В романе Николая Гавриловича Чернышевского «Что делать?» (1862–1863), который сразу же был запрещен, а тираж изъят, тем не менее читали его все, под именем Дмитрия Лопухова выведен физиолог Иван Михайлович Сеченов. По крайней мере студенты Сеченова были в этом совершенно уверены. Но если вынести за скобки истребление Сеченовым лягушек — чем Лопухов не Бородин?
«…Лопухов точно был такой студент, у которого голова набита книгами… и анатомическими препаратами: не набивши голову препаратами, нельзя быть профессором, а Лопухов рассчитывал на это… По денежным своим делам Лопухов принадлежал к тому очень малому меньшинству медицинских вольнослушающих, то есть не живущих на казенном содержании, студентов, которое не голодает и не холодает. Как и чем живет огромное большинство их — это богу, конечно, известно, а людям непостижимо. Но наш рассказ не хочет заниматься людьми, нуждающимися в съестном продовольствии… Лопухов положительно знал, что будет ординатором (врачом) в одном из петербургских военных госпиталей — это считается большим счастьем — и скоро получит кафедру в Академии. Практикой он не хотел заниматься. Это черта любопытная; в последние лет десять стала являться между некоторыми лучшими из медицинских студентов решимость не заниматься по окончании курса практикою, которая одна дает медику средства для достаточной жизни, и при первой возможности бросить медицину для какой-нибудь из ее вспомогательных наук — для физиологии, химии, чего-нибудь подобного… Видите ли, медицина находится теперь в таком младенчествующем состоянии, что нужно еще не лечить, а только подготовлять будущим врачам материалы для уменья лечить. И вот они, для пользы любимой науки, — они ужасные охотники бранить медицину, только посвящают все свои силы ее пользе, — они отказываются от богатства, даже от довольства, и сидят в гошпиталях, делая, видите ли, интересные для науки наблюдения, режут лягушек, вскрывают сотни трупов ежегодно и при первой возможности обзаводятся химическими лабораториями… Вот к этим-то людям принадлежали Лопухов и Кирсанов. Они должны были в том году кончить курс и объявили, что будут держать (или, как говорится в Академии: сдавать) экзамен прямо на степень доктора медицины; теперь они оба работали для докторских диссертаций и уничтожали громадное количество лягушек…»
Действительно, 25 марта 1856 года по рекомендации Зинина Бородин стал сверхштатным ординатором Второго военно-сухопутного (Николаевского) госпиталя, а 3 апреля того же года — ассистентом при кафедре общей патологии и общей терапии академии, возглавляемой Николаем Федоровичем Здекауером, где «заведовал техническими упражнениями студентов». Вскоре после этого семья перебралась в дом Климовых на Большом Сампсониевском проспекте, по другую сторону от академии. В том же году кузина Бородина Мари Готовцева вышла замуж за его друга Ивана Максимовича Сорокина, в будущем профессора судебной медицины и ученого секретаря академии. Осенью она умерла в родах, и внезапно овдовевший «Макея» поселился вместе с Бородиным и его семьей.
В госпитале молодому врачу доверили холерное отделение. Через десять дней службы он дополнительно принял две палаты Первого отделения с обязательством каждое утро присутствовать при перевязках в еще трех, которыми ведал Иван Михайлович Балинский, с утра до ночи занятый в психиатрическом отделении. Служба приносила неоднозначные впечатления. Раз пришлось вытаскивать кость из горла кучера чрезвычайно высокопоставленного лица. Во время операции щипцы сломались. Когда всё благополучно завершилось, кучер бухнулся молодому врачу в ноги. «Я же с трудом удержался от того, чтобы не ответить ему тем же самым, — вспоминал Бородин. — Подумайте только, что бы было, если бы я завязил обломок щипцов в горле такого пациента!»
В детской памяти Мити запечатлелся другой случай: «В первый год службы брата ординатором госпиталя пришлось однажды ему, как дежурному, вытаскивать занозы из спин прогнанных сквозь строй шести крепостных человек полковника В., которого эти люди за жестокое обращение с ними, заманив в конюшню, высекли там кнутами. С братом три раза делался обморок при виде болтающихся клочьями лоскутов кожи. У двух из наказанных виднелись даже кости». Троекратные обмороки у врача, повидавшего виды в академических клиниках!