Их общей страстью, не разделявшейся Александром Порфирьевичем, было курение — до тридцати — сорока сигарет в день. (Конечно же, от табака была громадная польза: по его состоянию Екатерина Сергеевна определяла, сухо или сыро в помещении.) Очень скоро Дианин взвалил на себя часть забот о больной супруге профессора. Екатерина Сергеевна так часто, кстати и некстати, ставила Шашеньку в пример воспитаннице Лизе, что девочка невзлюбила его и всячески избегала. Зато когда Екатерина Сергеевна жила в Москве, Лиза и Хохолок вместе разделяли с Александром Порфирьевичем обязанность писать ей подробные послания — но это не значит, что он стал писать жене меньше или реже! От всех она требовала внимания и любви, посему все писали ей «дорогая» и «родная». Шашенька, он же Александрушка, он же Павлыч, он же Пава обладал явными литературными способностями. Он без труда заполнял несколько страниц бодрой, успокоительной болтовней ни о чем, с легкостью создавая очередное «письмо о том, как я пишу письмо». В первые годы, еще не пропитавшись флюидами «протопоповизма», он дружески побранивал госпожу Бородину за хандру и стремился поддержать ее дух: «Если бы в какое-нибудь прекрасное утро я получил от Вас письмо, в котором крупным-разкрупным шрифтом было бы написано: «Я чувствую себя в Давыдове прекрасно, аппетит у меня чудный, много гуляю; я бодра, весела и т. д.» — я бы взял это письмо, прибил бы его на стенку и все бы смотрел, да хотел смеяться. Не смеялся бы, а только хотел бы смеяться — понимаете?»
Вне стен химической лаборатории работа в академии радовала Бородина всё реже. Осенью 1873 года он потерпел фиаско, не добившись утверждения Менделеева профессором физики МХА, когда из-за болезни Хлебникова кафедра оказалась вакантной. Зинин почти полностью отстранился от дел. Когда моль поела его форменный сюртук, пощадив лишь погоны, он для визита к начальству одолжил форму у любимого ученика. Шить новую явно не стоило, коли Николай Николаевич собирался совсем оставить академию, что в 1874 году и осуществил. У Бородина прибавилось забот, а вот научного общения с учителем, всегда столь плодотворного, он окончательно лишился.
История с неизбранием Менделеева очень типична для тех лет. Один конфликт следовал за другим, и не всегда было понятно, где извечная борьба партий, а где — борьба всех против всех. Кажется, в истории с Ильей Ильичом Мечниковым, выдвинутым Сеченовым в профессора академии, но забаллотированным Конференцией, Бородин должен был оказаться на стороне будущего нобелевского лауреата. Но нет, он категорически встал на сторону академического большинства и не изменил своей позиции, даже когда Сеченов покинул МХА. Долго еще гуляло по аудиториям и коридорам эхо ухода знаменитого физиолога. Рекомендованный им на свое место Илья Фаддеевич Цион (впоследствии один из предполагаемых авторов «Протоколов сионских мудрецов») не был одобрен Конференцией, однако через два года, ко всеобщему неудовольствию, его кандидатуру утвердил военный министр. В октябре 1874 года Циону пришлось покинуть академию после обструкции студентов. Малорабочая обстановка в кипящей страстями Конференции вкупе с полыхавшими студенческими волнениями, из-за которых обучение будущих врачей не раз прерывалось на целые месяцы, поставили под угрозу само существование МХА. Двойственность ее положения — с одной стороны, учреждения военного, с другой — обязанного за отсутствием в Петербургском университете медицинского факультета готовить и гражданских врачей — усугубляла опасность. Дело кончилось упразднением на два года Конференции и назначением Временной комиссии, которая управляла академией почти до 1881 года и в которую Александр Порфирьевич вошел на последнем этапе.
В этот сложный период полномочия ученого секретаря МХА принял сосед Бородина, к тому времени ставший его ближайшим другом, — Доброславин, умевший мирить профессоров, но не учащихся. Весной 1876 года Бородин вместе с Богдановским и Заварыкиным был в комиссии по расследованию беспорядков (студенты сорвали защиту диссертации). Комиссия поступила буквально по рецепту Герцена-сына, отрицавшего индивидуальную ответственность: «не нашла возможности указать виновных». Осенью беспорядки продолжились с новой силой. В конце 1878 года Александр Порфирьевич попал в очередную комиссию, расследовавшую, в частности, «дерзкие поступки студентов по отношению к некоторым профессорам» (подразумевалась травля другого его друга, Руднева). После горячих дебатов комиссия приняла решение в духе Деларю из толстовского стихотворения «Великодушие смягчает сердца» — разрешила курсовые сходки. Пока шли беспорядки да разбиралось дело, преподавание не велось.