Жизнь потекла обычным порядком. В середине сентября переэкзаменовки постепенно сменились лекциями (по четыре дня в неделю), чтобы в ноябре учебный процесс, как водится, прервался на время ледостава. Чуть не каждое лето инженеры с целью починки труб выкапывали в нижнем коридоре академии канаву и заново перекладывали печи, растягивая это удовольствие до ноября (научно-технический прогресс принес в академию центральное отопление, до отладки которого было еще далеко). В июне неизменно начинались ремонт и переоборудование химической лаборатории, тут же замиравшие на начальной стадии и только с возвращением профессора с каникул переходившие в активную фазу. Бородин с утра до вечера распоряжался, подгонял, что-то привинчивал, что-то прилаживал и между концом октября и серединой декабря торжественно вступал во владение своими угодьями. Его стараниями лаборатория год за годом расширялась за счет соседних помещений.
К концу ноября наступала «самая горячая пора: заказы, отчеты, комиссии и т. д. и т. д. Служили, служим, будем служить — вот девиз настоящего времени у нас». Не чтение лекций, не работу в лаборатории полагал Бородин службой, а единственно бумажное изобилие: «счеты, отчеты, донесения — словом все, за что получаю царское жалованье». Что ж, дела шли своим чередом, чины и награды «в воздаяние усердно-отличной службы» следовали исправно. В 1865 году надворный советник Бородин получил орден Святого Станислава II степени, в течение следующих семи лет статский советник удостоился орденов Святой Анны III степени, Святой Анны II степени с короной и Святого Владимира III степени, в 1879 году действительный статский советник был награжден орденом Святого Станислава I степени и в 1883-м — Святой Анны I степени.
В промежутках между ремонтами и отчетами Александр Порфирьевич работал в лаборатории
Сообщение, сделанное Бородиным 2 октября, называется «Продукты уплотнения альдегидов», иначе — «О действии высокой температуры на энантол и валеральдегид». Рассказать о своей работе в Русском химическом обществе было совершенно достаточно, чтобы о ней тут же узнали в Германии. Бюллетень Немецкого химического общества наряду с собственными материалами исправно печатал обзоры заседаний обществ Парижа, Петербурга, Лондона. В номере от 25 октября вышел очередной петербургский обзор Виктора Юльевича Рихтера (для немцев — Виктора фон Рихтера) с изложением сути доклада Бородина в одном абзаце.
«Столкновения» предупредить не удалось. 9 марта Александр Порфирьевич снова потревожил жившую в Москве супругу химическими проблемами: «В четверг я был у Бутлерова, откуда я прошел в Химическое общество, где узнал неприятную для меня вещь: Кекуле (в Бонне) упрекает меня в том, что я работу с валерьяновым альдегидом (которую делаю теперь) заимствовал от него (т. е. не самую работу с фактической стороны, а идею работы). Это он напечатал в Bericht’e Берлинского химич. общества. Такая выходка вынудила меня сделать тут же заявление об открытых мною фактах и показать, что я этими вопросами занимаюсь уже с 1865 года, а Кекуле наткнулся на них только в августе прошлого года. Вот она честность-то немецкая! Хотя наше Химич, общество и знало все это, но я счел нужным заявить, для того, чтобы это потом сообщено было, заведенным порядком, в Берлинское Общество».