем Текели. По сему союзу хан должен был дать 30 000 войска в помощь верховному визирю при вступлении его в Венгрию; сам же хан с таковым же числом должен был вместе с Текели напасть на Трансильванию. Франция обязывалась помогать Текели деньгами и дать ему искусных офицеров».
Поэтому и были награждены все участвовавшие офицеры, в том числе и братья Брюс.
За участие во втором Крымском походе Яков Брюс пожалован поместьем 130 четей земли и 15 рублями денег.
Личное знакомство Петра с Брюсами состоялось после второго Крымского похода в сентябре 1689 года. И связано это с разрешением кризисной ситуации, завершившей противостояние Петра и Софьи. 8 августа Петр, напуганный известием о том, что стрельцы якобы готовы по приказу царевны Софьи выступить против него, выехал в Троицу, следом за ним прибыло в монастырь и его окружение. Таким образом, образовалось два центра противостояния: Кремль с Софьей и Троицкий монастырь с 17-летним Петром. В ходе четырехнедельного противостояния все разрешилось в пользу Петра, и определяющим фактором в этой борьбе оказался приход в монастырь в поддержку Петра отряда иноземцев, несмотря на угрозу смертной казни, объявленную Софьей. Этим отрядом руководил шотландец по происхождению генерал Патрик (Петр Иванович) Гордон. Яков Брюс состоял в отряде поручиком. Прибытие в монастырь отряда П. Гордона состоялось 5 сентября 1689 года. Отряд иноземцев в полном составе был представлен Петру, который пожаловал их «к руке», спрашивал о здоровье и из собственных рук поднес по чарке вина. Так началась служба Я. В. Брюса непосредственно Петру Алексеевичу. За участие в походе к Троицкому монастырю, где, «живучи в Троицком монастыре, государское здоровье оберегали и в людских харчах и в конских кормах великую нужду и убытки терпели», Брюс был пожалован поместьем от 160 до 270 четвертей земли и деньгами от 16 до 37 рублей.
Конечно, говорить о том, что поручик Брюс и молодой царь сразу стали близки друг другу, излишне. Служба Якова Вилимовича проходила под непосредственным командованием П. Гордона, который, как следует из его дневника, 17 сентября 1689 года был вызван царем в Александровскую слободу, где показывал ему учение солдат. 18-го Гордон проводил перед государем конное учение и боевую стрельбу. Такие же учения проходили 19-го в 10 верстах от слободы, в Лукьяновой пустыни, 20 и 21 сентября — в поле. В этих «марсовых потехах» поручик Брюс, безусловно, принимал участие.
В начале октября, после переселения Софьи в Новодевичий монастырь, Петр вместе со свитой и войсками возвращается в Москву. В этот период происходят новые назначения на государственные должности и учреждение полков, которым в будущем суждено будет вытеснить стрельцов. Всего было образовано 4 полка, в каждом из которых было по восемь тысяч человек. Первый — Гордона, второй — Лефорта, третий — Преображенский, четвертый — Семеновский. Позже Преображенский полк был распределен по кораблям на морскую службу.
Жизнь в Москве сопровождалась смотрами и учениями. Так, 22 февраля 1690 года, по случаю рождения наследника престола Алексея, в Кремле прошел смотр полков, закончившийся стрельбой. На следующий день, в воскресенье 23 февраля, совершено было над царевичем таинство крещения в Чудовом монастыре, а в 4 часа пополудни приходили с поздравлением два солдатских и остальные шесть стрелецких полков с той же церемонией, что и накануне.