В 1888–1891 годах вышли в свет еще несколько значительных работ А. С. Фаминцына. В журнале «Баян» было напечатано его сочинение «Древняя индокитайская гамма в Азии и Европе с особенным указанием на ее проявление в русских народных напевах»[970] (отдельное издание было опубликовано в 1889 г.) с многочисленными нотными примерами. В 1889 г. была издана книга Фаминцына «Скоморохи на Руси»[971], получившая массу положительных откликов в прессе. В 1890 г. в серии «Памятники древней письменности и искусства» издательством Общества любителей древней письменности (основано в 1877 г. известным любителем археологии и археографии князем П.П.Вяземским, издавало этнографически исключительно ценные и факсимильные издания древних памятников) было выпущено сочинение А. С. Фаминцына «Гусли, русский народный музыкальный инструмент: Исторический очерк с многочисленными рисунками и нотными примерами»[972]. В «Гуслях» А. С. Фаминцын анализировал упоминания о гуслях в былинах и песнях, объяснил, почему одно и то же название «гусли» имеет разный смысл у русских и сербов. Это сочинение было награждено от Императорского Русского археологического общества большой серебряной медалью. В 1891 г. увидела свет книга А. С. Фаминцына «Домра и сродные ей музыкальные инструменты русского народа: Балалайка. — Кобза. — Бандура. — Торбан. — Гитара: Исторический очерк»[973]. Фаминцын в этом сочинении показал, как на базе заимствованной с Востока домры развился такой национальный инструмент как балалайка, установил западное происхождение бандуры. Часть работы он посвятил истории проникновения в Россию семиструнной гитары.
В 1890-е годы Фаминцын вместе с братом жил на Васильевском острове (8 линия, д. 17; по данным Адресной книги Санкт-Петербурга). Незадолго до смерти он опубликовал работы «Богиня весны и смерти в песнях и обрядах славян»[974] и «Древнеарийские и древнесемитские элементы в обычаях, обрядах, верованиях и культах славян»[975] (вышла также отдельным изданием в Москве). По-видимому, эти наброски должны были составить часть второго выпуска сочинения по славянской мифологии, закончить которое Александр Сергеевич не успел.
Александр Сергеевич Фаминцын умер 6 июля (24 июня по старому стилю) 1896 г. в местечке Лигово под Петербургом. В сообщении о смерти Фаминцына, опубликованном в «Этнографическом обозрении» отмечалось, что «для нас важнее всего его труды в области этнографической, именно по исследованию нашей музыкальной старины». Говоря о «Скоморохах» и «Индокитайской гамме», автор сообщения писал, что они «заслуживают полного внимания со стороны исследователей русской бытовой старины и русской народной музыки».
После смерти Фаминцына статьи о нем были помещены в «Настольном энциклопедическом словаре» братьев Гранат, в «Энциклопедическом словаре» Ф.Павленкова (по берлинскому изданию 1924 г. упомянуты оба брата, причем Александр Сергеевич — как «композитор и писатель»), в словаре Брокгауза и Ефрона, где говорилось, что «его лекции являются первым обширным и самостоятельным трудом в области истории музыки на русском языке»[976], в дополненном издании «Музыкального словаря» Гуго Римана. Уже после смерти Фаминцына в 1901 г. был переиздан в Санкт-Петербурге составленный им «Русский детский песенник. Собрание песен с народными напевами. Часть I», в который вошли 60 песен для одного голоса.
Архив А. С. Фаминцына хранится в бывшей Государственной Публичной библиотеке (Российской национальной) имени М. Е. Салтыкова-Щедрина (фонд 805). Здесь лежат так и не опубликованный «Биографический и исторический словарь русских музыкальных деятелей» (начатый в 1880-х гг.), материалы (наброски, выписки) к словарю, а также к работам «Очерки славянской мифологии» (1895–1896) — видимо, второму выпуску сочинения о божествах славян, и к уже вышедшим сочинениям (с 1860-х гг.). В архиве находятся и письма тех, с кем он переписывался. Среди авторов писем — Г. А. Ларош, Ф. Лист, Р. Вагнер, хороший знакомый композитор А. Н. Серов, фольклорист В. Ф. Миллер и другие. С представителями «могучей кучки» связаны материалы конфликта со Стасовым из-за фельетона последнего «Музыкальные лгуны».