Объекты мемориала между тем постепенно разрушались, выходило из строя сложное оборудование, обнаружились микротрещины в бетоне монумента, рассыпались декоративные руины-новоделы. В изменившихся условиях хозяйствования мемориальный комплекс вдруг оказался должником. В газетах появились красноречивые заголовки: «Умирающий фетиш», «Крепость держит оборону», «Крепость просит защиты». Заволновалась общественность, недюжинную энергию и деловую хватку проявил новый директор мемориала В.В. Губаренко. Не знаю, насколько дело было серьезно, но совершенно оглушила новость, что опасно раскачивается и может упасть штыю-обелиск. Это было впечатляюще. В «Советской Белоруссии» вышла статья под названием «За жадность надо бить штыком по голове!». Проблемы крепости стали решать на самом высоком уровне.
12 апреля 1996 г. Совет глав правительств государств-участников СНГ принял решение о проведении капитального ремонта и реставрации комплекса как общей святыни. 22 июня, в день 55-летия обороны Брестской крепости, на ее территории прошел телерадиомарафон «Память» с целью сбора средств. На торжественном митинге в этот день присутствовали президент Республики Беларусь А. Г. Лукашенко и президент России Б.М. Ельцин. Высший Совет Содружества Белоруссии и России принял решение о выделении средств от каждого государства на капитальный ремонт и реставрацию объектов мемориала. 27 марта 1997 г. появился еще один документ: «О долевых взносах государств-участников СНГ на финансирование капитального ремонта и реставрацию мемориального комплекса «Брестская крепость-герой». Его подписали десять государств.
На деле финансовые обязательства полностью выполнили только Беларусь и Россия, частично — Казахстан и Молдова. Украина поставила гранитные плиты. В сборе средств оказали помощь правительство Москвы, Газпром России, нефтяная компания ЛУКОЙЛ, предприятия Бреста. В течение трех лет мемориал получил около полутора миллионов долларов. На эти деньги в 1998–2000 гг. были заменены демпферные устройства штыка, проведено обследование его несущей конструкции и креплений наружной обшивки. Специалистами «Брест-реставрации» выполнены работы по устройству площадки вокруг штыка-обелиска и подпорных стенок, проведена расчистка и углубление обводного канала Северного острова, реставрация скульптуры «Жажда», ремонт отдельных зданий.
В июне 1999 г. мемориалу был передан форт V. Начались работы по сохранению его как памятника истории, созданию здесь экспозиции, посвященной истории фортификаций и вооружений на западной границе России в середине XIX — начале XX в. 8 мая 2000 г. в форту состоялось торжественное открытие музея. Продолжается реставрация мемориального комплекса, ведется реконструкция площади Церемониалов, ремонт штыка-обелиска.
Несмотря ни на что, мемориал выжил и является центром патриотического воспитания. Сюда привозят школьников, различные делегации, здесь проводят памятные митинги и праздничные мероприятия. На площади Церемониалов принимают присягу солдаты Брестского гарнизона. Молодожены венчаются в храме и приносят цветы к Вечному огню. И все же мемориал — это официальная часть.
Наибольший интерес у посетителей вызывают не грандиозные бетонные монументы, а стены и башни старой крепости, казематы Восточного фронта, заброшенные капониры и форты номерного и литерного поясов.
Собственно от крепости на Центральном острове сохранилась южная часть оборонительной казармы с Холмскими и полуразрушенными Тереспольскими воротами, храм и казарма 33-го инженерного полка. На Кобринском укреплении — Восточный и Западный форты, Северные и Северо-Западные ворота, польские казармы, пороховые погреба, здание артиллерийской лаборатории, надровные капониры, главный вал с казематами. Западный остров для посещения недоступен.
Форт «Граф Берг» находится на территории современного мясокомбината. От укреплений уцелели отдельные казематы, частью приспособленные под хозяйственные помещения. До сих пор работает холодильник, построенный капитаном М. Догадиным.