Даже Борису Годунову не выгодно было объявлять об истинных причинах своего «зверского» гнева, который если он и испытывал, то все-таки глубоко прятал. Сделано было опять все так, что упрекнуть Бориса можно только в тайных расправах и странных обстоятельствах случившегося. В июне 1586 года в Речь Посполитую было направлено посольство боярина князя Федора Михайловича Троекурова и дворянина Федора Писемского. На переговорах с польскими и литовскими сенаторами в Гродно они снова столкнулись с разговорами об «унии», а по возвращении посольства в Москву 1 октября 1586 года случилось сведёние с митрополичьего престола Дионисия и устранение князей Шуйских из Думы [259]. В Литве ходили слухи едва ли не о войне в Москве, о том, что бояре Шуйские нападали на двор Годуновых, а сам правитель был якобы убит [260]. Но здесь явно выдавали желаемое за действительное. Борис Годунов справился с ситуацией. Сначала, помирившись с князьями Шуйскими, он подавил недовольство гостей и посадских людей, причем дело дошло до казней, которые уже невозможно было скрыть. В наказах послам, составленных в самом начале 1587 года, о выступлении в Москве было предписано говорить, что «земские посадские люди… поворовали было, не в свойское дело вступилися, к безделником пристали… А ныне мужики все, посадцкие люди, по-старому живут, а и везде то ведетца: лихих казнят, а добрых жалуют». Потом дошла очередь до митрополита Дионисия, отправленного в Новгородский Хутынский монастырь, крутицкого архиепископа Варлаама, сосланного в Антониев-Сийский монастырь, и князей Шуйских. Главным зачинщиком боярской розни был назван князь Андрей Иванович Шуйский со своею «братьею». Они «учали измену делать, неправду и на всякое лихо умышлять с торговыми мужики». К ним примкнул и глава клана — князь Иван Петрович Шуйский, обвиненный в том, что забыл царские милости к нему: «их потакаючи, к ним же пристал и неправды многие показал перед государем» [261]. Узнать подробнее из этих обтекаемых дипломатических формулировок о сути обвинений, предъявленных князьям Шуйским, не удается. Однако в них точно отражаются детали событий, которые уже невозможно было скрыть не только на переговорах в иностранных государствах, но и внутри страны. Конечно, устранение Шуйских из Думы надо было объяснять, поэтому в посольском наказе от мая 1587 года рассказывали, что из уважения к заслугам рода на князей Андрея Ивановича и Ивана Петровича Шуйских не было возложено «большой опалы», они были только «сосланы в деревни».
Действительно, источники подтверждают, что первоначально так и было. Князь Иван Петрович Шуйский оказался в родовом селе Лопатничи, где спокойно жил до весны 1587 года. О месте ссылки князя Андрея Ивановича Шуйского источники говорят по-разному; известно, что он окончил свои дни в Буе в 1589 году. Его брат князь Василий Иванович Шуйский находился в ссылке в соседнем Галиче.
Устранение князей Шуйских от влияния надела было в этот момент чрезвычайно выгодно Борису Годунову. В декабре 1586 года внезапно умер король Стефан Баторий, и в Речи Посполитой снова возникла ситуация бескоролевья. Борис Годунов, уже без всякой оппозиции в Думе, оказался занят планами избрания царя Федора Ивановича на опустевший польский престол (не исключались и действия на элекционном сейме в пользу австрийского эрцгерцога Максимилиана для создания антитурецкой коалиции московского царя и императора Рудольфа) [262]59. Вести переговоры на элекционном сейме 1587 года были направлены «великие послы» бояре Степан Васильевич Годунов, князь Федор Михайлович Троекуров, дьяки Василий Щелкалов (глава Разрядного приказа) и Дружина Петелин (он служил в Приказе Большого прихода). В итоге на престол Речи Посполитой, как известно, был избран Сигизмунд III, продолживший агрессивную политику Стефана Батория в отношении Русского государства. Винить в неудачном исходе выборов в Литве Борису Годунову было некого. Он сам добился того, чтобы князья Шуйские с их аристократическими претензиями не влияли на дела внутри страны и на отношения с другими государствами. Теперь все последствия этих действий новый правитель царства должен был принять на себя.