В это время Борис Семёнович вернулся к своим исследованиям в области спиртометрии. Первым делом ученый обратил внимание академии наук, что даже те спиртометры, что были одобрены Королевской контрольной комиссией Германии, имеют большие погрешности, не говоря уже о конструкциях, активно использующихся без какого-либо контроля со стороны высших инстанций. А уже через полтора года Борис Семёнович представил собственный проект спиртометра академии наук. Закончил же свою работу над конструкцией Якоби только в 1871 году, результаты были опубликованы им в труде «Об устройстве тождественных между собой ареометров, в особенности же металлических алкоголометров со шкалой и прибавочными тяжестями, и о влиянии явлений волосности на показания алкоголометров».
Разработка нового спиртометра затянулась из-за событий, отвлекших Бориса Семёновича от исследований на долгих пять лет. Дело в том, что 26 января 1865 года скончался напарник и близкий друг Якоби Э. Х. Ленц. В этом же году на ученого возлагается множество новых обязанностей: он становится директором физического кабинета академии наук, ординарным академиком по физике, членом комитета Пулковской обсерватории. Кроме того, его избирают в комиссию по составлению правил присуждения Ломоносовских премий и вменяют в обязанность работу над всеми поступающими в академию научными предложениями, просьбами, записками и т. п. А 23 мая 1865 года ушел из жизни А. Я. Купфер, и все работы, которые академик проводил в сфере метрической системы мер, также поручаются Якоби. Начиная с этого времени именно он занимался обсуждением проблем единообразия мер, весов, электрических единиц как в академии наук, так и на международных форумах. Так, в 1867 году в Париже проходила всемирная выставка, на которой учреждался Международный комитет о мерах и весах. Борис Семёнович был командирован академией в качестве члена комитета, где представил свой доклад о выгодах, которые принесет внедрение метрической системы. Они сформулированы в четырех «основных положениях»:
«1. Десятичная система, согласная со всемирно принятою системою исчисления, удобнее всякой другой для выражения складных чисел и частей единиц мер, весов и монет.
2. Метрическая система может быть введена везде по причине научной точности ее основных начал, единообразия, господствующего во всех частях ее, простоты и удобства ее применения в науках, искусствах, промышленности и торговле.
3. Точность орудий и методов, служащих к изготовлению, по основным образцам, мер весов доведена до такого совершенства, что верность этих мер и весов удовлетворяет потребностям промышленности и торговли, а также требованиям науки, при настоящем состоянии последней.
4. Так как всякое сбережение труда как материального, так и умственного, тождественно с умножением богатства, то введение метрической системы, стоящей в этом отношении на одном ряду с машинами и орудиями, железными дорогами, телеграфами, таблицами логарифмов, представляется особенно желательными с точки зрения экономической».
В Париже ученый был избран президентом комиссии о мерах и весах – части комитета. 15 июня он представил комитету доклад о результатах работы комиссии, в котором вновь утверждалась необходимость повсеместного введения метрической системы мер и весов. Например, Якоби утверждал, что «метрическая система единиц позволит промышленникам и торговцам сократить число служащих, которое в настоящее время необходимо для производства встречающихся вычислений». Метрическая система, по предложению ученого, должна была использоваться всеми научными обществами в их изданиях и войти в программу школьного образования. Также подчеркивался интернациональный характер предложенной системы: над ее разработкой трудились ученые из многих стран.
Однако стоит сразу отметить, что принята метрическая система в России только в 1918 году Советом Народных Комиссаров РСФСР. Борис Семёнович достаточно наивно предполагал, что для ее введения нужно только время и просвещение народа. На самом же деле феодальный строй крепко держался за принятые устои, а просвещенной интеллигенции так и не удалось сломить сопротивление русского царизма.