С темой магистерской диссертации «Об историческом значении царствования Бориса Годунова» вступил в 1849 году на историческое поприще Платон Васильевич Павлов. Он предложил по-новому посмотреть на Годунова как на правителя, в определенный момент решавшего самые насущные задачи. В соответствии с обсуждавшейся тогда концепцией перехода родового быта в государственный, П. В. Павлов последовательно показывает, как внутренняя и внешняя политика Бориса Годунова привела «к благосостоянию той державы, над которой он властвовал». Все это позволяло сделать итоговый вывод о том, что Годунов «превосходно выполнил свое призвание» [31]. В ряду тех, кто стремился «очистить» облик Годунова, может быть назван и Николай Полозов. Он признавался, что всегда со скорбью смотрел на «полуразрушенную, сиротеющую и как бы отверженную гробницу Годуновых» в Троице-Сергиевом монастыре [32]. Но чувство сострадания, конечно, не может заменить отсутствия исторических аргументов при решении старого вопроса о «вине» Бориса Годунова в убийстве царевича Дмитрия.
Новой вехой в изучении годуновской эпохи стала «История России с древнейших времен» Сергея Михайловича Соловьева. В 7-м и 8-м томах его труда, впервые опубликованных в 1857–1858 годах, Борису Годунову уделено немало страниц. С. М. Соловьев изначально оговаривается, что «считает непозволительным для историка приписывать историческому лицу побуждения именно ненравственные, когда на это нет никаких доказательств» [33]. Следуя своему правилу, Соловьев сомневался во многих обвинениях, адресованных Борису Годунову. Однако ссылаясь на летописи, автор «Истории России» вынужден был говорить, что на пути к власти правитель «пролил много крови неповинной». Соблюдая, насколько возможно, беспристрастность, С. М. Соловьев приводил благоприятный отзыв современника о Борисе Годунове. Но дальше, подробно, с опорой на архивные документы характеризуя «правительственную деятельность» времен царя Федора Иоанновича, историк показал, как «честолюбие» Годунова все больше влияло на дела государства.
Говоря о роковой для династии Рюриковичей гибели царевича Дмитрия, историк определенно оказывается на стороне обвинения, хотя читатель подводится к этой мысли только исподволь. Соловьев считал, что достичь могущества Годунову помогла определенная работа «сосредоточения власти», проведенная «прежними государями». Однако будущее было «страшно» для «достигшего первенства» Бориса: «тем страшнее, чем выше было положение его настоящее. У Феодора не было сына, при котором бы Годунов, как дядя, мог надеяться сохранить прежнее значение…» [34]При этом Борис Годунов не был единственным, кто должен был «бояться за свое будущее». Среди них оказывались те, кто был «обязан выгодами своего положения Годунову», и другие вельможи, по решению которых царевич Дмитрий и его родственники Нагие были отправлены «в изгнание». Следствие по делу о гибели царевича Дмитрия Соловьев считал «недобросовестным». «Не ясно ли видно, — писал он в «Истории России», — как спешили собрать побольше свидетельств о том, что царевич зарезался сам в припадке падучей болезни, не обращая внимания на противоречия и на укрытие главных обстоятельств». Поэтому Соловьев склонен был согласиться с отразившимся в летописях общим указанием на Годунова как виновника смерти царевича: «Собор обвинил Нагих; но в народе винили Бориса, а народ памятлив и любит с событием, особенно его поразившим, соединять и все другие важные события» [35].
Взойдя на трон, Борис Годунов, с точки зрения С. М. Соловьева, оказался недостоин царского венца, был «подозрителен», «мелкодушен» и не ценил силу народного избрания. Ему недоставало «нравственного величия». В начале царствования он еще успел что-то сделать и «был всем любезен», но в итоге пал «вследствие негодования чиноначальников Русской земли». Общая оценка Соловьева неутешительна: «Годунов не мог уподобиться древним царям, не мог явиться царем на престоле и упрочить себя и потомство свое на нем по неуменью нравственно возвыситься в уровень своему высокому положению» [36]. Историк по-новому размышлял о причинах потрясений начала XVII века, думая, что уже в характере Бориса Годунова «заключалась возможность начала Смуты». Однако Соловьев не торопился связывать Смутное время с «запрещением крестьянского выхода, сделанным Годуновым» [37]. Все основные события Смуты произошли позднее и были обусловлены другими обстоятельствами, на которые царь Борис Федорович уже не влиял.