По возвращении из Хилова Александр Порфирьевич оказался пред лицом студенческих орд: Зинин два года назад поручил ему чтение курса органической химии, теперь же передал ученику практически всю лекционную нагрузку. В лаборатории с утра до вечера занимались группы по 30 студентов. Профессия врача в силу своей явной общественной пользы вышла на пик популярности — наконец-то академия не испытывала проблем с набором юношества! Ежегодно заявления подавали 500 человек, поступали около трехсот, оканчивали… всего около сотни. Неприятности с успеваемостью и дисциплиной отошли на второй план, но политическим мотивам в 1860-е из МХА почти не отчисляли. Главной проблемой была та, что лишь одна седьмая часть студентов не испытывала материальных трудностей. Из остальных примерно половина кое-как сводила концы с концами, другая же половина — около 120 человек на каждом курсе — откровенно бедствовала и голодала. Как следствие, многие теряли здоровье и бросали учебу.
Тем временем новые веяния проникали на Выборгскую: в условиях строжайше раздельного обучения мужчин и женщин в 1863 году к МХА в виде исключения была прикомандирована для усовершенствования врач Варвара Александровна Нафанова (по первому мужу Кашеварова), вскоре вышедшая замуж за профессора патологической анатомии Михаила Матвеевича Руднева.
В музыкальных сферах новые веяния заявляли о себе не менее ярко. Балакирев объединился с Гавриилом Якимовичем Ломакиным и организовал Бесплатную музыкальную школу (БМШ). Изумительно одаренный Ломакин происходил из крепостных музыкантов графов Шереметевых. Фортепиано, скрипка, композиция — все было ему доступно. Его мастерство работы с хором было широко известно в Петербурге: с 18 лет он преподавал едва ли не во всех учебных заведениях города, обучая большую часть княжеских и генеральских детей империи. В стенах Училища правоведения юные Чайковский, Серов и братья Стасовы с удовольствием и огромной пользой пели под его руководством (Владимира Стасова он на всю жизнь увлек музыкой эпохи Возрождения и барокко). Пиком карьеры Ломакина стало приглашение в Придворную певческую капеллу.
Ломакин снабдил Бесплатную музыкальную школу первоначальным капиталом, давая благотворительные концерты с пестуемым им великолепным хором графа Шереметева. И вот 18 марта 1862 года школа открылась… в помещении Медико-хирургической академии, при поддержке президента Дубовицкого. С любительским коллективом Ломакин взялся заниматься со всей профессиональной серьезностью и быстро поднял его на высокий уровень. 25 февраля следующего года хор в 300 человек, пусть и «укрепленный» шереметевскими певчими, уже с успехом исполнял в зале Дворянского собрания музыку старых мастеров. Тем временем школа обосновалась в стенах городской думы, где сейчас действует ее идейная преемница — Музыкальная школа имени Римского-Корсакова, принимающая учеников без ограничения возраста. Вскоре БМШ получила статус императорской, государственную субсидию и августейшего покровителя — Николая Александровича, наследника престола. После его смерти новым покровителем БМШ стал новый наследник — будущий Александр III. Следовало бы ожидать, что покровитель проникнется «балакиревским» направлением в музыке и впредь будет его поддерживать. Как известно, со временем произошло ровно противоположное.
Редкие, увы, концерты и репетиции БМШ стали обязательной частью музыкального рациона Бородина, ибо старательно им посещались. Какое впечатление произвело на него главное музыкальное событие 1863 года — премьера «Юдифи» Александра Николаевича Серова, — известно лишь гипотетически. Мусоргского «Юдифь» заставила засесть за оперу «Саламбо», да и в сцене галлюцинаций Бориса Годунова слышатся отзвуки сцены опьянения Олоферна. Для Бородина Серов вроде бы остался лишь критиком из враждебной партии и музыкальным лектором с превосходной дикцией. Однако хор половецких девушек «На безводье днем на солнце» и каватина Кончаковны состоят в некотором родстве с песнями одалисок из «Юдифи»: «На реке на Евфрате горячо солнце греет!.. Милый мой! Приходи! Ночь темна, я одна!» (Римский-Корсаков в своей обработке «Князя Игоря» еще усугубил сходство).
Балакирев бывал в академии и после переезда оттуда БМШ. Бородин зазывал его в гости, прося о новой музыкальной пище — партитурах поздних квартетов Бетховена, «Арагонской хоты» Глинки и собственных балакиревских увертюр. Рацион оказался питательным: бетховенская тема позднее зазвучала в Первом квартете Бородина, сумел он и перенять изящество глинкинской оркестровки. Знакомство с обеими увертюрами Балакирева на русские темы, кажется, прошло без последствий (цитирование народных мелодий «в сыром виде» Бородина не привлекало ни тогда, ни потом). А вот «Чешская увертюра» (1867) с ее одноголосным запевом, неуловимо переменчивой ритмикой, дикой, стихийной кульминацией и в довершение всего появлением аккорда из всех семи звуков гаммы произвела большее впечатление (если судить по будущим бородинским сочинениям).