По окончании весеннего семестра Бородины отправились в Москву и остановились в Преображенской больнице. Алексей Протопопов устроился туда надзирать за хозяйством психиатрической клиники вопреки предостережениям Александра Порфирьевича («Алексея, по моему мнению, ни в каком случае не следует допускать до места в доме умалишенных! Это просто гибель ему»). Из больницы переехали на дачу. Племяннице Елене исполнилось шесть, и то лето накрепко запечатлелось в ее памяти: «Мои родители, вместе с Бородиными, поселились в мае на даче в Сокольниках. На дачу переехал и рояль. Я просыпалась рано утром и выходила на воздух. Бородин тоже вставал рано, брал себе на завтрак ягоды или фрукты, делил их со мной, и мы шли с ним в рощу, полную ранней утренней свежести. Так мне было хорошо. Трава и цветы сверкали росой. Щебетали и пели птицы. Бородин рассказывал мне о происхождении земли, о растениях, о всем животном мире, давая мне обо всем правильные реальные понятия натуралиста, говоря со мной живым, понятным для меня языком. В промежутках своей речи он напевал вполголоса отрывки из своих музыкальных произведений. Однажды, во время прогулки нашей, мы увидали птенчика, упавшего в траву из гнезда. Бородин поднял птенчика, посадил его в свою соломенную шляпу, принес домой, а потом кормил, поил его с гусиного перышка и выпустил туда, где он его поднял, когда птенчик подрос и стал летать». Разумеется, девочка не знала, что 3 июля Александр Порфирьевич закончил и отправил в редакцию «Бюллетеня Немецкого химического общества» работу «О новых производных валеральдегида». Только играть на рояле по утрам было нельзя: Протопоповы вставали поздно.
Сокольники, скорее всего, были выбраны из-за близости к Николаевскому вокзалу — Бородин чувствовал, что его в любой момент могут вызвать в Петербург. И действительно, 15 июля от Катерины Егоровны пришла телеграмма: с Авдотьей Константиновной случился апоплексический удар. 23 июля она умерла на руках у старших сыновей (младший служил в Вильно судебным приставом при Палате уголовного и гражданского суда). Александр Порфирьевич в последние дни был при матери почти безотлучно. Лишь однажды ненадолго съездил к Римским-Корсаковым: Бессель просил скорее передать ему переложение Первой симфонии для фортепиано в четыре руки, которое находилось у Надежды Николаевны, помогавшей готовить его к печати. Поскольку она была в плохих отношениях с Балакиревым, издание вышло без упоминания ее имени — дабы не травмировать ранимую душу Милия Алексеевича.
Похоронили «тетушку» на Охтинском кладбище. 28 июля состоялся раздел оставшегося после нее капитала. Собственно, делить было нечего, Авдотья Константиновна еще весной 1871 года завещала все свое имущество в полную собственность старшего сына. Для такого человека, как Александр Порфирьевич, само собой разумелось, что отныне он с удвоенной силой должен заботиться о младших братьях.
Составляя черновик прошения в Окружной суд, Бородин написал: «Имею честь просить Окружной суд об утверждении меня в правах наследства по духовному завещанию, оставленного мне моей…» — и начал записывать слово «матерью». Всю жизнь он звал Авдотью Константиновну «тетушкой», прекрасно зная, что она его мать, — и вот вырвалось. В чистовике, разумеется, появилась «вдова Клейнеке».
Похоронив мать, Бородин вернулся в Москву к хворавшей и тосковавшей Екатерине Сергеевне. А уже через несколько дней отбыл поездом в Нижний Новгород, погулял по ярмарке, сел на пароход и отправился в Казань на Четвертый съезд русских естествоиспытателей, питаясь в дороге баснословно дешевыми икрой и стерлядками. Пароход общества «Кавказ и Меркурий», которым он должен был плыть, сломался, и Бородин поплыл на «Шурине». Внешне ничто не выдавало его переживаний, только он почему-то решил, что съезд начнется не 20-го, а 10 августа, и удивлялся, не видя на пароходе коллег… Когда дело разъяснилось, Александр Порфирьевич решил не ждать десять дней в Казани, перебрался с «Шурина» на пароход «Горчаков» и отправился дальше по Волге — к своему шурину Сергею Сергеевичу Протопопову.