Летом 1863 года из Германии стало прибывать заказанное в огромном количестве оборудование для лаборатории, так что Бородин сидел в Петербурге почти безвыездно. Авдотья Константиновна с «ребятишками» уехала на лето в Псковскую губернию, в село Харитоново Великолуцкого уезда. Новобрачные остались дома полными хозяевами и были совершенно счастливы. Екатерина Сергеевна с энтузиазмом хлопотала, выдумывала новые блюда, отдавала распоряжения кухарке, бегала закупать провизию и, привыкшая к московским ценам, «скорбела» о страшной дороговизне Северной столицы. Друг и сосед Макея Сорокин снова женился. Заглядывал в гости Сеченов. Отвлекшись от изучения алкогольной интоксикации, он предлагал Бородину исследовать ядовитые вещества, обнаруженные им в съедобных грибах, но не встретил сочувствия — химик, защитив диссертацию по токсикологии, навсегда оставил эту область. Совместная работа двух надежд русской науки не состоялась. В отсутствие «тетушки» Александру Порфирьевичу пришлось соприкоснуться с управляющим ее домом. Ход дел его не порадовал, но не похоже, чтобы тогда или позднее он вмешивался в ситуацию.
За неимением других развлечений супруги гуляли в госпитальном саду, самой дальней точкой их редких путешествий был Петергоф. Вновь возник на горизонте князь Кудашев — веселый, неугомонный, ожидающий появления на свет долгожданного наследника. Уговорились погостить у него в Павловске, да так крепко уговорились, что на адрес князя стала приходить корреспонденция для Екатерины Сергеевны.
13 октября было торжественно открыто новое здание академии — Естественно-исторический институт. Аудитории по тогдашнему обычаю соседствовали с квартирами профессоров. Полагалась квартира и директору химической лаборатории — Зинину. Однако Николай Николаевич постепенно переносил свою деятельность в Академию наук, да и семейные обстоятельства не благоприятствовали жительству на службе, на виду у коллег. Посему квартира загодя предназначалась ученику и преемнику.
Чарлз Буковски (1920–1994) начинает стихотворение «Жизнь Бородина» (из книги «Сгорая в воде, утопая в пламени») строками:
В письме Бутлерову Бородин жаловался на проделки инженеров и подрядчиков. И правда, планировка квартиры оказалась весьма своеобразной: комнаты располагались на первом этаже по обе стороны коридора, куда выходили двери химической лаборатории, кабинетов зоологии и сравнительной анатомии. До 1871 года там же помещался, «ароматизируя» воздух, музей естественной истории, главными украшениями которого были скелет и чучело слона (ради транспортировки этого слона в другое помещение пришлось потом делать в стене пролом). Для трудоголика, желающего жить «без отрыва от производства», местоположение квартиры было идеальным. Но чтобы выгородить себе в таких условиях «личное пространство», требуется редкостная твердость характера, которой ни Бородин, ни его супруга не обладали. Студенты передавали из уст в уста анекдот о профессорской рассеянности: «Однажды гости и молодежь довольно долго засиделись у него. И вот, забыв, что он хозяин, а не гость, Бородин встает со словами: — Ну, господа, пословица говорит: «Порядочные люди посидят да уйдут». Пора и по домам. — Он простился со всеми, вышел в переднюю, надел шубу, калоши и ушел. Через несколько минут он возвратился, встреченный общим дружным хохотом и смеясь сам над своей рассеянностью: — Представьте себе, — говорил он, — ведь мне вообразилось, что я в гостях». Закрадывается подозрение, что дело было не в рассеянности. Просто Александр Порфирьевич не умел выставить за порог не слишком деликатную молодежь и предпочел разыграть комедию.
В 1863 году о столпотворении в квартире еще и речи не было. Четыре комнаты и помещавшаяся отдельно в подвале кухня стояли пусты и просторны. Быстро появился самый необходимый предмет домашней обстановки — рояль петербургской фабрики Беккера. Сложность переправы на Выборгскую сторону до постройки в 1879 году постоянного Литейного моста слегка ограничивала число посетителей (например, в апреле 1865 года ледоход начисто снес наплавную переправу). Зато понемногу стали прибиваться к дому обожаемые Екатериной Сергеевной коты, а из окна квартиры Бородин однажды лицезрел плывущего по Неве тюленя.