В июне 1873 года Бородин получил благодарность военного министра за успешное преподавание женщинам и в августе во время торжественного обеда на Съезде естествоиспытателей в Казани, разогретый вином, поднял эту тему: «…сказал горячую речь, провозгласив тост за процветание специального образования женщин. Поднялся гвалт, и мне сделали шумную овацию. Все это потом, говорят, разнеслось живо по Казани. (Когда я был в театре несколько дней спустя — одна из казанских дам… прислала мне сказать через Бутлерова, что она искренно меня уважает, горячо благодарит за сочувствие женскому делу и крепко жмет руку. Я, разумеется, сейчас отвечал, что мне это очень приятно и что я желаю быть представленным этой барыне. Оказалось — очень хорошенькая, живая и образованная дама из общества)».
В 1876 году состоялся первый выпуск «ученых акушерок». Эксперимент признали удачным, учебное заведение переименовали в Женские врачебные курсы при Николаевском военном госпитале, выделили государственную субсидию, срок обучения увеличили до пяти лет. В госпитале, таком знакомом Бородину, появились специальные помещения для курсисток, и он энергично занялся оборудованием новой лаборатории. Знакомиться с опытом этого уникального учреждения специально приезжали иностранцы. Должно быть, их удивляло, что в деликатном деле женского образования военное ведомство оказалось далеко впереди университетов (обстоятельство, впоследствии оказавшееся бомбой замедленного действия). Но вопреки новым веяниям Кашеварову-Рудневу, первую в России женщину — доктора медицины, все-таки не ввели в число преподавателей. Не удалось попасть в штат и Юлии Всеволодовне Лермонтовой, первой русской женщине — доктору химии. В 1874 году она блестяще защитила диссертацию в Гёттингенском университете, а по возвращении в Петербург Менделеев устроил в ее честь торжественный «химический» обед. Бородин на обеде присутствовал, но помочь Лермонтовой с устройством на курсы не смог. От начала и до конца их существования он один читал там химию, за исключением ее физиологической части.
С приходом каждого нового потока учащихся нагрузка на курсах возрастала, а второй Луканиной всё не появлялось. Александр Порфирьевич обучал и выпускал женщин-врачей, но не женщин-химиков. В 1876 году революционерка Софья Севастьяновна Лаврова в красной мужской рубашке и с револьвером за поясом явилась к нему домой узнать насчет поступления на курсы, ужасно напугав Лизутку. Словом, студентки попадались разные, но Бородин никогда на них не жаловался. Курсы стали для него чуть ли не единственным «лучом света». Во всяком случае, так он представил это Кармалиной: «Множество хлопот, забот, нужной и ненужной возни, при относительно туго подвигающемся успехе дела, плохих финансовых делах кафедры и проч., далеко не располагают к хорошему настроению духа и оставляют очень мало досугов для любимых занятий. Домашние дела идут тоже не блестяще… Одно, что меня несколько хорошо настраивает, это — дела женских курсов, которые хотя и много отнимают у меня времени, но зато дают нравственное удовлетворение, совершенно отвечающее ожиданиям». Нужно сказать, Бородин вообще любил обучать женщин. Как до него Даргомыжский, он частенько брался учить музыке особ женского пола, мужчин же — никогда. Он был так увлечен воспитанием женских кадров, что, сочиняя для «Князя Игоря» сцену обморока Ярославны, вписал в ноты шутливую ремарку: «Бояре за нею ухаживают: сажают на княжеское место и пр. Суматоха; крики: Доктора! Лекаря! Фельдшера! Аптекаря! Фельдшерицу! Акушерку! Сестру милосердия!»