1 сентября 1939 г. в 4.45 германская авиация нанесла удары по аэродромам, узлам коммуникаций, железным дорогам, экономическим и административным центрам. Солдаты вермахта перешли границу Польши.
3 сентября Англия и Франция объявили войну Германии, но сделано это было формально и ничуть не поколебало уверенности Гитлера. Французские войска, которым было запрещено заряжать оружие боевыми снарядами и патронами, безучастно взирали на германскую территорию, а чуть позднее Высший военный франко-британский совет принял решение воздержаться от наступательных действий на Западном фронте.
Уже 4 сентября 4-я армия генерала фон Клюге, наступавшая из Померании на Хелмно, вышла к Висле. 3-я армия генерала Кехлера нанесла удар из Восточной Пруссии, захватила Млаву и 7 сентября вышла на реку Нарев. Группа армий «Юг» развернула наступление на Тарнув, Краков, Лодзь. Сопротивление польских армий «Лодзь», «Краков» и «Карпаты» было сломлено, 5 сентября они начали общий отход за Вислу. Германские танковые и моторизованные клинья быстро продвигались в глубь страны. Польская армия «Прусы», не закончив сосредоточения, втянулась в бои с прорвавшимся противником и была разгромлена. 8 сентября передовые соединения группы армий «Юг» достигли предместий Варшавы. Дивизии 14-й армии генерала Листа, обтекая столицу с юга, рвались к Люблину.
Для жителей Бреста, как и для граждан всей Польши, война началась 1 сентября. В этот день немецкая авиация бомбила аэродром Малашевичи, Брестский вокзал, казармы 35-го и 82-го пехотных полков на Граевке. В дальнейшем город и крепость неоднократно подвергались воздушным налетам, поэтому командующий округом принял решение об эвакуации из крепости семей офицеров и вольнонаемных. Особенно интенсивная бомбардировка произошла 7 сентября, когда в город прибыл из Варшавы верховный главнокомандующий маршал Эдвард Рыдз-Смиглы вместе с Генеральным штабом. После этого высшее польское командование и штаб округа переехали в форт V.
В Брест в это время прибывали беженцы из западной и центральной Польши, надеясь укрыться от бомбежек, а также группы солдат из разбитых частей. Вся эта масса людей двигалась на восток, к Пинску. Гарнизонный госпиталь оказался переполнен ранеными.
Менее чем через две недели после начала боевых действий фронт внезапно оказался рядом с Брестом. С севера к городу стремительно приближался XIX корпус 4-й армии под командованием генерала Гейнца Гудериана в составе 3-й и 10-й танковых, 2-й и 20-й моторизованных дивизий.
Генерал Ф. Клебэрг 9 сентября был назначен командующим формируемой по приказу маршала оперативной группы «Полесье», штаб которой разместился в форту V, и получил задачу организовать оборону на линии Брест — Пинск. Из отдельных частей и мобилизованных запасников формировалась дивизия «Кобрин». В качестве заслона от внезапного нападения противника с севера на позиции по реке Лесная из крепости были направлены две артиллерийские батареи. Вечером 11 сентября Э. Рыдз-Смиглы покинул Брестскую крепость и направился на Волынь. С автоколонной главнокомандующего из Бреста и Малашевичей убыла большая часть батарей 9-го дивизиона зенитной артиллерии. В ночь с 12 на 13 сентября штаб генерала Ф. Клебэрга передислоцировался в район Пинска.
Руководить обороной Бреста был назначен 49-летний отставной генерал Константин Плисовский. Организованный им небольшой штаб наполовину состоял из офицеров запаса, среди которых были инвалиды Первой мировой войны, не пригодные к строевой службе. Начальником штаба стал подполковник Алензы Хорак, командующим пехотой — подполковник в отставке Юлиан Сосабовский, его заместителем — подполковник в отставке Константин Солтан, начальником связи — капитан Ежи Ежевски, полевой артиллерией командовал майор Станислав Комарницкий, зенитной батареей — капитан Станислав Малецки.
Группировка «Брест» состояла из маршевых батальонов 34, 35 и 82-го пехотных полков, 1-й роты маршевого батальона 33-го полка, 81-го, 82-го караульных, 56-го саперного батальонов, 112-й и 113-й отдельных танковых рот, имевших на вооружении по 15 старых французских машин «Рено» FT-17, взвода танкеток TKS, 9-го автомобильного дивизиона, 49-го дивизиона полевой артиллерии, 3-й зенитной батареи, караульной роты, роты связи, отдельных групп офицеров и солдат различных родов войск и медико-санитарной службы. Силы польской обороны в общей сложности насчитывали 4000 солдат и офицеров (по данным Чеслава Холуба, там было 3150 человек), 18 полевых орудий, 8 зениток, 36 танков и танкеток. Генерал Плисовский не имел достаточно сил для того, чтобы организовать оборону по линии фортов, и принял решение дать бой в Цитадели, а также Кобринском и Тереспольском укреплениях.