Из-за польского восстания военно-административная реформа была временно приостановлена. Формальной причиной для восстания послужил объявленный в октябре 1862 г. рекрутский набор, первый за семь лет. Сам по себе этот набор в 10 тысяч человек был не в тягость для края, но его должны были произвести исключительно среди городского населения. Поскольку бездарная, точнее, никакая национальная политика все более убеждала поляков в слабости центральной власти, состоявшийся в декабре съезд «Ржонда Народового» открыто объявил, что он набора не допустит. 10 января 1863 г. повсеместно вспыхнуло восстание, ставившее целью возрождение Речи Посполитой. В одну ночь были произведены нападения на русские гарнизоны в различных городах. Многие вооруженные отряды возглавили офицеры русской службы Лангевич, Левандовский, Сераковский. Специальные группы «палачей-вешателей» и «кинжальщиков» раскручивали маховик «низового террора» — убивали русских чиновников, солдат, просто «москалей». Мятеж в Польше, перекинувшийся в Белоруссию и Литву, вызвал резкий конфликт России с государствами Европы, посчитавшими своим правом вмешаться с предложениями официального посредничества между Империей и Польшей.
Сложная международная обстановка и угроза интервенции вынудили Россию сосредоточить усилия на модернизации приморских крепостей, в первую очередь Кронштадта и Керчи. Русская армия была переведена на военное положение.
В Брестском уезде обстановка оставалось спокойной благодаря наличию крупных военных сил. Кроме того, в предыдущие годы шляхетство здесь было изрядно прорежено и составляло самый низкий процент в сравнении с другими уездами губернии (всего около 800 дворян). Хотя в декабре 1863 г. в городе все же появлялись распространяемые мятежниками «возмутительные листки», а в его окрестностях действовал повстанческий отряд под руководством Яна Ваньковича.
Энергичными крутыми мерами, предпринятыми виленским и варшавским губернаторами М.Н. Муравьевым и Ф.Ф. Бергом, которые сменили слывших либералами благодушных администраторов В.И. Назимова и великого князя Константина Николаевича, восстание было подавлено летом 1864 г.
«Тысячи убитых в сражениях, множество расстрелянных и повешенных, тысячи сосланных в каторгу в Сибирь, сожжение и опустошение многих селищ, выселение целых деревень, лишение жителей дворянского сословия, права приобретения ими имений, права государственной службы, ограничение числа воспитывающихся в высших учебных заведениях, приостановление введения благодетельных реформ, коими пользуются внутренние губернии… — вот грустные последствия увлечений и легкомысленной веры в заграничные подстрекательства» — отмечал русофил А.И. Киркор. (Среди сорока тысяч арестантов, бредущих по этапу в Сибирь, находился бывший капитан инженерной команды Брест-Литовской крепости Юзеф Калиновски. Он родился в 1835 г. в Вильно в семье профессора математики. В девять лет был отдан в местный Дворянский институт, где преподавал его отец, затем поступил в Сельскохозяйственную академию в Горках (ныне Могилевской области). С 1853 по 1857 г. Юзеф учился в Николаевской военно-инженерной школе в Санкт-Петербурге, из которой вышел поручиком русской армии. На протяжении последующих трех лет инженер Калиновски контролировал прокладку железнодорожной линии Курск — Киев — Одесса, а в ноябре 1860 г. получил назначение в Брест-Литовск. Когда началось польское восстание, капитан оказался в трудном положении. Он знал, что восстание обречено на неудачу, в принципе не одобрял кровопролития, полагая, что дело возрождения отчизны требует «не крови, но пота». Однако, горячо сочувствуя патриотам Польши, он не мог выступить против них с оружием в руках, как того требовала присяга. В начале мая 1863 г. Калиновски подал в отставку по состоянию здоровья, а вскоре присоединился к повстанцам и принял пост начальника Военного отдела в Исполнительном комитете Литвы. Его арестовали в марте 1864 г. и приговорили к смертной казни, которую заменили десятью годами каторги «во глубине сибирских руд». Это было время глубокой религиозной перемены в нем.
Отбыв каторгу и ссылку, не имея возможности жить на родине, Юзеф Калиновски выехал в Париж, затем в Австрию, где в 1877 г. вступил в Братство кармелитов, приняв монашеское имя Рафал. Пять лет спустя он был рукоположен в сан священника и избран приором монастыря кармелитов в местечке Черная близ Кракова: «На прочном фундаменте молитвы и самоотречения, он воспринял апостольскую миссию, направленную на духовное освобождение своих угнетенных сограждан, в то время как они боролись за политическое и религиозное освобождение. Он оказал сильное влияние на возрождение польских кармелитов. Особое значение он придавал таинству покаяния, фактически, он провел так много времени, выслушивая исповеди, что в итоге был назван «мучеником исповедальни». Он умер в Вадовицах 15 ноября 1907 г.