В 1860-е годы происходил явный всплеск интереса к фигуре Бориса Годунова. Конечно, это можно связать с общим историческим ренессансом, когда пали табу на освещение многих тем и появилась возможность открытого обсуждения прежних династических тайн. В такие времена театр обычно опережает исследования историков, не стали исключением фигуры царя Федора Ивановича, его жены царицы Ирины, Бориса Годунова, князей Шуйских. Все они стали персонажами великой исторической трилогии Алексея Константиновича Толстого «Смерть Иоанна Грозного», «Царь Федор Иоаннович», «Царь Борис». Обладая тонким пониманием русской истории, автор сумел показать совершенно новых, непривычных для публики героев, хотя и с давно знакомыми именами. Годунов в начале трилогии предстает у А. К. Толстого «гениальным честолюбцем»; драматург раскрыл его характер в замечаниях, адресованных постановщикам и актерам: «Честолюбие Годунова столь же неограниченно, как властолюбие Иоанна, но с ним соединено искреннее желание добра, и Годунов добивается власти с твердым намерением воспользоваться ею ко благу земли. Эта любовь к добру не есть, впрочем, идеальная, и Годунов сам себя обманывает, если он думает, что любит добро для добра. Он любит его потому, что светлый и здоровый ум его показывает ему добро как первое условие благоустройства земли, которое одно составляет его страсть, к которому он чувствует такое же призвание, как великий виртуоз к музыке» (Проект постановки на сцену трагедии «Смерть Иоанна Грозного»). Все три пьесы выстроены вокруг действий главного героя — Годунова, объясняя его путь к власти.
Во второй части трилогии царская семья показана в ранее не привлекавших внимания обстоятельствах семейной драмы. Происками князей Шуйских готовится развод царя с Ириной Годуновой («Аринушкой») и устранение от власти ее брата Бориса (правда, вопреки историческим фактам, события эти перенесены в 1591 год, чтобы совместить их по времени со смертью царевича Дмитрия). Слабости и немощи царя Федора Иоанновича преображены силой его действий, соответствовавших нравственному долгу, «веданию сердца человека». Но ему трудно сопротивляться воле того, кому он сам поручил царство. «Я царь или не царь?» — вынужден спрашивать Федор Иоаннович Годунова. Царь Федор стремится помирить враждующих князей Шуйских и Годунова, он обращается к Борису Годунову:
Борис Годунов показан А. К. Толстым умным, но все-таки расчетливым царедворцем, нарушающим клятвы, стремящимся подчинить своим интересам даже сестру, царицу Ирину Федоровну (конечно, их размолвка домыслена драматургом). В итоге, когда царь Федор Иванович пытается взять на себя управление страной, то не выдерживает тяжести этой ноши и вынужден возвратиться к прежнему порядку. Узнав о гибели князя Ивана Петровича Шуйского и царевича Дмитрия, царь Федор Иванович примиряется с Годуновым, но лишь потому, что Годунову в очередной раз удается вести себя так, чтобы добрый сердцем царь Федор ничего не заподозрил. А. К. Толстой не оставляет сомнений в неискренности решения Бориса Годунова послать князя Василия Шуйского для расследования дела о смерти царевича Дмитрия:
Драма царя Бориса Годунова в последней пьесе, посвященной временам его царствования, оказывается связана со смертью царевича Дмитрия. Это то самое зло, в котором есть прямая вина Годунова. По крайней мере он не препятствовал совершиться угличскому убийству в оправдание принятой на себя миссии укрепления и защиты интересов царства. Автор трилогии очень искусно, со знанием многих исторических подробностей показывает Бориса Годунова как царя милостивого, щедрого, избегающего расправ, любимого подданными. Но его итог не утешителен: царь не выносит тяжести известий о появлении царевича Дмитрия; картина неискренней боярской присяги его сыну царевичу Федору завершает сцены «Царя Бориса», и Годунов умирает. Никакие государственные интересы и «земли русской слава» не отменят содеянного злодейства.