Патриарх Филарет имел прямое отношение к прославлению «убиенного» святого царевича Дмитрия. Именно он когда-то перенес его мощи из Углича в Москву [5]. В Житии царевича Дмитрия, вошедшем в Четьи минеи редакции Германа Тулупова 1630 года, Борис Годунов снова был обвинен в преступлении. Хотя вначале автор Жития вынужден был признать, что Годунов был «многомыслен и разумен зело», а царь Федор «возложи на него все государство правити и строити». «Той же Борис начат всеми владети и во всем волю творити», но этого ему якобы оказалось мало; вскоре ослепленный желанием «величества и славы» боярин решается на то, чтобы подослать убийц к царевичу Дмитрию и «искоренить царский корень» [6]. То, о чем писалось в житиях, со временем становилось канонической нормой в восприятии событий. Не удивительно, что известный книжник Симон Азарьин в 1650-х годах пометил в своем месяцеслове о памяти царевича Дмитрия 15 мая, как о само собой разумеющемся: «убиен бысть повелением Бориса Годунова» [7]. За более чем полвека события времен правления Бориса Годунова ушли в историю, и только гробница царевича Дмитрия в Архангельском соборе была постоянным напоминанием о прежних политических страстях, злодеях и жертвах времен Смуты. Места Годунову в кремлевской усыпальнице великих князей и царей, напротив, не нашлось, его тело вынесли из Архангельского собора во время восстания московского «мира» 1 июня 1605 года. В конце концов Борис Годунов был погребен «честно», с подобающим почетом, вместе со всей семьей в Троице — Сергиевой лавре. И сделал это не кто иной, как царь Василий Шуйский, начинавший с тяжких обвинений в адрес Годунова. Но, видимо, и ему пришлось считаться с опасностью десакрализации царской власти. С начала XVII века эта приметная усыпальница, рядом с лаврским Успенским собором, остается немым укором тем, кто торопится обвинить Бориса Годунова во всех мыслимых и немыслимых преступлениях, взывая если не к его оправданию, то хотя бы к пониманию старой трагедии о «добром царе», который стремился на словах и в делах к благу подданных.
В XVIII веке — веке дворцовых тайн — в истории царя Бориса Годунова увидели много поучительного. Первый русский историк Василий Никитич Татищев воспроизвел в своем труде апологетическую повесть «о честнем житии» царя Федора Ивановича, написанную патриархом Иовом. Естественно, что в ней о Годунове говорилось только как о «преизрядном правителе» [8]. То, что казалось легким, когда изложение историка заменяла современная летопись или документ, превратилось в непростую задачу на другом этапе развития исторической науки. Столкнувшись с противоречивыми известиями о царе Борисе Федоровиче, придворный историограф Герард Фридрих Миллер в «Опыте новейшей истории о России» вынужден был осторожничать в характеристике Годунова, «из боязни выговоров и взысканий от начальства» [9]. А «острых» тем, которые могла затронуть старая история о царе Борисе, было много: судьба малолетних претендентов на русский трон, самозванство и подлинность мощей царевича Дмитрия в Архангельском соборе, участие представителей сословий в царском избрании и делах государства. К последнему обстоятельству у современников «Уложенной комиссии» 1767 года интерес был особый. Они, естественно, искали прецедент в политической мысли Московского царства и нашли его. В 1774 году в «Трудах вольного российского собрания» была впервые опубликована «Утвержденная грамота» об избрании на царство Бориса Годунова. Некоторое время спустя ее публикацию повторил и Николай Иванович Новиков в своей знаменитой «Древней Российской Вивлиофике» [10]. Таким образом стал доступен один из основных документов эпохи Бориса Годунова, который, по мысли патриарха Иова и других составителей грамоты в 1598 году, должен был на века обосновать утверждение новой династии.