Борис Годунов долго терпел присутствие рядом с собой во власти Андрея Щелкалова, но, когда ему это оказалось выгодно, отправил его в отставку. Это произошло в 1594 году. Историкам точно не известны причины прекращения выдающейся служебной карьеры Андрея Щелкалова [431]. Возможно, что его отставка, случившаяся вскоре после смерти единственной дочери царя Федора Ивановича Феодосии, открыла новый раунд борьбы «не на живот, а на смерть» за будущее московской царской короны. Действительно, в этот момент должны были возобновиться разговоры о судьбе династии Рюриковичей. Возможно, дьяк неосторожно обнаружил свои предпочтения, которые шли вразрез с планами Бориса Годунова. А он мог простить многое, кроме попыток отобрать у него власть. Щелкалов, близкий сторонник Романовых, стоявший в центре управления делами государства, стал Годунову не угоден. А может быть, дело объяснялось проще, и справедливо предположение А. А. Зимина о том, что причиной отставки «большого дьяка», работавшего, по отзыву еще одного иностранного мемуариста Исаака Массы, как «безгласный мул», стала старость [432]. В любом случае, уход Щелкалова с должности главы Посольского приказа — того самого, где хранился царский архив, сосредоточивались нити управления не только внешней политикой, но и сбором доходов, — был заметным событием. Теперь кто-то другой должен был получить «ключи» ко всем вековым тайнам московского великокняжеского дома.
Отставка одного из братьев Щелкаловых дана новый повод недоброжелателям Годунова укорять правителя в неблагодарности. Под руководством Андрея Щелкалова начинали свою приказную службу многие в будущем заметные дьяки, получавшие думный чин. Конечно, они всегда хранили память о своем «патроне», правда, память эта была далеко не однозначной. Дьяк Иван Тимофеев, автор «Временника», озвучивая общие представления приказных людей, писал, что Щелкалов был «наставником и учителем» Годунова в «злокозненных» делах. Андрей Щелкалов у Тимофеева — «древний муж», «цветущий глубочайшими сединами старец», который «был приближен к государственным тайнам», но он же наставлял Годунова, как тому, двигаясь по ступеням чинов, «одолевать благородных». Иван Тимофеев писал, что без Щелкалова «ни одна правителей тайна, ни одно постановление, связанное с установлением законов по управлению землей, не совершались» [433].
Устранение от дел прежнего «канцлера» было смягчено назначением в Посольский приказ его брата Василия. Борис Годунов сделал передачу власти в Посольском приказе плавной, от брата к брату, хотя самим Щелкаловым изменение их участи таковым не показалось. Нашлось много людей, которые решили, что пришло время поквитаться за прежние дела. Однако Андрей Щелкалов смог спокойно дожить свои дни; умер он в 1597 или 1599 году. Василий Щелкалов до своего назначения в Посольский приказ ведал делами Разряда. Но он явно не обладал способностями брата и не имел такого влияния на дела. Тем, вероятно, и был угоден Годунову.