Трагедия Бориса окончилась гибелью его семьи и полным «захуданием» всего годуновского рода — главным образом по той причине, что этот род, обратившись в династию, был обречен на политическое одиночество. Не раз мы указывали, что дружеские связи, скреплявшие дворцовую знать при царе Федоре Ивановиче, были порваны ссорою Романовых и Годуновых в 1598 году, во время борьбы за царский престол. Эта ссора породила возможность самозванческой интриги, обратив имя царевича Димитрия в орудие борьбы. Не без связи с этою интригою были разгромлены Романовы, и распался союз их «завещательной дружбы» с Борисом. Борис один со своею роднею остался против княжеской знати, приниженной и ослабленной им, но не примиренной и не забывшей своего прошлого первенства. Когда явился самозванец, эта знать, подчиняясь личному авторитету и таланту Бориса, служила ему. Но когда Борис умер, она не захотела поддерживать его династию и служить его семье. В этой знати сразу ожили все ее притязания, заговорили все обиды, развилось чувство мщения и жажда власти. Отлично соображали, что только что основанная Борисом династия не имела ни достаточно способного и годного к делам представителя, ни сколько-нибудь влиятельной партии сторонников и поклонников. Она была слаба, ее было легко уничтожить — и она действительно была уничтожена.
Молодой царь Федор Борисович отозвал из войска в Москву князей Мстиславского и Шуйских и на смену им послал князя М. П. Катырева-Ростовского и П. Басманова. Два Голицына, братья Василий и Иван Васильевичи, остались под Кромами. Перемены в составе воевод были произведены, вероятно, из осторожности, но они послужили во вред Годуновым. Войска, стоявшие под Кромами, оказались под влиянием князей Голицыных, знатнейших и виднейших изо всех воевод, и П. Ф. Басманова, обладавшего популярностью и военным счастьем. Москва же должна была, естественно, пойти за В. И. Шуйским, которого считала очевидцем углицких событий 1591 года и свидетелем если не смерти, то спасения маленького Димитрия. Князья-бояре сделались хозяевами положения и в армии, и в столице, и немедленно объявили себя против Годуновых и за «царя Димитрия Ивановича». Голицыны с Басмановым увлекли войска на сторону самозванца. Князь же В. И. Шуйский в Москве не только не противодействовал свержению Годуновых и торжеству самозванца, но, по некоторым известиям, сам свидетельствовал под рукою, когда к нему обращались, что истинного царевича спасли от убийства; затем он, в числе прочих бояр, поехал из Москвы навстречу новому царю Димитрию, бил ему челом и, возвратясь в Москву, приводил народ к присяге новому монарху. Так держали себя представители княжеской знати в решительную минуту московской драмы. Их поведение нанесло смертельный удар Годуновым, и В. В. Голицын даже не отказал себе в удовольствии присутствовать при последних минутах Борисовой жены и царя Федора Борисовича.
Годуновых не щадили даже после их смерти, и прах их не сразу нашел место вечного упокоения. Тело Бориса из Архангельского собора, где его первоначально похоронили, было вывезено в Варсонофьевский монастырь (в самой Москве), а оттуда отправлено в Троице-Сергиев монастырь, где в конце концов были погребены и другие члены его семьи.
Трагедия Бориса окончилась гибелью героя, как принято думать после прекрасного произведения Пушкина «Борис Годунов». Сам Пушкин не решался в своих заметках и письмах дать точное определение тому, что он создал под влиянием карамзинского представления о Годунове — жертве преступного властолюбия, «бы меня спросите, — писал он, — ваша трагедия есть ли трагедия характеров или нравов» («tragedie de caractere ou de coutume?») И на этот вопрос Пушкин не давал своему корреспонденту ясного ответа. «Я пытался, — говорит он, — соединить оба вида» («de les unir tous deux»). Но в этом была существенная историческая ошибка. Бытовые элементы пушкинского «Бориса» необходимо было соединить не с трагедией характеров, а с трагедией рока. Борис умирал, истомленный не борьбою с собственной совестью, на которой не лежало (по мерке того века) никаких особых грехов и преступлений, а борьбою с тяжелейшими условиями его государственной работы.