Во время нашествия на Русь монголо-татар князь уехал в Венгрию искать помощи у Польши и Германии, но не сумел заручиться поддержкой. Русь была сожжена и разгромлена. Михаил вернулся в разрушенный Киев, а затем переселился в Чернигов и правил там, пока вместе с другими князьями не был вызван в Орду. Согласно написанному в конце XIII века «Сказанию о убиении в Орде князя Михаила Черниговского и его боярина Феодора»: «Начаша их звати татарове нужею, глаголаще: «Не подобает жити на земли канови и Батыеве, не поклонившеся има». Мнози бо ехаша и поклонишася канови и Батыеви. Обычай же имяше кан и Батый: аще убо приедет кто поклонится ему, не повелеваше первое привести пред ся, но приказано бяше волхвом вести сквозе огнь и поклонитися кусту и идолом. А иже с собою что приношаху дары цесареви, от всего того взимающе волсви, вметахуть первое во огнь, тоже пред цесаря пущахуть самех и дары. Мнози же князи с бояры своими идяху сквозе огнь и покланяхуся солнцю и кусту и идолом славы ради света сего и прашаху кождо их власти. Они же без взбранения даяхуть им, кто которыя власти хотяше, да прелстятся славою света сего»[53].
Церковь Святых благоверного князя Михаила и боярина его Феодора, Черниговских чудотворцев
Настал черед и Михаилу ехать в Орду к Батыю. Князь попросил благословения у своего духовного отца, который наказал ему твердо стоять за веру православную. Когда Михаил и боярин Феодор прибыли в 1246 году к Батыю, волхвы повели их к месту, где были сложены горящие костры по обеим сторонам пути и где все язычники проходили через огонь и кланялись солнцу и идолам. Волхвы хотели провести Михаила и Феодора через огонь. Ипатьевская летопись сообщает нам храбрый и мужественный ответ князя: «Михаил же отвеща: «Аще бог ны есть предал и власть нашу, грех ради наших, во руце ваши, тобе кланяемся и чести приносим ти. А закону отец твоих и твоему богонечестивому повелению не кланяемься»[54].
Бояре, бывшие с князем, стали просить Михаила поклониться огню, но тот отвечал им:
Батый рассвирепел оттого, что Михаил и Феодор отказались поклониться богам его, –
Тела страстотерпцев были брошены на съедение голодным псам, но звери чудесным образом не тронули их. После подвига Михаила и Феодора татарские ханы крайне редко решались проверять стойкость веры русских людей и их готовность умереть за православную веру и не требовали от русских в Орде исполнения обрядов прохождения сквозь огонь. Мощи святых мучеников были перенесены в Чернигов. Возле мощей случилось множество чудес, и Иван Грозный захотел привезти их в Москву. В 1578 году царь и митрополит Антоний сотворили молитвенное «послание» черниговским чудотворцам с просьбой согласиться на перенос их святых мощей в Москву. В память об этом событии был установлен праздник 14 февраля и построена придельная к храму Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором церковь Михаила Черниговского.