Основную часть Волынского укрепления немцы зачистили на третий день боев. Некоторым защитникам удалось перебраться в Цитадель, и лишь единицы — группа Кислицкого — вырвались из кольца. Большинство погибли либо оказались в плену.
На Кобринском укреплении с момента военных действий возникло несколько участков обороны. На территории этого самого большого по площади укрепления находилось много складов, коновязей, артиллерийских парков. В казармах, а также в казематах земляного вала размещался личный состав, в Жилом городке — семьи начсостава. Кроме того, на острове стояли палатки приписного состава 44-го стрелкового и 33-го отдельного инженерного полков.
В первые часы войны через Северные ворота часть гарнизона прорвалась в пункты сбора. Командир 125-го стрелкового полка майор А.Э. Дулькейт под разрывами снарядов сумел вывести свои подразделения в район сосредоточения через Северо-Западные ворота. Прикрытие выхода из крепости, а затем оборону казармы 125-го стрелкового полка возглавил батальонный комиссар С.В. Дербенев. В Западном форту в бой вступила группа лейтенанта П.И. Давыдова.
В районе жилых домов начсостава, в корпусе № 5, не сумев пробиться в расположение своего полка, закрепилась группа командиров 125-го полка во главе с комбатом капитаном B.C. Шабловским. Здесь же нашли убежище женщины и дети, среди них жена старшины из 75-го разведывательного батальона С.И. Ноздрина: «Из дома в дом перебегали несколько раз. В последнем доме, где остановились, были военные и женщины. Военные находились на чердаках, оттуда вели стрельбу. Старшим был Шабловский, его все знали и слушали. Вооружены были пистолетами».
Из воспоминаний военврача 3-го ранга М.Н. Гаврилкина: «Капитан Шабловский хотел вывести оставшуюся группу военнослужащих из крепости, считал, что оборона бессмысленна. Попытались перебежать к Северным воротам, добежали до парка и были от Северных ворот обстреляны из пулемета. Повернули назад и вернулись в дом. Было их 20–25 человек. Поднялись на чердак. Там просидели до вечера. Из чердачного окна видели мост через Мухавец у Брестских ворот, заваленный трупами. Часа в 3–4 гитлеровские автоматчики попытались подойти к дому, но их обстреляли. Ночью в дом пробралась группа бойцов с гёрритории 125-го стрелкового полка».
Напряженный характер приобрели боевые действия в районе Восточных ворот, где сражались воины 98-го отдельного противотанкового дивизиона. Его командир капитан Н.И. Никитин, пытаясь вывести часть в район сосредоточения, отдал приказ грузить в тягачи и автомобили снаряды и секретные документы. Однако время было упущено. Когда колонна машин с прицепленными орудиями двинулась через Кобринские ворота, ее встретил сосредоточенный огонь пулеметов и противотанковых орудий 1-го батальона 130-го пехотного полка.
Заместитель командира батареи лейтенант B.C. Чесноков: «Когда мы сели в танкетки и только переехали ворота Восточного форта, как нас встретили немцы ураганным огнем противотанковой артиллерии. Первые машины загорелись, трем создали пробку. Попробовали ехать в объезд — некуда. Пришлось давать команду спасаться, занимать оборону в кювете и последним отходить обратно в свой форт».
Жена политрука Е.С. Костякова: «Прорваться из крепости удалось лишь одному тягачу, остальные были подбиты вместе с пушками сразу за воротами на горке. Бойцы, сидевшие на тягачах, почти все погибли. Я сама это видела, когда выходила из крепости».
В итоге получилось так, что уехал командир дивизиона, а большинство расчетов не смогли вырваться из огненного кольца. Начальник штаба лейтенант И.Ф. Акимочкин и старший политрук Н.В. Нестерчук, собрав оставшихся бойцов, организовали круговую оборону. Защитники оборудовали на валах и перед помещением штаба огневые позиции для 45-мм пушек и пулеметов, подвезли со склада боеприпасы.